SAXSdb — 8iyd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail tube protein

Escherichia phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–246 链 B； UniProt 1–246 链 C； UniProt 1–246 链 D； UniProt 1–246 链 E； UniProt 1–246 链 F； UniProt 1–246 链 H； UniProt 1–246 链 I； UniProt 1–246 链 J； UniProt 1–246 链 L； UniProt 1–246 链 M； UniProt 1–246 链 N； UniProt 1–246 链 O； UniProt 1–246 链 P； UniProt 1–246 链 R； UniProt 1–246 链 S； UniProt 1–246 链 T； UniProt 1–246 链 V； UniProt 1–246 链 X； UniProt 1–246 链 Y； UniProt 1–246 链 a； UniProt 1–246 链 b； UniProt 1–246 链 c； UniProt 1–246 链 v； UniProt 1–246	未记录	Tail tube terminator protein × 6 （P03732）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8IYD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K4Q The Solution Structure of gpV, the Major Tail Protein from Bacteriophage Lambda 提交 2008-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate, 0.6 mM DSS, 200 mM sodium chloride, 8-10 % D2O, 0.1% % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpV protein, 90-99 % D2O, 0.6 mM DSS, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 90% D2O, 10% H2O \| 90% D2O, 10% H2O	分辨率未提供
2L04 The Solution Structure of the C-terminal Ig-like Domain of the Bacteriophage Lambda Tail Tube Protein 提交 2010-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 160–246（87 aa）片段：C-terminal, UNP residues 160-246	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 ambient NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-1, 200 mM sodium chloride-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 50 mM sodium phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6P3E Mobile loops and electrostatic interactions maintain the flexible lambda tail tube 提交 2019-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）链 M 1–246（246 aa）链 N 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
7T2E Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C6 提交 2021-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–157（156 aa）链 B 2–157（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7T4F Structure of bacteriophage lambda tube protein V in C3 提交 2021-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–246（245 aa）链 B 2–246（245 aa）链 C 2–246（245 aa）链 D 2–246（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IYK Tail tip conformation 1 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 X 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 d 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.95 Å
8IYL Tail tip conformation 2 of phage lambda tail 提交 2023-04-05	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 O 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 S 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）链 a 1–246（246 aa）链 b 1–246（246 aa）链 c 1–246（246 aa）链 g 1–246（246 aa）链 h 1–246（246 aa）链 i 1–246（246 aa）链 j 1–246（246 aa）链 k 1–246（246 aa）链 l 1–246（246 aa）链 n 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.00 Å
8K35 Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 L 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 T 1–246（246 aa）链 U 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 W 1–246（246 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8K36 Structure of the bacteriophage lambda tail tube 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）链 I 1–246（246 aa）链 J 1–246（246 aa）链 K 1–246（246 aa）链 L 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8KGE Dimeric tail tube protein gpVs of bacteriophage lambda 提交 2023-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.80 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 O 1–246（246 aa）链 O1 1–246（246 aa）链 O2 1–246（246 aa）链 P 1–246（246 aa）链 P1 1–246（246 aa）链 P2 1–246（246 aa）链 Q 1–246（246 aa）链 Q1 1–246（246 aa）链 Q2 1–246（246 aa）链 R 1–246（246 aa）链 R1 1–246（246 aa）链 R2 1–246（246 aa）链 V 1–246（246 aa）链 V1 1–246（246 aa）链 V2 1–246（246 aa）链 o 1–246（246 aa）链 o1 1–246（246 aa）链 o2 1–246（246 aa）链 p 1–246（246 aa）链 p1 1–246（246 aa）链 p2 1–246（246 aa）链 q 1–246（246 aa）链 q1 1–246（246 aa）链 q2 1–246（246 aa）链 r 1–246（246 aa）链 r1 1–246（246 aa）链 r2 1–246（246 aa）链 v 1–246（246 aa）链 v1 1–246（246 aa）链 v2 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
9E7M In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex 提交 2024-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 Va 3–157（155 aa）链 Vb 3–157（155 aa）链 Vc 3–157（155 aa）链 Vd 3–157（155 aa）链 Ve 3–157（155 aa）链 Vf 3–157（155 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUBE_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 C； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 D； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 E； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 F； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 H； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 I； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 J； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 L； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 M； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 N； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 O； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 P； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 R； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 S； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 T； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 V； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 X； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 Y； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 a； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 b； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 c； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 v； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

Tail tube terminator protein

Escherichia phage lambda

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–131 链 K； UniProt 1–131 链 Q； UniProt 1–131 链 U； UniProt 1–131 链 W； UniProt 1–131 链 u； UniProt 1–131	未记录	Tail tube protein × 24 （P03733）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8IYD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z1Z NMR structure of the gpu tail protein from lambda bacteriophage 提交 2005-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1 NMR样品组成 0.9 mM gpU, U-15N,13C, 10 mM Tris-d11, pH 7.8, 50 mM potassium chloride, 0.02% sodium azide, 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）链 K 1–131（131 aa）链 L 1–131（131 aa）	突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）链 H 1–131（131 aa）链 I 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 G 1–131（131 aa）链 J 1–131（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–131（131 aa）链 B 1–131（131 aa）链 C 1–131（131 aa）链 D 1–131（131 aa）链 E 1–131（131 aa）链 F 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8XOW Mature virion portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.32 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric	链 U 1–131（131 aa）链 U1 1–131（131 aa）链 U2 1–131（131 aa）链 U3 1–131（131 aa）链 U4 1–131（131 aa）链 U5 1–131（131 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTTP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 K； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 Q； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 W； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 u； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8iyd
沉积日期 deposition_date	2023-04-04
结构标题 title	Tail cap of phage lambda tail
关键词 keywords	;Bacteriophage, caudovirales, siphoviridae, tail complex, delivery device, macromolecular assembly, phage lambda, cryo-EM, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.75 Å
零角强度 I(0) i0	7071710000.00
分子量 molecular_weight	700830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	872480 Å³
包络体积 envelope_volume	1462000 Å³
水化壳体积 shell_volume	175240 Å³
包络直径 envelope_diameter	223.6 Å
壳层 Rg shell_rg	69.81 Å
包络 Rg envelope_rg	66.92 Å
形状 Rg shape_rg	69.74 Å
总 Rg total_rg	69.77 Å
总原子数 total_atoms	49344
残基数 n_residues	6639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	249.2 Å
Rg (实空间) rg_real	73.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3350e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7072000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	79.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.535
峰度 Kurtosis kurtosis	0.005
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0850
最高正则化参数 α highest_alpha	1057000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 0.881; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.663

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	25831.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,a,b,c,V,v,D,E,F,H,I,J,L,M,N,O,P,R,S,T,X,Y
原子数 atom_count	49344

MPVPNPTMPVKGAGTTLWVYKGSGDPYANPLSDVDWSRLAKVKDLTPGELTAESYDDSYLDDEDADWTATGQGQKSAGDTSFTLAWMPGEQGQQALLAWFNEGDTRAYKIRFPNGTVDVFRGWVSSIGKAVTAKEVITRTVKVTNVGRPSMAEDRSTVTAATGMTVTPASTSVVKGQSTTLTVAFQPEGVTDKSFRAVSADKTKATVSVSGMTITVNGVAAGKVNIPVVSGNGEFAAVAEITVTAS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage lambda
通用名 common_name	Bacteriophage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tail tube terminator protein
分子量 formula_weight	14659.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u,G,K,Q,W

MKHTELRAAVLDALEKHDTGATFFDGRPAVFDEADFPAVAVYLTGAEYTGEELDSDTWQAELHIEVFLPAQVPDSELDAWMESRIYPVMSDIPALSDLITSMVASGYDYRRDDDAGLWSSADLTYVITYEM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage lambda
通用名 common_name	Bacteriophage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	15959

fit	/app/data/saxs_computation/iy/8iyd/8iyd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iy/8iyd/8iyd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iy/8iyd/8iyd.dat

Tail cap of phage lambda tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tail tube protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tail tube terminator protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)