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2JK4
Structure of the human voltage-dependent anion channel
提交 2008-08-15
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构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
2–283(282 aa)
片段:RESIDUES 2-283
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1 M HEPES SODIUM PH 7.5, 30% V/V POLYETHYLENE GLYCOL 400
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分辨率 4.10 Å
R-free 0.387
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2K4T
Solution structure of human VDAC-1 in LDAO micelles
提交 2008-06-17
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–283(283 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7;303 K;离子强度(mmCIF原始值)25;压力 AMBIENT
NMR样品组成
1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] VDAC-1, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供
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5JDP
E73V mutant of the human voltage-dependent anion channel
提交 2016-04-17
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构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
2–283(282 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8;310 K;离子强度(mmCIF原始值)20;压力 1
NMR样品组成
0.8 mM U- 2H, 15N_sample E73V mutant of the Voltage-dependent anion channel 1, 2 % [U-2H] LDAO, 20 mM [U-2H] TRIS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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5XDN
Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in P22121 space group
提交 2017-03-28
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
1–283(283 aa)
链 B
1–283(283 aa)
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未记录
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D12 DODECANE × 2
HEX HEXANE × 4
OCT N-OCTANE × 1
D10 DECANE × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;36% PEG300, 0.1 M MES (pH 6.5), 0.1 M NaCl
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分辨率 3.15 Å
R-free 0.300
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5XDO
Crystal structure of human voltage-dependent anion channel 1 (hVDAC1) in C222 space group
提交 2017-03-28
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
1–283(283 aa)
链 B
1–283(283 aa)
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未记录
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SPD SPERMIDINE × 2
OCT N-OCTANE × 4
LNK PENTANE × 2
HEX HEXANE × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293 K;45% PEG300, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.15 M NaCl, 11 mM spermidine
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分辨率 3.10 Å
R-free 0.298
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6G6U
The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 2.7 Angstrom resolution
提交 2018-04-03
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
1–283(283 aa)
链 B
1–283(283 aa)
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未记录
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MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3
NO3 NITRATE ION × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;292 K;25.5% precipitant mix 4 [25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG 1000, 25% (w/v) PEG 3350], 0.06 M NH4NO3, 0.1 buffer system 1 [imidazole and MES adjusted to pH 6.5]
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分辨率 2.74 Å
R-free 0.287
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6G73
The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution
提交 2018-04-04
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 C
1–283(283 aa)
链 D
1–283(283 aa)
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未记录
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MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;292.2 K;25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]
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分辨率 3.27 Å
R-free 0.298
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6G73
The dynamic nature of the VDAC1 channels in bilayers: human VDAC1 at 3.3 Angstrom resolution
提交 2018-04-04
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
1–283(283 aa)
链 B
1–283(283 aa)
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未记录
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MC3 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;292.2 K;25.5% Precipitant mix 4 [precipitant mix 4 consists of 25% (v/v) MPD, 25% (w/v) PEG1000, 25% (w/v) PEG3350], 0.06M NaNO3, 0.08M K2HPO4, 0.1M Buffer System2 [HEPES and MOPS adjusted to pH 7.5]
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分辨率 3.27 Å
R-free 0.298
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6TIQ
Refined solution NMR structure of hVDAC-1 in detergent micelles
提交 2019-11-22
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聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–283(283 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5;303.15 K;离子强度(mmCIF原始值)225;压力 1
NMR样品组成
0.6 mM U-99%-2H,13C,15N hVDAC-1, 3 % no LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [ U -99%- 2 H, 13 C, 15 N; 99%- 1 H delta -IL; 99%- 1 H gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.6 mM [ U -99%- 2 H, 15 N; 99%- 1 H delta , 13 C delta -IL; 99%- 1 H gamma , 13 C gamma -V] hVDAC-1, 3 % [U-99% 2H] LDAO, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供
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6TIR
NOE based model of hVDAC-1 bound to beta-NADH in detergent micelles
提交 2019-11-22
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–283(283 aa)
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未记录
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NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1
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SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5;303.15 K;离子强度(mmCIF原始值)25;压力 1
NMR样品组成
0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1Hdelta-IL; 99%-1Hgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99%-2H, 15N; 99%-1H,13C-delta-IL; 99%-1H,13Cgamma-V] human VDAC-1, 45 mM beta-NADH, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM U-99%-2H,15N,13C human VDAC-1, 150 mM [U-99% 2H] LDAO, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供
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7QI2
Magic-angle spinning NMR structure of the human voltage-dependent anion channel 1 (E73V/C127A/C232S) in DMPC lipid bilayers
提交 2021-12-14
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突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–283(283 aa)
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突变:E73V/C127A/C232S
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未记录非水小分子
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SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
pH 6.5;285 K;离子强度(mmCIF原始值)0.21;压力 1
NMR样品组成
66 % w/w [U-13C; U-15N; U-2H] u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O | 100% H2O
NMR样品组成
66 % w/w [U-13C; U-15N]-alpha PET u[2H,13C,15N]-hVDAC1(E73V/C127A/C232S), 33 % w/w DMPC, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 20 mM MgCl2, 100% H2O | 100% H2O
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分辨率未提供
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9PFZ
Architecture of human Voltage Dependent Anion Channel 1 in nanodiscs
提交 2025-07-07
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聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
1–283(283 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;25 mM NaPi, 100 mM NaCl, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;3.0 uL sample,
blot time 3sec,
Blotforce 1,
Blot total 1,
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分辨率 5.40 Å
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