8j0o

cryo-EM structure of human EMC and VDAC

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 194.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ER membrane protein complex subunit 1

物种未注明

UniProt Q8N766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–993 未记录 ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–993; UniProt 1–993

ER membrane protein complex subunit 2

物种未注明

UniProt Q15006

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–297 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–297; UniProt 1–297

ER membrane protein complex subunit 3

物种未注明

UniProt Q9P0I2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–261 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–261; UniProt 1–261

ER membrane protein complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q5J8M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–183 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

ER membrane protein complex subunit 5

物种未注明

UniProt Q8N4V1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–131 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC5_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

ER membrane protein complex subunit 6

物种未注明

UniProt Q9BV81

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–110 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC6_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110

ER membrane protein complex subunit 7

物种未注明

UniProt Q9NPA0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–242 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC7_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–242; UniProt 1–242

ER membrane protein complex subunit 8

物种未注明

UniProt O43402

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–210 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC8_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

ER membrane protein complex subunit 10

物种未注明

UniProt Q5UCC4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–207 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 × 1 (P21796) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMC10_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–207; UniProt 1–207

Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

物种未注明

UniProt P21796

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 10 其他聚合物 3 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–283 未记录 ER membrane protein complex subunit 1 × 1 (Q8N766) ER membrane protein complex subunit 2 × 1 (Q15006) ER membrane protein complex subunit 3 × 1 (Q9P0I2) ER membrane protein complex subunit 4 × 1 (Q5J8M3) ER membrane protein complex subunit 5 × 1 (Q8N4V1) ER membrane protein complex subunit 6 × 1 (Q9BV81) ER membrane protein complex subunit 7 × 1 (Q9NPA0) ER membrane protein complex subunit 8 × 1 (O43402) ER membrane protein complex subunit 10 × 1 (Q5UCC4) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VDAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–283; UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j0o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j0o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8j0o
沉积日期 deposition_date2023-04-11
结构标题 titlecryo-EM structure of human EMC and VDAC
关键词 keywordsER membrane protein complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.95
零角强度 I(0) i01216370000.00
分子量 molecular_weight297880.0 kDa
排除体积 excluded_volume375670 ų
包络体积 envelope_volume603070 ų
水化壳体积 shell_volume90635 ų
包络直径 envelope_diameter211.4
壳层 Rg shell_rg55.83
包络 Rg envelope_rg57.09
形状 Rg shape_rg58.99
总 Rg total_rg58.73
总原子数 total_atoms20986
残基数 n_residues2627
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax194.4
Rg (实空间) rg_real59.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real1.2160e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1215000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5961
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.4
偏度 Skewness skewness0.467
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha157000000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.184

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)