8p1e

X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001613.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholine-binding protein

Lymnaea stagnalis

UniProt P58154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–229 链 B; UniProt 1–229 链 C; UniProt 1–229 链 D; UniProt 1–229 链 E; UniProt 1–229 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 WD2 1-[4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]piperazine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350 3% Ammonium sulphate 1.8M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75 分辨率 2.10 Å R-free 0.241
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–229 链 G; UniProt 1–229 链 H; UniProt 1–229 链 I; UniProt 1–229 链 J; UniProt 1–229 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 WD2 1-[4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]piperazine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;PEG3350 3% Ammonium sulphate 1.8M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75 分辨率 2.10 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、121 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHP_LYMST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 B; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 C; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 D; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 E; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 F; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 G; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 H; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 I; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 作者链 J; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p1e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p1e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8p1e
沉积日期 deposition_date2023-05-11
结构标题 titleX-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001613.
关键词 keywordsFragment based drug design, Acetylcholine-binding protein, choline-binding proteins, CHOLINE-BINDING PROTEIN; CHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.27
零角强度 I(0) i0835358000.00
分子量 molecular_weight231250.0 kDa
排除体积 excluded_volume287020 ų
包络体积 envelope_volume389510 ų
水化壳体积 shell_volume78770 ų
包络直径 envelope_diameter134.7
壳层 Rg shell_rg47.47
包络 Rg envelope_rg39.01
形状 Rg shape_rg40.24
总 Rg total_rg40.74
总原子数 total_atoms16289
残基数 n_residues2023
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.8
Rg (实空间) rg_real41.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real8.3540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal835500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8754
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.6
偏度 Skewness skewness0.243
峰度 Kurtosis kurtosis-0.355
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha134800000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.878

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)