8pp3

Binary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and crystal contact tuned negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m1 (Mg formate condition)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 202.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Homo sapiens

UniProt P02794

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–183 链 B; UniProt 1–183 链 C; UniProt 1–183 链 D; UniProt 1–183 链 E; UniProt 1–183 链 F; UniProt 1–183 突变:A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R 突变:C90E, C102E, H105E FE FE (III) ION × 24 GOL GLYCEROL × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293.15 K;reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(Wildtype) added to coverslide in this order. 分辨率 1.55 Å R-free 0.241
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–183 链 H; UniProt 1–183 链 I; UniProt 1–183 链 J; UniProt 1–183 链 K; UniProt 1–183 链 L; UniProt 1–183 突变:A18K, C90K, N98R, C102K, H105K N25R, N109K, D123K, E162R 突变:C90E, C102E, H105E FE FE (III) ION × 24 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293.15 K;reservoir: 0.19M Magnesium FormateFtn(pos): 4 mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 1 M NaClFtn(Wildtype): 4mg/mL in 50mM Tris pH 7.5 0.3 M NaCl2 uL reservoir + 1uL Ftn(pos) + 1uL Ftn(Wildtype) added to coverslide in this order. 分辨率 1.55 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、173 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 B; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 C; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 D; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 E; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 F; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 G; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 H; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 I; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 J; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 K; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183 作者链 L; PDB构建体 1–183; UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pp3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pp3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pp3
沉积日期 deposition_date2023-07-06
结构标题 titleBinary crystal structure of positively supercharged ferritin variant Ftn(pos) and crystal contact tuned negatively supercharged ferritin variant Ftn(neg)-m1 (Mg formate condition)
关键词 keywords;protein design, protein engineering, protein interfaces, superlattice, nanocage, ferritin, protein container, charged nanocage, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.83
零角强度 I(0) i0901677000.00
分子量 molecular_weight243540.0 kDa
排除体积 excluded_volume302120 ų
包络体积 envelope_volume449030 ų
水化壳体积 shell_volume70095 ų
包络直径 envelope_diameter222.3
壳层 Rg shell_rg50.44
包络 Rg envelope_rg60.17
形状 Rg shape_rg59.82
总 Rg total_rg59.57
总原子数 total_atoms33922
残基数 n_residues2064
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax202.1
Rg (实空间) rg_real59.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.16
I(0) (实空间) i0_real9.0160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal899200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7779
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.4
偏度 Skewness skewness0.689
峰度 Kurtosis kurtosis-0.045
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha32760000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.714; Smooth: 0.154

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)