|
1B22
RAD51 (N-TERMINAL DOMAIN)
提交 1998-12-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 A
1–114(114 aa)
片段:N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5;303 K;离子强度(mmCIF原始值)100mM NACL;压力 1
|
分辨率未提供
|
|
1N0W
Crystal structure of a RAD51-BRCA2 BRC repeat complex
提交 2002-10-15
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
97–339(243 aa)
片段:ATPase domain
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点)
|
MG MAGNESIUM ION × 1
CL CHLORIDE ION × 1
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;291 K;ETHYLENE GLYCOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å
R-free 0.206
|
|
5H1B
Human RAD51 presynaptic complex
提交 2016-10-08
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
|
突变:K313Q
突变:K313Q
突变:K313Q
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
MG MAGNESIUM ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
5H1C
Human RAD51 post-synaptic complexes
提交 2016-10-08
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 3
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
5JZC
helical filament
提交 2016-05-16
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
|
分辨率 4.20 Å
|
|
5NP7
CryoEM structure of Human Rad51 on single-stranded DNA to 4.2A resolution.
提交 2017-04-13
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 4.20 Å
|
|
5NWL
Crystal structure of a human RAD51-ATP filament.
提交 2017-05-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 7
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.1 MES pH 5.2
MPD
|
分辨率 3.93 Å
R-free 0.317
|
|
5NWL
Crystal structure of a human RAD51-ATP filament.
提交 2017-05-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 7
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;0.1 MES pH 5.2
MPD
|
分辨率 3.93 Å
R-free 0.317
|
|
7C9A
Human RAD51 post-synaptic complexes mutant (V273P, D274G)
提交 2020-06-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
|
突变:V273P, D274G
突变:V273P, D274G
突变:V273P, D274G
|
CA CALCIUM ION × 3
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.43 Å
|
|
7EJC
human RAD51 presynaptic complex
提交 2021-04-02
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:tetrameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 3
J46 4-bromanyl-N-(4-bromophenyl)-3-[(phenylmethyl)sulfamoyl]benzamide × 3
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å
|
|
7EJE
human RAD51 post-synaptic complex
提交 2021-04-02
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 3
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å
|
|
8BQ2
CryoEM structure of the pre-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+
提交 2022-11-18
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 9
PDB 声明:decameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9
CA CALCIUM ION × 18
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
8BR2
CryoEM structure of the post-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+
提交 2022-11-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:octameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
|
未记录
|
CA CALCIUM ION × 12
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8BSC
CryoEM structure of the RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ADP and Ca2+
提交 2022-11-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 7
PDB 声明:heptameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
|
未记录
|
CA CALCIUM ION × 7
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
8GYK
CryoEM structure of the RAD51_ADP filament
提交 2022-09-22
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8
MG MAGNESIUM ION × 8
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å
|
|
8JND
The cryo-EM structure of the nonameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding
提交 2023-06-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:19-meric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
链 O
1–339(339 aa)
链 P
1–339(339 aa)
链 Q
1–339(339 aa)
链 R
1–339(339 aa)
链 S
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å
|
|
8JNE
The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome without the linker DNA binding
提交 2023-06-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 18
PDB 声明:20-meric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
链 O
1–339(339 aa)
链 P
1–339(339 aa)
链 Q
1–339(339 aa)
链 R
1–339(339 aa)
链 S
1–339(339 aa)
链 T
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å
|
|
8JNF
The cryo-EM structure of the RAD51 filament bound to the nucleosome
提交 2023-06-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:16-meric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
链 O
1–339(339 aa)
链 P
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.91 Å
|
|
8PBC
RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus
提交 2023-06-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:22-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11
CA CALCIUM ION × 22
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
8PBD
RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus
提交 2023-06-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:21-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10
CA CALCIUM ION × 20
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å
|
|
8RCD
RAD51 nucleoprotein filament on abasic single-stranded DNA
提交 2023-12-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 8
PDB 声明:nonameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8
CA CALCIUM ION × 16
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
8RCF
RAD51 nucleoprotein filament on double-stranded abasic DNA
提交 2023-12-06
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 8
PDB 声明:decameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
|
未记录
|
CA CALCIUM ION × 16
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
8UVW
Crystal structure of RAD51-BRCA2 Cter complex
提交 2023-11-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
|
链 B
85–339(255 aa)
链 D
97–339(243 aa)
|
突变:C319S
突变:S208E,A209D,C3287A,C3304A,C391S
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;25% v/v 1,4-Dioxane
0.05 M MOPS pH 7.0
0.005 M Magnesium chloride hexahydrate
0.001 M Spermine
|
分辨率 2.73 Å
R-free 0.282
|
|
8XBT
The cryo-EM structure of the octameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding
提交 2023-12-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:18-meric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
链 O
1–339(339 aa)
链 P
1–339(339 aa)
链 Q
1–339(339 aa)
链 R
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å
|
|
8XBU
The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding
提交 2023-12-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 18
PDB 声明:20-meric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
链 O
1–339(339 aa)
链 P
1–339(339 aa)
链 Q
1–339(339 aa)
链 R
1–339(339 aa)
链 S
1–339(339 aa)
链 T
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.24 Å
|
|
8XBV
The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the sticky end of the nucleosome
提交 2023-12-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 2
PDB 声明:tetrameric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.61 Å
|
|
8XBW
The cryo-EM structure of the RAD51 N-terminal lobe domain bound to the histone H4 tail of the nucleosome
提交 2023-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 L
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å
|
|
8XBX
The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome
提交 2023-12-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å
|
|
8XBY
The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome
提交 2023-12-07
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:pentameric
|
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å
|
|
9I62
CryoEM structure of a RAD51 D-loop
提交 2025-01-29
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 9
PDB 声明:12-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
CA CALCIUM ION × 18
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å
|
|
9OMY
Cryo-EM structure of an octameric RAD51-XRCC3-RAD51C (RAD51-X3C) complex
提交 2025-05-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:octameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å
|
|
9OMZ
Cryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (51-X3CDX2) complex.
提交 2025-05-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
|
链 B
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å
|
|
9Q23
DX2-CX3-RAD51 structure in the intermediate state
提交 2025-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
|
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
MG MAGNESIUM ION × 4
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å
|
|
9Q25
DX2-CX3-RAD51 in the closed state
提交 2025-08-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:hexameric
|
链 G
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
MG MAGNESIUM ION × 4
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å
|
|
9Q28
DX2-CX3-RAD51 in the active state
提交 2025-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
|
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3
MG MAGNESIUM ION × 5
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å
|
|
9Q29
DX2-CX3 structure capping RAD51 filament
提交 2025-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:decameric
|
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
CA CALCIUM ION × 13
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
9Q2A
BCDX2-CX3-RAD51-RAD51-ssDNA supercomplex
提交 2025-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:nonameric
|
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 6
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.67 Å
|
|
9Q2B
DX2-CX3-RAD51 bound to DNA bubble
提交 2025-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 6
PDB 声明:octameric
|
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 4
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9QN8
RAD51 filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus
提交 2025-03-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
CA CALCIUM ION × 7
K POTASSIUM ION × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å
|
|
9QNA
RAD51 filament in complex with magnesium and ATP
提交 2025-03-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:heptameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
MG MAGNESIUM ION × 6
K POTASSIUM ION × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å
|
|
9QNB
RAD51 filament in complex with magnesium and ADP
提交 2025-03-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 6
PDB 声明:hexameric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 6
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6
K POTASSIUM ION × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å
|
|
9QNC
RAD51 filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus
提交 2025-03-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
K POTASSIUM ION × 5
MG MAGNESIUM ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9SRZ
RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus
提交 2025-09-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6
CA CALCIUM ION × 12
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
9SSL
RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (peptide)
提交 2025-09-26
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 5
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
MG MAGNESIUM ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9SVX
XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on single stranded DNA
提交 2025-10-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:decameric
|
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 8
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
CA CALCIUM ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
9SVY
XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on partially duplex DNA
提交 2025-10-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 11
PDB 声明:13-meric
|
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9
MG MAGNESIUM ION × 10
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
CA CALCIUM ION × 7
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
9SW0
XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on a D-loop intermediate
提交 2025-10-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 11
PDB 声明:14-meric
|
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
链 G
1–339(339 aa)
链 H
1–339(339 aa)
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8
CA CALCIUM ION × 7
MG MAGNESIUM ION × 8
ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9TRL
RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (beta-barrel)
提交 2025-12-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 11
PDB 声明:12-meric
|
链 A
1–339(339 aa)
链 B
1–339(339 aa)
链 C
1–339(339 aa)
链 D
1–339(339 aa)
链 E
1–339(339 aa)
链 F
1–339(339 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 5
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7
MG MAGNESIUM ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9TRM
RAD51-dsDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus
提交 2025-12-25
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 13
PDB 声明:15-meric
|
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6
CA CALCIUM ION × 12
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9TYY
RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54 N-terminus
提交 2026-01-21
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 I
1–339(339 aa)
链 J
1–339(339 aa)
链 K
1–339(339 aa)
链 L
1–339(339 aa)
链 M
1–339(339 aa)
链 N
1–339(339 aa)
|
未记录
|
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6
CA CALCIUM ION × 12
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
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9ZZR
Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex
提交 2026-01-07
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–DNA
异源复合物;蛋白 × 11
PDB 声明:dodecameric
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链 E
22–338(317 aa)
链 F
24–337(314 aa)
链 K
22–338(317 aa)
链 O
22–338(317 aa)
链 R
22–337(316 aa)
链 V
22–337(316 aa)
链 W
22–338(317 aa)
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未记录
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ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.95 Å
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