8u15

The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DDB1 × 1 Sal-like protein 4 × 1 （Q9UJQ4） ZINC ION × 3 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SULFATE ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DDB1 × 1 Sal-like protein 4 × 1 （Q9UJQ4） ZINC ION × 3 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SULFATE ION × 6 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–373； UniProt 70–442 作者链 D； PDB构建体 1–373； UniProt 70–442

Sal-like protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9UJQ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） DDB1 × 1 ZINC ION × 3 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SULFATE ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） DDB1 × 1 ZINC ION × 3 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SULFATE ION × 6 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SALL4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–55； UniProt 379–432 作者链 F； PDB构建体 2–55； UniProt 379–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u15
沉积日期 deposition_date	2023-08-30
结构标题 title	The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220
关键词 keywords	Complex, glue, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8u15__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8u15__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8u15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.26 Å
Rg（电子密度）	34.49 Å
总 Rg	34.97 Å
原子数	9245
残基数	1197
排除体积	164720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8u15__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8u15__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	42971.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	18548

RTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQLESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVILCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DDB1
分子量 formula_weight	93347.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGGNGNSGEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Sal-like protein 4
分子量 formula_weight	6417.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SLYKHKCKYCSKVFGTDSSLQIHLRSHTGERPFVCSVCGHRFTTKGNLKVHFHRH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione
分子量 formula_weight	449.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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晶胞边长 a length_a	110.729 Å
晶胞边长 b length_b	95.727 Å
晶胞边长 c length_c	150.947 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	61.480 Å
R 因子 r_factor	0.2222
R_work r_work	0.2197
R_free r_free	0.2720

The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sal-like protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8u15__assembly_1__model_1

8u15__assembly_1__model_1 | I(q)

8u15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sal-like protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8u15__assembly_1__model_1

8u15__assembly_1__model_1 | I(q)

8u15__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)