8uxq

Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A.Z × 2 （P0C0S6） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA Widom601 (208bp) strand1 × 1 DNA Widom601 (208bp) strand2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–195； UniProt 2–191 作者链 C； PDB构建体 6–195； UniProt 2–191

Histone H3.2

Xenopus laevis

UniProt P84233

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A.Z × 2 （P0C0S6） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA Widom601 (208bp) strand1 × 1 DNA Widom601 (208bp) strand2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 K； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H2A.Z × 2 （P0C0S6） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA Widom601 (208bp) strand1 × 1 DNA Widom601 (208bp) strand2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 L； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

Histone H2A.Z

Mus musculus

UniProt P0C0S6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA Widom601 (208bp) strand1 × 1 DNA Widom601 (208bp) strand2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2AZ_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–127； UniProt 2–128 作者链 M； PDB构建体 1–127； UniProt 2–128

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 2	Chromobox protein homolog 5 × 2 （P45973） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） Histone H2A.Z × 2 （P0C0S6） DNA Widom601 (208bp) strand1 × 1 DNA Widom601 (208bp) strand2 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 N； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uxq
沉积日期 deposition_date	2023-11-09
结构标题 title	Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome
关键词 keywords	heterochromatin, nucleosome, chromatin, GENE REGULATION, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8uxq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8uxq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8uxq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.55 Å
Rg（电子密度）	37.31 Å
总 Rg	38.02 Å
原子数	12603
残基数	1276
排除体积	212030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8uxq__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 5
分子量 formula_weight	22651.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12603

GSPEFGKKTKRTADSSSSEDEEEYVVEKVLDRRVVKGQVEYLLKWKGFSEEHNTWEPEKNLDCPELISEFMKKYKKMKEGENNKPREKSESNKRKSNFSNSADDIKSKKKREQSNDIARGFERGLEPEKIIGATDSCGDLMFLMKWKDTDEADLVLAKEANVKCPQIVIAFYEERLTWHAYPEDAENKEKETAKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
突变 mutation	C110A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2A.Z
分子量 formula_weight	13450.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,M

AGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVKRITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,N

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA Widom601 (208bp) strand1
分子量 formula_weight	64456.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ACTCCGGCAAGGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGCGTATAGGGTCCATCACATAAGT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA Widom601 (208bp) strand2
分子量 formula_weight	63988.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ACTTATGTGATGGACCCTATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGACCTTGCCGGAGT

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分辨率 resolution	6.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74257

Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A.Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8uxq__assembly_1__model_1

8uxq__assembly_1__model_1 | I(q)

8uxq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)