8v0i

The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound fully activated state 2 from the lower strand

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 130.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha cardiac muscle 1

物种未注明

UniProt B6VNT8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–377 链 B; UniProt 1–377 未记录 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles × 1 (P63317) Troponin I, cardiac muscle × 1 (A0A4X1V710) Troponin T2, cardiac type × 1 (A0A5G2Q8N0) Tropomyosin alpha-1 chain × 2 (P42639) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 B6VNT8_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–377; UniProt 1–377 作者链 B; PDB构建体 1–377; UniProt 1–377

Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles

物种未注明

UniProt P63317

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–161 未记录 Actin, alpha cardiac muscle 1 × 2 (B6VNT8) Troponin I, cardiac muscle × 1 (A0A4X1V710) Troponin T2, cardiac type × 1 (A0A5G2Q8N0) Tropomyosin alpha-1 chain × 2 (P42639) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TNNC1_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–161; UniProt 1–161

Troponin I, cardiac muscle

物种未注明

UniProt A0A4X1V710

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–211 未记录 Actin, alpha cardiac muscle 1 × 2 (B6VNT8) Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles × 1 (P63317) Troponin T2, cardiac type × 1 (A0A5G2Q8N0) Tropomyosin alpha-1 chain × 2 (P42639) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1V710_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–211; UniProt 1–211

Troponin T2, cardiac type

物种未注明

UniProt A0A5G2Q8N0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–285 未记录 Actin, alpha cardiac muscle 1 × 2 (B6VNT8) Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles × 1 (P63317) Troponin I, cardiac muscle × 1 (A0A4X1V710) Tropomyosin alpha-1 chain × 2 (P42639) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A5G2Q8N0_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–285; UniProt 1–285

Tropomyosin alpha-1 chain

物种未注明

UniProt P42639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–284 链 G; UniProt 1–284 未记录 Actin, alpha cardiac muscle 1 × 2 (B6VNT8) Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles × 1 (P63317) Troponin I, cardiac muscle × 1 (A0A4X1V710) Troponin T2, cardiac type × 1 (A0A5G2Q8N0) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 5.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TPM1_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284 作者链 G; PDB构建体 1–284; UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8v0i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8v0i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8v0i
沉积日期 deposition_date2023-11-17
结构标题 titleThe structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound fully activated state 2 from the lower strand
关键词 keywordsthin filament, troponin, tropomyosin, cryo-EM, muscle structure, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.70
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.37
零角强度 I(0) i0335586000.00
分子量 molecular_weight145320.0 kDa
排除体积 excluded_volume180610 ų
包络体积 envelope_volume260350 ų
水化壳体积 shell_volume55929 ų
包络直径 envelope_diameter139.6
壳层 Rg shell_rg44.40
包络 Rg envelope_rg38.76
形状 Rg shape_rg39.36
总 Rg total_rg39.70
总原子数 total_atoms10177
残基数 n_residues1274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.0
Rg (实空间) rg_real39.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real3.3560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal335600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8935
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.5
偏度 Skewness skewness0.277
峰度 Kurtosis kurtosis-0.445
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32210000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)