8vmt

Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-encoded endonuclease I-PpoI

Physarum polycephalum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–163 链 B； UniProt 2–163	未记录	;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCPTPCPTPTPAPAPGPAPGPAPGPTPCPA)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL* GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.48 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VMT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A73 INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED WITH DNA 提交 1998-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–163（163 aa）片段：ENDONUCLEASE (I-PPO) ENCODED ENDONUCLEASE 链 B 1–163（163 aa）片段：ENDONUCLEASE (I-PPO) ENCODED ENDONUCLEASE	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8, 20 MM NACL, 2 MM EDTA., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.297
1A74 I-PPOL HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1998-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8; 20 MM NACL, 2 MM EDTA., pH 5.60, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
1CYQ INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI (H98A)/DNA HOMING SITE COMPLEX 提交 1999-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	突变：H98A 突变：H98A	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 3350, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE, EDTA, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.93 Å R-free 0.235
1CZ0 INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI/DNA COMPLEX LACKING CATALYTIC METAL ION 提交 1999-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 3350, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, SPERMINE, EDTA, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
1EVW L116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMING SITE DNA. 提交 2000-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	突变：L116A 突变：L116A	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, MES pH 6.5, NaCl, MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.320
1EVW L116A MUTANT OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI COMPLEXED TO HOMING SITE DNA. 提交 2000-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 C 1–163（163 aa）链 D 1–163（163 aa）	突变：L116A 突变：L116A	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, MES pH 6.5, NaCl, MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.320
1EVX APO CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMING ENDONUCLEASE, I-PPOI 提交 2000-04-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；ammonium sulfate, PEG 8K, sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1IPP HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 提交 1998-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–185（163 aa）链 B 23–185（163 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；THE CRYSTALS WERE GROWN FROM A 2:1 MOLAR RATIO SOLUTION OF PROTEIN AND DNA SUPPLEMENTED WITH 2.5 MM EDTA AND 5 MM SPERMINE. THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 21 - 27% PEG 4000, 0.1 M CITRATE, PH 5.4 - 5.8; 20 MM NACL, 2 MM EDTA., VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.20 Å R-free 0.316
2O6M H98Q mutant of the homing endonuclease I-PPOI complexed with DNA 提交 2006-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）	突变：H98Q 突变：H98Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M Citrate, pH 5.2-5.8, 20 mM NaCl, 2 mM EDTA, 20-30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
8VMO Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH7.0 (K+ MES) with Na+ 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.68 Å R-free 0.189
8VMP Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.45 Å R-free 0.185
8VMQ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.48 Å R-free 0.188
8VMR Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
8VMS Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.42 Å R-free 0.189
8VMU Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.52 Å R-free 0.194
8VMV Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.59 Å R-free 0.196
8VMW Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH6.0 (K+ MES) with Na+ 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
8VMX Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.45 Å R-free 0.184
8VMY Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.53 Å R-free 0.189
8VMZ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.57 Å R-free 0.196
8VN0 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
8VN1 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.79 Å R-free 0.200
8VN2 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.63 Å R-free 0.192
8VN3 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.63 Å R-free 0.193
8VN4 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 1200s 提交 2024-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
8VN5 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:ground state at pH8.0 (Tris) with Na+ 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.65 Å R-free 0.188
8VN6 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 10s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.54 Å R-free 0.197
8VN7 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 20s 提交 2024-01-13	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.67 Å R-free 0.196
8VN8 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 40s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.194
8VN9 Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 80s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.69 Å R-free 0.192
8VNA Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 160s 提交 2024-01-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.54 Å R-free 0.197
8VNB Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 240s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.72 Å R-free 0.197
8VNC Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 320s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.62 Å R-free 0.188
8VND Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 600s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
8VNE Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 10s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.57 Å R-free 0.196
8VNF Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 20s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.50 Å R-free 0.196
8VNG Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 40s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
8VNH Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 80s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.76 Å R-free 0.206
8VNJ Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 120s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.61 Å R-free 0.196
8VNK Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 160s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.61 Å R-free 0.194
8VNL Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 240s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.64 Å R-free 0.188
8VNM Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 320s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.59 Å R-free 0.190
8VNN Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 480s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.79 Å R-free 0.195
8VNO Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 600s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
8VNP Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 0.2 M sodium malonate 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.79 Å R-free 0.190
8VNQ Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 1 mM Mn2+ for 1800s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.93 Å R-free 0.210
8VNR Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 1 mM Mn2+ for 600s and then 100 mM imidazole for 15 hrs 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.98 Å R-free 0.216
8VNS Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 200 mM Mn2+ for 600s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 2.11 Å R-free 0.252
8VNT Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 1800s 提交 2024-01-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 1.62 Å R-free 0.198
8VNU Homing endonuclease H98A I-PpoI-DNA complex at pH6.0 (K+ MES) with 70 mM Tl+ for 1800s 提交 2024-01-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–163（162 aa）链 B 2–163（162 aa）	未记录	TL THALLIUM (I) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.2 M Sodium Malonate, PEG 3350, 0.1 M MES	分辨率 2.20 Å R-free 0.219

共 49 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPO1_PHYPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 2–163 作者链 B； PDB构建体 1–162； UniProt 2–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vmt
沉积日期 deposition_date	2024-01-13
结构标题 title	Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s
关键词 keywords	Intron encoded homing endonuclease I-PpoI, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.44 Å
零角强度 I(0) i0	56084000.00
分子量 molecular_weight	49016.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57125 Å³
包络体积 envelope_volume	70755 Å³
水化壳体积 shell_volume	24668 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.28 Å
包络 Rg envelope_rg	24.54 Å
形状 Rg shape_rg	24.46 Å
总 Rg total_rg	25.03 Å
总原子数 total_atoms	3382
残基数 n_residues	364
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5611000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.970

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCPTPCPTPTPAPAPGPAPGPAPGPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6437.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	3838

TTGACTCTCTTAAGAGAGTCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intron-encoded endonuclease I-PpoI
分子量 formula_weight	17680.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAAPYGVGFAKNGPTRWQYKRTINQVVHRWGSHTVPFLLEPDNINGKTCTASHLCHNTRCHNPLHLCWESLDDNKGRNWCPGPNGGCVHAVVCLRQGPLYGPGATVAGPQQRGSHFVV

来源 Source

来源生物 organism	Physarum polycephalum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5791
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	364

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	113.580 Å
晶胞边长 b length_b	113.580 Å
晶胞边长 c length_c	87.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.480 Å
最低分辨率 resolution_low	49.180 Å
R 因子 r_factor	0.1796
R_work r_work	0.1787
R_free r_free	0.1962

fit	/app/data/saxs_computation/vm/8vmt/8vmt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vm/8vmt/8vmt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vm/8vmt/8vmt.dat

Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH7.0 (K+ MES) with 500 uM Mg2+ for 160s

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-encoded endonuclease I-PpoI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)