8vnc

Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 320s

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vnc
沉积日期 deposition_date	2024-01-13
结构标题 title	Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 320s
关键词 keywords	Intron encoded homing endonuclease I-PpoI, HYDROLASE, HYDROLASE-DNA complex; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.66 Å
零角强度 I(0) i0	54144700.00
分子量 molecular_weight	48309.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56417 Å³
包络体积 envelope_volume	70944 Å³
水化壳体积 shell_volume	24679 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.45 Å
包络 Rg envelope_rg	24.61 Å
形状 Rg shape_rg	24.67 Å
总 Rg total_rg	25.26 Å
总原子数 total_atoms	3336
残基数 n_residues	364
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8750
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5364000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.604

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPGPAPCPTPCPTPCPTPTPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3916.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	3777

TTGACTCTCTTAA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPAPGPAPGPTPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2475.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	c,d

GAGAGTCA

Entity 3 polymer

描述 description	Intron-encoded endonuclease I-PpoI
分子量 formula_weight	17680.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAAPYGVGFAKNGPTRWQYKRTINQVVHRWGSHTVPFLLEPDNINGKTCTASHLCHNTRCHNPLHLCWESLDDNKGRNWCPGPNGGCVHAVVCLRQGPLYGPGATVAGPQQRGSHFVV

来源 Source

来源生物 organism	Physarum polycephalum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5791
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	397

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	113.650 Å
晶胞边长 b length_b	113.650 Å
晶胞边长 c length_c	88.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	47.790 Å
R 因子 r_factor	0.1801
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.1883

fit	/app/data/saxs_computation/vn/8vnc/8vnc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vn/8vnc/8vnc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vn/8vnc/8vnc.dat

Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH8.0 (Tris) with 500 uM Mg2+ for 320s

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)