Physarum polycephalum
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA | 同源多聚体 | 蛋白 2 DNA 2 | ;DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 SODIUM ION × 2 GLYCEROL × 5 ZINC ION × 4 water × 4 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | PPO1_PHYPO |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 2–163 作者链 B； PDB构建体 1–162； UniProt 2–163 |
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| 条目编号 entry_id | 8vnf |
| 沉积日期 deposition_date | 2024-01-13 |
| 结构标题 title | Homing endonuclease I-PpoI-DNA complex:reaction at pH6.0 (K+ MES) with 500 uM Mn2+ for 20s |
| 关键词 keywords | Intron encoded homing endonuclease I-PpoI, HYDROLASE; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 24.79 Å |
| Rg（电子密度） | 24.52 Å |
| 总 Rg | 25.10 Å |
| 原子数 | 3382 |
| 残基数 | 364 |
| 排除体积 | 57153 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |