8w9e

Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein SIN3

物种未注明

UniProt P22579

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIN3_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1536; UniProt 1–1536

Transcriptional regulatory protein RCO1

物种未注明

UniProt Q04779

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCO1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–684; UniProt 1–684 作者链 F; PDB构建体 1–684; UniProt 1–684

Histone deacetylase RPD3

物种未注明

UniProt P32561

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPD3_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–433; UniProt 1–433

Chromatin modification-related protein EAF3

物种未注明

UniProt Q12432

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EAF3_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–401; UniProt 1–401 作者链 D; PDB构建体 1–401; UniProt 1–401 作者链 G; PDB构建体 1–401; UniProt 1–401

Histone H3.1

物种未注明

UniProt P68431

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 e; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

物种未注明

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 f; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

Histone H2A type 1-B/E

物种未注明

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2B type 1-K × 2 (O60814) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2A1B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130 作者链 g; PDB构建体 1–130; UniProt 1–130

Histone H2B type 1-K

物种未注明

UniProt O60814

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 15 DNA 2 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 (P22579) Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 (Q04779) Histone deacetylase RPD3 × 1 (P32561) Chromatin modification-related protein EAF3 × 3 (Q12432) Histone H3.1 × 2 (P68431) Histone H4 × 2 (P62805) Histone H2A type 1-B/E × 2 (P04908) 5-DNA × 1 3-DNA × 1 ZINC ION × 7 POTASSIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1K_HUMAN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126 作者链 h; PDB构建体 1–126; UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8w9e
沉积日期 deposition_date2023-09-05
结构标题 titleCryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2
关键词 keywordsRpd3S, HDAC, Sin3, Rpd3, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8w9e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8w9e__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

8w9e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)53.92 Å
Rg(电子密度)53.15 Å
总 Rg53.44 Å
原子数27886
残基数2991
排除体积479220 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8w9e__assembly_1__model_1 17-meric (17) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

▶

7. 引用文献 (1)