8zwb

1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

物种未注明

UniProt P29255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731

Photosystem I reaction center subunit III

物种未注明

UniProt P29256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–165； UniProt 1–165

Photosystem I reaction center subunit VIII

物种未注明

UniProt Q55330

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAI_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit IX

物种未注明

UniProt Q55329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAJ_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

物种未注明

UniProt P72712

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （P72986） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAK1_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Photosystem I reaction center subunit XII

物种未注明

UniProt P72986

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （P29254） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （P29255） Photosystem I reaction center subunit III × 1 （P29256） Photosystem I reaction center subunit VIII × 1 （Q55330） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （Q55329） Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 × 1 （P72712） 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 3 CHLOROPHYLL A ISOMER × 1 CHLOROPHYLL A × 92 PHYLLOQUINONE × 2 BETA-CAROTENE × 14 beta,beta-caroten-4-one × 5 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 26 CHLORIDE ION × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 Zeaxanthin × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSAM_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zwb
沉积日期 deposition_date	2024-06-12
结构标题 title	1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits.
关键词 keywords	PSI, assembly intermediates, photosystem I, biochemistry, cryo-EM, photosystem biogenesis., PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8zwb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8zwb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8zwb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.56 Å
Rg（电子密度）	40.79 Å
总 Rg	41.36 Å
原子数	41317
残基数	1786
排除体积	388830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8zwb__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	41672

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81369.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	18267.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKHLLALLLAFTLWFNFAPSASADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4414.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MDGSYAASYLPWILIPMVGWLFPAVTMGLLFIHIESEGEG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
分子量 formula_weight	8649.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MHSFLLATAVPATLSWSPKVAGVMIACNILAIAFGKLTIKQQNVGTPMPSSNFFGGFGLGAVLGTASFGHILGAGVILGLANMGVL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	92

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	beta,beta-caroten-4-one
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	Zeaxanthin
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	355

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	333941

1.8 A resolution structure of the Photosystem I assembly intermediate lacking stromal subunits.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8zwb__assembly_1__model_1

8zwb__assembly_1__model_1 | I(q)

8zwb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer