9bli

Crystal structure of Actin capping protein in complex with a fragment of Legionella pneumophila RavB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bli
沉积日期 deposition_date	2024-04-30
结构标题 title	Crystal structure of Actin capping protein in complex with a fragment of Legionella pneumophila RavB
关键词 keywords	;ACTIN CAPPING PROTEIN, BARBED END REGULATION, CONFORMATIONAL CHANGE, CELL MOTILITY, ACTIN CAPPING, ACTIN-BINDING, CYTOSKELETON, PROTEIN BINDING, SECRETED BACTERIAL EFFECTOR PROTEIN ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.16 Å
零角强度 I(0) i0	67057600.00
分子量 molecular_weight	62453.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77535 Å³
包络体积 envelope_volume	96013 Å³
水化壳体积 shell_volume	29970 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.02 Å
包络 Rg envelope_rg	27.46 Å
形状 Rg shape_rg	27.15 Å
总 Rg total_rg	27.89 Å
总原子数 total_atoms	8694
残基数 n_residues	547
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6647
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.438
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.320
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	23810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.075; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	F-actin-capping protein subunit alpha-1
分子量 formula_weight	33001.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8913

MADFEDRVSDEEKVRIAAKFITHAPPGEFNEVFNDVRLLLNNDNLLREGAAHAFAQYNMDQFTPVKIEGYDDQVLITEHGDLGNGRFLDPRNKISFKFDHLRKEASDPQPEDTESALKQWRDACDSALRAYVKDHYPNGFCTVYGKSIDGQQTIIACIESHQFQPKNFWNGRWRSEWKFTITPPTAQVAAVLKIQVHYYEDGNVQLVSHKDIQDSVQVSSDVQTAKEFIKIIENAENEYQTAISENYQTMSDTTFKALRRQLPVTRTKIDWNKILSYKIGKEMQNA

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	F-actin-capping protein subunit beta isoforms 1 and 2
分子量 formula_weight	27893.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSEFMSDQQLDCALDLMRRLPPQQIEKNLSDLIDLVPSLCEDLLSSVDQPLKIARDKVVGKDYLLCDYNRDGDSYRSPWSNKYDPPLEDGAMPSARLRKLEVEANNAFDQYRDLYFEGGVSSVYLWDLDHGFAGVILIKKAGDGSKKIKGCWDSIHVVEVQEKSSGRTAHYKLTSTVMLWLQTNKTGSGTMNLGGSLTRQMEKDETVSDSSPHIANIGRLVEDMENKIRSTLNEIYFGKTKDIVNGLR

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	4930.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SKREETKLTHFVRERAQGPRGRRLPAHLQAKIKRVSLDKPHS

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.502 Å
晶胞边长 b length_b	55.322 Å
晶胞边长 c length_c	77.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	44.410 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1802
R_free r_free	0.2076

fit	/app/data/saxs_computation/bl/9bli/9bli.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bl/9bli/9bli.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bl/9bli/9bli.dat

Crystal structure of Actin capping protein in complex with a fragment of Legionella pneumophila RavB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)