9cca

Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 167.8 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ;

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–301 链 B； UniProt 2–301 链 C； UniProt 2–301 链 D； UniProt 2–301 链 E； UniProt 2–301 链 F； UniProt 2–301 链 M； UniProt 2–301 链 N； UniProt 2–301 链 O； UniProt 2–301 链 P； UniProt 2–301 链 Q； UniProt 2–301 链 R； UniProt 2–301	突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C)	;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2 ; × 12 （Q7K740,Q8IIK4）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDX1_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 B； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 C； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 D； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 E； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 F； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 M； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 N； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 O； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 P； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 Q； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301 作者链 R； PDB构建体 117–416； UniProt 2–301

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ;

Plasmodium falciparum

UniProt Q7K740

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 101–114 链 A； UniProt 101–114 链 A； UniProt 131–150 链 A； UniProt 131–150 链 A； UniProt 310–383 链 A； UniProt 310–383 链 B； UniProt 101–114 链 B； UniProt 101–114 链 B； UniProt 131–150 链 B； UniProt 131–150 链 B； UniProt 310–383 链 B； UniProt 310–383 链 C； UniProt 101–114 链 C； UniProt 101–114 链 C； UniProt 131–150 链 C； UniProt 131–150 链 C； UniProt 310–383 链 C； UniProt 310–383 链 D； UniProt 101–114 链 D； UniProt 101–114 链 D； UniProt 131–150 链 D； UniProt 131–150 链 D； UniProt 310–383 链 D； UniProt 310–383 链 E； UniProt 101–114 链 E； UniProt 101–114 链 E； UniProt 131–150 链 E； UniProt 131–150 链 E； UniProt 310–383 链 E； UniProt 310–383 链 F； UniProt 101–114 链 F； UniProt 101–114 链 F； UniProt 131–150 链 F； UniProt 131–150 链 F； UniProt 310–383 链 F； UniProt 310–383 链 G； UniProt 101–114 链 G； UniProt 101–114 链 G； UniProt 131–150 链 G； UniProt 131–150 链 G； UniProt 310–383 链 G； UniProt 310–383 链 H； UniProt 101–114 链 H； UniProt 101–114 链 H； UniProt 131–150 链 H； UniProt 131–150 链 H； UniProt 310–383 链 H； UniProt 310–383 链 I； UniProt 101–114 链 I； UniProt 101–114 链 I； UniProt 131–150 链 I； UniProt 131–150 链 I； UniProt 310–383 链 I； UniProt 310–383 链 J； UniProt 101–114 链 J； UniProt 101–114 链 J； UniProt 131–150 链 J； UniProt 131–150 链 J； UniProt 310–383 链 J； UniProt 310–383 链 K； UniProt 101–114 链 K； UniProt 101–114 链 K； UniProt 131–150 链 K； UniProt 131–150 链 K； UniProt 310–383 链 K； UniProt 310–383 链 L； UniProt 101–114 链 L； UniProt 101–114 链 L； UniProt 131–150 链 L； UniProt 131–150 链 L； UniProt 310–383 链 L； UniProt 310–383 链 M； UniProt 101–114 链 M； UniProt 101–114 链 M； UniProt 131–150 链 M； UniProt 131–150 链 M； UniProt 310–383 链 M； UniProt 310–383 链 N； UniProt 101–114 链 N； UniProt 101–114 链 N； UniProt 131–150 链 N； UniProt 131–150 链 N； UniProt 310–383 链 N； UniProt 310–383 链 O； UniProt 101–114 链 O； UniProt 101–114 链 O； UniProt 131–150 链 O； UniProt 131–150 链 O； UniProt 310–383 链 O； UniProt 310–383 链 P； UniProt 101–114 链 P； UniProt 101–114 链 P； UniProt 131–150 链 P； UniProt 131–150 链 P； UniProt 310–383 链 P； UniProt 310–383 链 Q； UniProt 101–114 链 Q； UniProt 101–114 链 Q； UniProt 131–150 链 Q； UniProt 131–150 链 Q； UniProt 310–383 链 Q； UniProt 310–383 链 R； UniProt 101–114 链 R； UniProt 101–114 链 R； UniProt 131–150 链 R； UniProt 131–150 链 R； UniProt 310–383 链 R； UniProt 310–383 链 S； UniProt 101–114 链 S； UniProt 101–114 链 S； UniProt 131–150 链 S； UniProt 131–150 链 S； UniProt 310–383 链 S； UniProt 310–383 链 T； UniProt 101–114 链 T； UniProt 101–114 链 T； UniProt 131–150 链 T； UniProt 131–150 链 T； UniProt 310–383 链 T； UniProt 310–383 链 U； UniProt 101–114 链 U； UniProt 101–114 链 U； UniProt 131–150 链 U； UniProt 131–150 链 U； UniProt 310–383 链 U； UniProt 310–383 链 V； UniProt 101–114 链 V； UniProt 101–114 链 V； UniProt 131–150 链 V； UniProt 131–150 链 V； UniProt 310–383 链 V； UniProt 310–383 链 W； UniProt 101–114 链 W； UniProt 101–114 链 W； UniProt 131–150 链 W； UniProt 131–150 链 W； UniProt 310–383 链 W； UniProt 310–383 链 X； UniProt 101–114 链 X； UniProt 101–114 链 X； UniProt 131–150 链 X； UniProt 131–150 链 X； UniProt 310–383 链 X； UniProt 310–383	突变：K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C) 突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N)	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9CCA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3VDJ Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3VDJ Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
3VDK Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 platinum-bound form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3VDK Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 platinum-bound form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
3VDL Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, P43212 form 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) 链 B 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) 链 C 310–374（65 aa）片段：alpha-TSR domain (UNP residues 310-374)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；295 K；1.4 M sodium citrate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.04 Å R-free 0.240
7RXI Fab234 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；20% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.265
7RXJ Fab236 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；30% PEG2000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.6	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
7RXJ Fab236 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293.15 K；30% PEG2000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.6	分辨率 2.35 Å R-free 0.249
7RXL Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride, pH 6.9	分辨率 1.82 Å R-free 0.255
7RXL Fab1488 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium chloride, pH 6.9	分辨率 1.82 Å R-free 0.255
7RXP Fab1512 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 309–375（67 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 309-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；20% PEG3000, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES. pH 7.5	分辨率 1.76 Å R-free 0.205
7S0X Fab352 in complex with the C-terminal alphaTSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；20% isopropanol, 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
7S0X Fab352 in complex with the C-terminal alphaTSR domain of P. falciparum 提交 2021-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 310–375（66 aa）片段：C-terminal alpha-TSR domain (UNP residues 310-375)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293.15 K；20% isopropanol, 20% PEG4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
7V05 Complex of Plasmodium falciparum circumsporozoite protein with 850 Fab 提交 2022-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 X 20–384（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
8EK1 Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(dominant class) 提交 2022-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 21–375（355 aa）	突变：C-79S, K-38S, K-37S, R-34A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8EKA Cryo-EM structure of a potent anti-malarial antibody L9 in complex with Plasmodium falciparum circumsporozoite protein (PfCSP)(class 2) 提交 2022-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 21–375（355 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8FG0 Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294. 提交 2022-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 281–294（14 aa）片段：residues 281-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.36 Å R-free 0.237
8FG0 Crystal structure of the 3764 Fab in complex with the C-terminal PfCSP linker, PfCSP281-294. 提交 2022-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 281–294（14 aa）片段：residues 281-294	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) glycerol, 0.095 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 2.36 Å R-free 0.237
9C79 Human monoclonal antibody MAD21-101 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M cacodylate	分辨率 1.46 Å R-free 0.200
9C7D Human monoclonal antibody MAD22-38 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride	分辨率 1.99 Å R-free 0.232
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9C7F Human monoclonal antibody MAD24-01 bound to the N-terminus of cleaved circumsporozoite protein 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 96–113（18 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；20% PEG 3350 and 0.2 M potassium fluoride	分辨率 1.82 Å R-free 0.238
9DSR Crystal structure of Fab MS-1805 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Zinc acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol	分辨率 2.25 Å R-free 0.239
9DSS Crystal structure of Fab 7088 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M sodium chloride and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9DST Crystal structure of Fab MS-1805 in complex with N-terminal junction peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 95–110（16 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M sodium citrate, 20% (v/v) 2-propanol and 20% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.74 Å R-free 0.228
9DSU Crystal structure of Fab 7088 in complex with N-terminal junction peptide from circumsporozoite protein 提交 2024-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 95–110（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 1M lithium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.275
9NCY Fab1392 in complex with the C-terminal alpha-TSR domain of the P. falciparum circumsporozoite protein 提交 2025-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 310–376（67 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG-600, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NH4-sulfate, 0.1 M Tris pH 7.0, final pH 5.6.	分辨率 1.63 Å R-free 0.194
9NKZ Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NANP6 peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 20% (v/v) glycerol and 16% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.48 Å R-free 0.210
9NL0 Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Bicine pH 9.0 and 65% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 1.54 Å R-free 0.202
9NL1 Crystal structure of Fab MAM01 in complex with junctional region peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 101–114（14 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.085 M Tris pH 8.5, 0.17 M sodium acetate, 15% (v/v) glycerol and 25.5 % (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 2.71 Å R-free 0.313
9NZF Crystal structure of Fab MAM01 in complex with minor repeat region peptide from circumsporozoite protein 提交 2025-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M potassium acetate, pH 7.8 and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 1.84 Å R-free 0.230
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 101–116（16 aa）链 L 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 U 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM7 Crystal structure of Fab 7160 in complex with junctional region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 101–116（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate (pH 4.5) and 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
9ZM8 Crystal structure of 7160 in complex with minor repeat region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 109–128（20 aa）链 D 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.0), 1 M lithium chloride, and 20% (w/v) PEG 6000.	分辨率 2.27 Å R-free 0.286
9ZM9 Crystal structure of Fab 7160 in complex with short major repeat region (NPNA3) from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 131–142（12 aa）链 F 131–142（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M sodium acetate (pH 7.0) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 1.88 Å R-free 0.245
9ZMA Crystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.33 Å R-free 0.236
9ZMA Crystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.33 Å R-free 0.236
9ZMB Crystal structure of Fab 7118 in complex with minor repeat region from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–128（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), 30% (v/v) 1,2-propanediol, and 20% (v/v) PEG 400	分辨率 2.09 Å R-free 0.243
9ZMC Crystal structure of Fab 7118 in complex with major repeat region (NANP6) from circumsporozoite protein 提交 2025-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–152（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 0.16 M calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, and 20% (v/v) glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.217

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UniProt名称	CSP_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 A； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 A； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 A； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 A； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 A； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 B； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 B； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 B； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 B； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 B； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 B； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 C； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 C； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 C； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 C； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 C； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 C； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 D； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 D； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 D； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 D； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 D； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 D； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 E； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 E； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 E； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 E； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 E； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 E； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 F； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 F； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 F； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 F； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 F； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 F； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 M； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 M； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 M； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 M； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 M； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 M； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 N； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 N； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 N； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 N； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 N； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 N； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 O； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 O； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 O； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 O； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 O； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 O； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 P； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 P； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 P； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 P； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 P； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 P； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 Q； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 Q； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 Q； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 Q； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 Q； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 Q； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 R； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 R； PDB构建体 419–432； UniProt 101–114 作者链 R； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 R； PDB构建体 433–452； UniProt 131–150 作者链 R； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 R； PDB构建体 453–526； UniProt 310–383 作者链 G； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 G； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 G； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 G； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 G； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 G； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 H； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 H； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 H； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 H； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 H； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 H； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 I； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 I； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 I； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 I； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 I； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 I； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 J； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 J； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 J； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 J； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 J； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 J； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 K； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 K； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 K； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 K； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 K； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 K； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 L； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 L； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 L； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 L； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 L； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 L； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 S； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 S； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 S； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 S； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 S； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 S； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 T； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 T； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 T； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 T； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 T； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 T； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 U； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 U； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 U； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 U； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 U； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 U； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 V； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 V； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 V； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 V； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 V； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 V； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 W； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 W； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 W； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 W； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 W； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 W； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383 作者链 X； PDB构建体 4–17； UniProt 101–114 作者链 X； PDB构建体 336–349； UniProt 101–114 作者链 X； PDB构建体 18–37； UniProt 131–150 作者链 X； PDB构建体 350–369； UniProt 131–150 作者链 X； PDB构建体 38–111； UniProt 310–383 作者链 X； PDB构建体 370–443； UniProt 310–383

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2 ;

Plasmodium falciparum

UniProt Q8IIK4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 3–219 链 H； UniProt 3–219 链 I； UniProt 3–219 链 J； UniProt 3–219 链 K； UniProt 3–219 链 L； UniProt 3–219 链 S； UniProt 3–219 链 T； UniProt 3–219 链 U； UniProt 3–219 链 V； UniProt 3–219 链 W； UniProt 3–219 链 X； UniProt 3–219	突变：N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N)	;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ; × 12 （Q7K740,C6KT50）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDX2_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 H； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 I； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 J； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 K； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 L； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 S； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 T； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 U； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 V； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 W； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219 作者链 X； PDB构建体 117–333； UniProt 3–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cca
沉积日期 deposition_date	2024-06-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP)
关键词 keywords	synthase, complex, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.19 Å
零角强度 I(0) i0	4468900000.00
分子量 molecular_weight	580830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	734380 Å³
包络体积 envelope_volume	1103500 Å³
水化壳体积 shell_volume	146940 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.5 Å
壳层 Rg shell_rg	69.05 Å
包络 Rg envelope_rg	57.26 Å
形状 Rg shape_rg	60.25 Å
总 Rg total_rg	60.18 Å
总原子数 total_atoms	82341
残基数 n_residues	5287
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.8 Å
Rg (实空间) rg_real	59.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4475000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6161
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.038
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	122000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.023

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ;
分子量 formula_weight	58417.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.3.6
突变 mutation	K198R,K289C,S293C in Pdx1 (Uniprot numbering: K83R,K174C,S178C)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	82341

MTGNPDPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNAEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFNVVNSGGSGTENHKDDAVLLKHGWCEMLKGGVIMDVKSVEQAKIAEEAGAIGVMVLENIPSELRNKEGVARSVDPSKVEEIKKCVSINVLARVRIGHFVEAQILEELKIDMIDESEVLTIADEMHHIDKHKFKTPFVCGCTNLGEALRRISEGASMIRTKGEAGTGNIIEAIKHIRTVNNEICYLCCLSDSEVYHFAKKINAPIDLVLLTKKLKRLPVVNFAAGGVATPADAAMCMQLGMDGVFVGSGIFESENPRKMAASIVSAVSNFNNPKILLDVSMNLGKAMCGSTRVSDKWKNKNEEHTKFLTPQTGNPDPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNAEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFNVVNSGGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2 ;
分子量 formula_weight	49843.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.3.6,3.5.1.2
突变 mutation	N179Q,N242Q,H310N in Pdx2 (Uniprot numbering: N65Q,N128Q,H196N)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L,S,T,U,V,W,X

MTGNPDPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNAEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFNVVNSGGSGTEITIGVLSLQGDFEPHINHFIKLQIPSLNIIQVRNVHDLGLCDGLVIPGGESTTVRRCCAYEQDTLYNALVHFIHVLKKPIWGTCAGCILLSKNVENIKLYSNFGNKFSFGGLDITICRNFYGSQQDSFICSLNIISDSSAFKKDLTAACIRAPYIREILSDEVKVLATFSHESYGPNIIAAVEQNNCLGTVFNPELLPHTAFQQYFYEKVKNYKYSTGNPDPNANPNVDPNANPNANPNANPNANPNANPNAEPSDKHIKEYLNKIQNSLSTEWSPCSVTCGNGIQVRIKPGSANKPKDELDYANDIEKKICKMEKCSSVFNVVNSGGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	251050

fit	/app/data/saxs_computation/cc/9cca/9cca.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cc/9cca/9cca.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cc/9cca/9cca.dat

Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)