9coo

Nanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apolipoprotein B 100

物种未注明

UniProt P04114

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 6 Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G × 1 (C3SHQ8,P06654,P99134) Legobody 8D3 Fab Heavy Chain × 1 Legobody 8D3 Fab Light Chain × 1 ApoB100 nanobody 4 × 1 Low-density lipoprotein receptor × 1 (P01130) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APOB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–4563; UniProt 1–4563

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Escherichia coli

UniProt C3SHQ8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 6 Apolipoprotein B 100 × 1 (P04114) Legobody 8D3 Fab Heavy Chain × 1 Legobody 8D3 Fab Light Chain × 1 ApoB100 nanobody 4 × 1 Low-density lipoprotein receptor × 1 (P01130) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C3SHQ8_ECOLX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–359; UniProt 27–384

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Escherichia coli

UniProt P06654

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 6 Apolipoprotein B 100 × 1 (P04114) Legobody 8D3 Fab Heavy Chain × 1 Legobody 8D3 Fab Light Chain × 1 ApoB100 nanobody 4 × 1 Low-density lipoprotein receptor × 1 (P01130) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG1_STRSG
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 479–536; UniProt 295–352

Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G

Escherichia coli

UniProt P99134

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 6 Apolipoprotein B 100 × 1 (P04114) Legobody 8D3 Fab Heavy Chain × 1 Legobody 8D3 Fab Light Chain × 1 ApoB100 nanobody 4 × 1 Low-density lipoprotein receptor × 1 (P01130) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPA_STAAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 360–467; UniProt 43–151

Low-density lipoprotein receptor

Homo sapiens

UniProt P01130

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 6 Apolipoprotein B 100 × 1 (P04114) Maltodextrin-binding protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G × 1 (C3SHQ8,P06654,P99134) Legobody 8D3 Fab Heavy Chain × 1 Legobody 8D3 Fab Light Chain × 1 ApoB100 nanobody 4 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CALCIUM ION × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LDLR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–795; UniProt 66–860

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9coo
沉积日期 deposition_date2024-07-17
结构标题 titleNanobody 4 bound to Apolipoprotein B 100
关键词 keywordsApolipoprotein B 100, ApoB100, LDLreceptor, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9coo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9coo__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9coo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)37.96 Å
Rg(电子密度)38.10 Å
总 Rg38.50 Å
原子数7493
残基数1028
排除体积131420 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9coo__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 引用文献 (1)