9cx7

Native human GABAA receptor of beta3-alpha1-gamma2-beta3-alpha2 assembly

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 131.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3

物种未注明

UniProt P28472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 6 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–473 链 D; UniProt 26–473 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 1 (P14867) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18507) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-2 × 1 (P47869) IgG2b Fab_1F4 Heavy Chain × 1 Kappa Fab_1F4 Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3.5 s Blot. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 94 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–448; UniProt 26–473 作者链 D; PDB构建体 1–448; UniProt 26–473

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

物种未注明

UniProt P14867

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 6 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 28–456 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 2 (P28472) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18507) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-2 × 1 (P47869) IgG2b Fab_1F4 Heavy Chain × 1 Kappa Fab_1F4 Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3.5 s Blot. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–429; UniProt 28–456

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

物种未注明

UniProt P18507

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 6 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 40–475 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 2 (P28472) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 1 (P14867) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-2 × 1 (P47869) IgG2b Fab_1F4 Heavy Chain × 1 Kappa Fab_1F4 Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3.5 s Blot. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 70 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–436; UniProt 40–475

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-2

物种未注明

UniProt P47869

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 7 其他聚合物 6 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 29–451 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 × 2 (P28472) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 1 (P14867) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18507) IgG2b Fab_1F4 Heavy Chain × 1 Kappa Fab_1F4 Light Chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;3.5 s Blot. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–423; UniProt 29–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cx7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cx7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cx7
沉积日期 deposition_date2024-07-30
结构标题 titleNative human GABAA receptor of beta3-alpha1-gamma2-beta3-alpha2 assembly
关键词 keywordsIon channels, Heteropentamer, Receptor, Inhibitory., MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.29
零角强度 I(0) i0592642000.00
分子量 molecular_weight206940.0 kDa
排除体积 excluded_volume261860 ų
包络体积 envelope_volume342860 ų
水化壳体积 shell_volume70283 ų
包络直径 envelope_diameter139.7
壳层 Rg shell_rg46.51
包络 Rg envelope_rg39.86
形状 Rg shape_rg40.29
总 Rg total_rg40.65
总原子数 total_atoms14573
残基数 n_residues1755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.1
Rg (实空间) rg_real40.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real5.9260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal592700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8903
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.0
偏度 Skewness skewness0.262
峰度 Kurtosis kurtosis-0.453
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha62780000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.909

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)