DNA replication complex GINS protein PSF1
Saccharomyces cerevisiae W303
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 1–208 | 未记录 | DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 | 分辨率 3.50 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9E2X | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28VY sCMGE assembled on ARS1 DNA with Sld2 and RPA 提交 2026-02-23 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:15-meric |
链 H
1–208(208 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 3JC5 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA;pH 7.5;20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3 seconds before plunging;冷冻剂 ETHANE;Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 4.70 Å |
| 3JC6 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA;pH 7.5;20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3 seconds before plunging;冷冻剂 ETHANE;Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.331 |
| 3JC7 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA;pH 7.5;20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 3 seconds before plunging;冷冻剂 ETHANE;Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 4.80 Å |
| 5U8S Structure of eukaryotic CMG helicase at a replication fork 提交 2016-12-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:tridecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å R-free 0.391 |
| 5U8T Structure of Eukaryotic CMG Helicase at a Replication Fork and Implications 提交 2016-12-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å R-free 0.394 |
| 6PTJ Structure of Ctf4 trimer in complex with one CMG helicase 提交 2019-07-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6PTN Structure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases 提交 2019-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric |
链 A
1–208(208 aa)
链 a
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 6PTO Structure of Ctf4 trimer in complex with three CMG helicases 提交 2019-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric |
链 A
1–208(208 aa)
链 a
1–208(208 aa)
链 n
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6SKL Cryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replication fork - Conformation 1 提交 2019-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:octadecameric |
链 A
1–208(208 aa)
片段:Tof1
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing
in liquid ethane.
|
分辨率 3.70 Å |
| 6U0M Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA 提交 2019-08-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:tridecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 20 PDB 声明:22-meric |
链 A
1–208(208 aa)
片段:Tof1
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual plunger
|
分辨率 3.20 Å |
| 8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:23-meric |
链 C
1–208(208 aa)
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:23-meric |
链 C
1–208(208 aa)
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8B9C S. cerevisiae pol alpha - replisome complex 提交 2022-10-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:eicosameric |
链 C
1–208(208 aa)
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8KG6 Yeast replisome in state I 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:20-meric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.
|
分辨率 3.07 Å |
| 8KG8 Yeast replisome in state II 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:octadecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.
|
分辨率 4.23 Å |
| 8KG9 Yeast replisome in state III 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:octadecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.
|
分辨率 4.52 Å |
| 8P5E S. cerevisiae nexus-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-24 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:15-meric |
链 H
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8P62 S. cerevisiae ssDNA-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:14-meric |
链 H
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8P63 S. cerevisiae consensus-sCMGE on ssDNA after DNA replication initiation 提交 2023-05-25 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:14-meric |
链 H
1–208(208 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8W7M Yeast replisome in state V 提交 2023-08-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:hexadecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.
|
分辨率 4.12 Å |
| 8W7S Yeast replisome in state IV 提交 2023-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:hexadecameric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.
|
分辨率 7.39 Å |
| 8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:29-meric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9E2W Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 1 提交 2024-10-23 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:15-meric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0
|
分辨率 3.30 Å |
| 9E2Y Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 3 提交 2024-10-23 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:14-meric |
链 A
1–208(208 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0
|
分辨率 3.20 Å |
| 9RHI pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (monomer) 提交 2025-06-09 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 17 PDB 声明:19-meric |
链 H
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9RHJ Pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (dimer) 提交 2025-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:32-meric |
链 H
1–208(208 aa)
链 O
1–208(208 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | PSF1_YEAST |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 1–208 |