9e2x

Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 210.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF1

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt Q12488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–208 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSF1_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–208; UniProt 1–208

DNA replication complex GINS protein PSF2

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P40359

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–213 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSF2_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–213; UniProt 1–213

DNA replication complex GINS protein PSF3

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt Q12146

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–194 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PSF3_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 24–217; UniProt 1–194

DNA replication complex GINS protein SLD5

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt Q03406

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–294 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 SLD5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–294; UniProt 1–294

Cell division control protein 45

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt Q08032

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–650 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 CDC45_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–650; UniProt 1–650

DNA replication licensing factor MCM2

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P29469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 1–868 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM2_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–868; UniProt 1–868

DNA replication licensing factor MCM3

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P24279

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 1–971 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MCM3_YEAST
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–971; UniProt 1–971

DNA replication licensing factor MCM4

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P30665

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 4; UniProt 1–933 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM4_YEAST
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–933; UniProt 1–933

Minichromosome maintenance protein 5

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P29496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 5; UniProt 1–775 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM5_YEAST
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–775; UniProt 1–775

DNA replication licensing factor MCM6

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P53091

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 6; UniProt 1–1017 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_YEAST
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–1017; UniProt 1–1017

DNA replication licensing factor MCM7

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P38132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 7; UniProt 1–845 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_YEAST
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–845; UniProt 1–845

Topoisomerase 1-associated factor 1

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt P53840

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 X; UniProt 1–1238 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Chromosome segregation in meiosis protein 3 × 1 (Q04659) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOF1_YEAST
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–1238; UniProt 1–1238

Chromosome segregation in meiosis protein 3

Saccharomyces cerevisiae W303

UniProt Q04659

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明:15-meric(15) 与全部聚合物数一致 链 Y; UniProt 48–139 未记录 DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 (Q12488) DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 (P40359) DNA replication complex GINS protein PSF3 × 1 (Q12146) DNA replication complex GINS protein SLD5 × 1 (Q03406) Cell division control protein 45 × 1 (Q08032) Leading strand DNA template × 1 Lagging strand DNA template × 1 DNA replication licensing factor MCM2 × 1 (P29469) DNA replication licensing factor MCM3 × 1 (P24279) DNA replication licensing factor MCM4 × 1 (P30665) Minichromosome maintenance protein 5 × 1 (P29496) DNA replication licensing factor MCM6 × 1 (P53091) DNA replication licensing factor MCM7 × 1 (P38132) Topoisomerase 1-associated factor 1 × 1 (P53840) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSM3_YEAST
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–92; UniProt 48–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e2x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e2x
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e2x
沉积日期 deposition_date2024-10-23
结构标题 titleCryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 2
关键词 keywordshelicase, DNA replication, cell division, fork stalling, translocation, REPLICATION, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron61.97
零角强度 I(0) i07057750000.00
分子量 molecular_weight702950.0 kDa
排除体积 excluded_volume877560 ų
包络体积 envelope_volume1317100 ų
水化壳体积 shell_volume170500 ų
包络直径 envelope_diameter207.0
壳层 Rg shell_rg68.55
包络 Rg envelope_rg60.49
形状 Rg shape_rg62.01
总 Rg total_rg61.95
总原子数 total_atoms98329
残基数 n_residues6044
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.0
Rg (实空间) rg_real61.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54
I(0) (实空间) i0_real7.0580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3750e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal62.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7063000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8686
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary75.6
偏度 Skewness skewness0.227
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha1035000000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.880

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)