9e9c

;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate bound to NSUN4, METRF4, GTPBP7, GTPBP10 and the MALSU1-L0R8F8-mt-ACP complex (without uL16m), State B1 (SAMC knock-out) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 278.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e9c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e9c
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9e9c
沉积日期 deposition_date2024-11-08
最后修订 last_revision2025-08-06
结构标题 title;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate bound to NSUN4, METRF4, GTPBP7, GTPBP10 and the MALSU1-L0R8F8-mt-ACP complex (without uL16m), State B1 (SAMC knock-out) ;
关键词 keywordsmitochondria, ribosome assembly, large subunit, ribosome; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier75.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron78.71
零角强度 I(0) i049552600000.00
分子量 molecular_weight1546800.0 kDa
排除体积 excluded_volume1790900 ų
包络体积 envelope_volume2974300 ų
水化壳体积 shell_volume293180 ų
包络直径 envelope_diameter255.4
壳层 Rg shell_rg89.41
包络 Rg envelope_rg77.84
形状 Rg shape_rg78.89
总 Rg total_rg78.30
总原子数 total_atoms198863
残基数 n_residues10702
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax278.0
Rg (实空间) rg_real78.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.67
I(0) (实空间) i0_real4.9560e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7190e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal76.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49640000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8820
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary92.7
偏度 Skewness skewness0.542
峰度 Kurtosis kurtosis0.327
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9929
最高正则化参数 α highest_alpha6318000000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.674; Stabil: 0.890; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.843

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (62)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)