9hch

;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate bound to NSUN4, METRF4, GTPBP7 and the MALSU1-L0R8F8-mt-ACP complex, State C1 (SAMC knock-out) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 275.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hch

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hch
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9hch
沉积日期 deposition_date2024-11-10
结构标题 title;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate bound to NSUN4, METRF4, GTPBP7 and the MALSU1-L0R8F8-mt-ACP complex, State C1 (SAMC knock-out) ;
关键词 keywordsmitochondria, ribosome, large subunit, assembly intermediate; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier74.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron78.05
零角强度 I(0) i049764900000.00
分子量 molecular_weight1547200.0 kDa
排除体积 excluded_volume1789800 ų
包络体积 envelope_volume2926200 ų
水化壳体积 shell_volume289820 ų
包络直径 envelope_diameter255.5
壳层 Rg shell_rg89.07
包络 Rg envelope_rg77.35
形状 Rg shape_rg78.22
总 Rg total_rg77.65
总原子数 total_atoms198693
残基数 n_residues10668
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax275.8
Rg (实空间) rg_real78.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real4.9770e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8530e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal75.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49850000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8805
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary91.9
偏度 Skewness skewness0.547
峰度 Kurtosis kurtosis0.335
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9886
最高正则化参数 α highest_alpha6106000000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 0.890; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.838

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (63)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)