9hcd

;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate (with uL16m) bound to MRM3-dimer, DDX28 and the MALSU-L0R8F8-mt-ACP complex, state A2 (SAMC knock-out) ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 293.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hcd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hcd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9hcd
沉积日期 deposition_date2024-11-08
结构标题 title;Mouse mitoribosome large subunit assembly intermediate (with uL16m) bound to MRM3-dimer, DDX28 and the MALSU-L0R8F8-mt-ACP complex, state A2 (SAMC knock-out) ;
关键词 keywordsmitochondria, ribosome, large subunit, assembly intermediate; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier81.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron84.22
零角强度 I(0) i037102800000.00
分子量 molecular_weight1367700.0 kDa
排除体积 excluded_volume1598900 ų
包络体积 envelope_volume2967600 ų
水化壳体积 shell_volume284940 ų
包络直径 envelope_diameter271.3
壳层 Rg shell_rg89.06
包络 Rg envelope_rg80.77
形状 Rg shape_rg84.36
总 Rg total_rg83.88
总原子数 total_atoms177802
残基数 n_residues9734
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax293.4
Rg (实空间) rg_real84.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.59
I(0) (实空间) i0_real3.7110e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4710e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal82.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37200000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8880
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary108.1
偏度 Skewness skewness0.503
峰度 Kurtosis kurtosis0.269
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0310
最高正则化参数 α highest_alpha2319000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.891; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.732

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (53)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)