SAXSdb — 9ex7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenine-specific methyltransferase BrxX

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1205 链 B； UniProt 1–1205	未记录	Protein Ocr × 2 （P03775） MG MAGNESIUM ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EX7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9EWZ Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with DNA 提交 2024-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1205（1205 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.22 Å
9EXH Cryo-EM structure of the Apo E. coli BrxX methyltransferase 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1205（1205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGLX_ECOHS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1205； UniProt 1–1205 作者链 B； PDB构建体 1–1205； UniProt 1–1205

Protein Ocr

Escherichia phage T7

UniProt P03775

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–117 链 D； UniProt 1–117	未记录	Adenine-specific methyltransferase BrxX × 2 （P0DUF9） MG MAGNESIUM ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EX7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.83 Å R-free 0.239
1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–117（117 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.83 Å R-free 0.239
1S7Z Structure of Ocr from Bacteriophage T7 提交 2004-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–117（117 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；32%PEG-8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M caesium chloride, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.83 Å R-free 0.239
2Y7C Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534. 提交 2011-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–116（116 aa）链 E 1–116（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM TRIS-CL, 100 MM NACL；pH 4.7；20MM TRIS-CL, 100 MM NACL	分辨率 18.00 Å
6R9B Cryo-EM structure of bacterial RNAP with a DNA mimic protein Ocr from T7 phage 提交 2019-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–117（117 aa）链 G 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6R9G Structural basis of transcription inhibition by the DNA mimic Ocr protein of bacteriophage T7 提交 2019-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–117（117 aa）链 G 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7BST EcoR124I-Ocr in the Intermediate State 提交 2020-03-31	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–117（117 aa）链 G 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.37 Å
7BTP EcoR124I-Ocr in Restriction-Alleviation State 提交 2020-04-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–117（117 aa）链 F 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
7EEW Crystal structure of the intact MTase from Vibrio vulnificus YJ016 in complex with the DNA-mimicking Ocr protein and the S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) 提交 2021-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.293
8Q56 PglX methyltransferase of Salmonella BREX phage defence system (aka BrxX) bound to inhibitor Ocr 提交 2023-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–117（117 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.1 M NaCl, 0.1 M KCl, 14% PEG 4000, 6% MPD	分辨率 3.50 Å R-free 0.292
8V45 CryoEM structure of AriA-Ocr complex 提交 2023-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 O 1–117（117 aa）链 P 1–117（117 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
8ZEK Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase complexed with Ocr 提交 2024-05-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–117（117 aa）链 C 1–117（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OCR_BPT7
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 D； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ex7
沉积日期 deposition_date	2024-04-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with Ocr
关键词 keywords	Methyltransferase, phage defense, BREX, DNA-binding, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.90 Å
零角强度 I(0) i0	1272390000.00
分子量 molecular_weight	298590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	373790 Å³
包络体积 envelope_volume	583380 Å³
水化壳体积 shell_volume	90762 Å³
包络直径 envelope_diameter	193.2 Å
壳层 Rg shell_rg	55.72 Å
包络 Rg envelope_rg	53.40 Å
形状 Rg shape_rg	54.89 Å
总 Rg total_rg	54.96 Å
总原子数 total_atoms	21055
残基数 n_residues	2596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1272000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8537
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.277
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	244200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.726

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Adenine-specific methyltransferase BrxX
分子量 formula_weight	138128.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	21055

MNTNNIKKYAPQARNDFRDAVIQKLTTLGIAADKKGNLQIAEAETIGETVRYGQFDYPLSTLPRRERLVKRAREQGFEVLVEHCAYTWFNRLCAIRYMELHGYLDHGFRMLSHPETPTAFEVLDHVPEVAEALLPESKAQLVEMKLSGNQDEALYRELLLGQCHALHHAMPFLFEAVDDEAELLLPDNLTRTDSILRGLVDDIPEEDWEQVEVIGWLYQFYISEKKDAVIGKVVKSEDIPAATQLFTPNWIVQYLVQNSVGRQWLQTYPDSPLKDKMEYYIEPAEQTPEVQAQLAAITPASIEPESIKVLDPACGSGHILTEAYNVLKAIYEERGYRTRDIPQLILENNIFGLDIDDRAAQLSGFAMLMLARQDDRRILGRGVRLNIVSLQESKLDIAEVWTKLNFHQHMQRGSMGDMFTQGTALANTDSAEYKLLMRTLALFTSAKTLGSLIQVPQEDEAALKAFLERLYRLAVEGDIQQKEAAAELIPYIQQAWILAQRYDAVVANPPYMGGKGMNGDLKEFAKKQFPDSKSDLFAMFMQHAFSLLKENGFNAQVNMQSWMFLSSYEALRGWLLDNKTFITMAHLGARAFGQISGEVVQTTAWVIKNNHSGFYKPVFFRLVDDNEEHKKNNLLNRMNCFKNTLQNDFKKIPGSPIAYWATLAFINSFLKLPALGTRAVKGLDTNGSIDVFLRRWPEVSINSFDALGKGNSKWFPIAKGGELRKWFGNHEYIINYENDGIELRKNKANLRNKDMYFQEGGTWTVVSTTGFSMRYMPKGFLFDQGGSAVFCENNDELSIYNILACMNSKYINYSASLICPTLNFTTGDVRKFPVIKNNHLEDLAKKAIEISKADWNQFETSWEFSKNKLIEHKGNVAYSYASYCNFQDKLYEQLVNIEKNINNIIEEILGFKIETTENSELITLNSNKIYRYGQSETNDTFLNRHRSDTISELISYSVGCQMGRYSLDREGLVYAHEGNKGFAELAAEGAYKTFPADNDGILPLMDDEWFEDDVTSRVKEFVRTVWGEEHLQENLEFIAESLCLYAIKPKKGESALETIRRYLSTQFWKDHMKMYKKRPIYWLFSSGKEKAFECLVYLHRYNDATLSRMRTEYVVPLLARYQANIDRLNDQLDEASGGEATRLKRERDSLIKKFSELRSYDDRLRHYADMRISIDLDDGVKVNYGKFGDLLADVKAITGNAPEAI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Ocr
分子量 formula_weight	13819.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAMSNMTYNNVFDHAYEMLKENIRYDDIRDTDDLHDAIHMAADNAVPHYYADIFSVMASEGIDLEFEDSGLMPDTKDVIRILQARIYEQLTIDLWEDAEDLLNEYLEEVEEYEEDEE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94764

fit	/app/data/saxs_computation/ex/9ex7/9ex7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ex/9ex7/9ex7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ex/9ex7/9ex7.dat

Cryo-EM structure of the E. coli BrxX methyltransferase in complex with Ocr

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenine-specific methyltransferase BrxX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Ocr

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)