9fa7

Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 201.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 15

Homo sapiens

UniProt Q96N11

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–449 未记录 Integrator complex subunit 10 × 1 (Q9NVR2) Integrator complex subunit 13 × 1 (Q9NVM9) Integrator complex subunit 14 × 1 (Q96SY0) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT15_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449

Integrator complex subunit 10

Homo sapiens

UniProt Q9NVR2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–710 未记录 Integrator complex subunit 15 × 1 (Q96N11) Integrator complex subunit 13 × 1 (Q9NVM9) Integrator complex subunit 14 × 1 (Q96SY0) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT10_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–710; UniProt 1–710

Integrator complex subunit 13

Homo sapiens

UniProt Q9NVM9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–706 未记录 Integrator complex subunit 15 × 1 (Q96N11) Integrator complex subunit 10 × 1 (Q9NVR2) Integrator complex subunit 14 × 1 (Q96SY0) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT13_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–706; UniProt 1–706

Integrator complex subunit 14

Homo sapiens

UniProt Q96SY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–518 未记录 Integrator complex subunit 15 × 1 (Q96N11) Integrator complex subunit 10 × 1 (Q9NVR2) Integrator complex subunit 13 × 1 (Q9NVM9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT14_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–518; UniProt 1–518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fa7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fa7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fa7
沉积日期 deposition_date2024-05-10
结构标题 titleStructure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3)
关键词 keywordsIntegrator complex assembly, RNA polymerase II transcription termination, transcription factors, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier69.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron69.98
零角强度 I(0) i0601473000.00
分子量 molecular_weight209210.0 kDa
排除体积 excluded_volume262910 ų
包络体积 envelope_volume496280 ų
水化壳体积 shell_volume62152 ų
包络直径 envelope_diameter225.2
壳层 Rg shell_rg66.66
包络 Rg envelope_rg66.11
形状 Rg shape_rg69.97
总 Rg total_rg69.95
总原子数 total_atoms14712
残基数 n_residues1961
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax201.7
Rg (实空间) rg_real69.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.48
I(0) (实空间) i0_real6.0120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal599400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7615
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.8
偏度 Skewness skewness0.243
峰度 Kurtosis kurtosis-1.032
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0027
最高正则化参数 α highest_alpha13340000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.468; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)