9g6f

Inactive PSII dimer from native Peak4 PSII dimers

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 188.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g6f
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
结构标题 title	Inactive PSII dimer from native Peak4 PSII dimers
关键词 keywords	PSII, native intermediate, PSII assembly, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.44 Å
零角强度 I(0) i0	2928080000.00
分子量 molecular_weight	588730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	787860 Å³
包络体积 envelope_volume	891630 Å³
水化壳体积 shell_volume	130490 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.6 Å
壳层 Rg shell_rg	60.99 Å
包络 Rg envelope_rg	54.71 Å
形状 Rg shape_rg	54.43 Å
总 Rg total_rg	54.64 Å
总原子数 total_atoms	41861
残基数 n_residues	4205
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	188.2 Å
Rg (实空间) rg_real	54.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2928000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6268
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.155
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	347600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.775

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (33)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1 1
分子量 formula_weight	39777.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	42670

MTTTLQRRESANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFTALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEVMXERNAHNFPLDLASAESAPVAMIAPSING

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56656.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSITGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSFYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSGIDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRRKEAV

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	50287.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MVTLSSNSIFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39388.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAIGRAPAERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9580.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MAGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQLK

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	5067.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MTSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7358.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKALG

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4438.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKDLE

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	4105.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MMSEGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5028.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MIDALVLVAKLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4299.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3981.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MEVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3906.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITKK

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center X protein
分子量 formula_weight	4322.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	5039.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

MGIFNGIIEFLSNINFEVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6766.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV

Entity 17 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	70

Entity 20 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 21 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 23 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 24 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

Entity 25 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 26 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 29 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 30 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 31 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 32 non-polymer

描述 description	(3R)-beta,beta-caroten-3-ol
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	809

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	417537

fit	/app/data/saxs_computation/g6/9g6f/9g6f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/9g6f/9g6f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/9g6f/9g6f.dat

Inactive PSII dimer from native Peak4 PSII dimers

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (33)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)