9i62

CryoEM structure of a RAD51 D-loop

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 189.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 9 DNA 3 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–339 链 B； UniProt 1–339 链 C； UniProt 1–339 链 D； UniProt 1–339 链 E； UniProt 1–339 链 F； UniProt 1–339 链 G； UniProt 1–339 链 H； UniProt 1–339 链 I； UniProt 1–339	未记录	DNA (26-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 DNA (41-MER) × 1 CA CALCIUM ION × 18 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9I62	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B22 RAD51 (N-TERMINAL DOMAIN) 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–114（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NACL；压力 1	分辨率未提供
1N0W Crystal structure of a RAD51-BRCA2 BRC repeat complex 提交 2002-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 97–339（243 aa）片段：ATPase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；ETHYLENE GLYCOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
5H1B Human RAD51 presynaptic complex 提交 2016-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）	突变：K313Q 突变：K313Q 突变：K313Q	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
5H1C Human RAD51 post-synaptic complexes 提交 2016-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
5JZC helical filament 提交 2016-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 4.20 Å
5NP7 CryoEM structure of Human Rad51 on single-stranded DNA to 4.2A resolution. 提交 2017-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.20 Å
5NWL Crystal structure of a human RAD51-ATP filament. 提交 2017-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH 5.2 MPD	分辨率 3.93 Å R-free 0.317
5NWL Crystal structure of a human RAD51-ATP filament. 提交 2017-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH 5.2 MPD	分辨率 3.93 Å R-free 0.317
7C9A Human RAD51 post-synaptic complexes mutant (V273P, D274G) 提交 2020-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）	突变：V273P, D274G 突变：V273P, D274G 突变：V273P, D274G	CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).	分辨率 3.43 Å
7EJC human RAD51 presynaptic complex 提交 2021-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 J46 4-bromanyl-N-(4-bromophenyl)-3-[(phenylmethyl)sulfamoyl]benzamide × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
7EJE human RAD51 post-synaptic complex 提交 2021-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
8BQ2 CryoEM structure of the pre-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+ 提交 2022-11-18	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 CA CALCIUM ION × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8BR2 CryoEM structure of the post-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+ 提交 2022-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8BSC CryoEM structure of the RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ADP and Ca2+ 提交 2022-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8GYK CryoEM structure of the RAD51_ADP filament 提交 2022-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
8JND The cryo-EM structure of the nonameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-06-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）链 O 1–339（339 aa）链 P 1–339（339 aa）链 Q 1–339（339 aa）链 R 1–339（339 aa）链 S 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
8JNE The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome without the linker DNA binding 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）链 O 1–339（339 aa）链 P 1–339（339 aa）链 Q 1–339（339 aa）链 R 1–339（339 aa）链 S 1–339（339 aa）链 T 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.68 Å
8JNF The cryo-EM structure of the RAD51 filament bound to the nucleosome 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）链 O 1–339（339 aa）链 P 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.91 Å
8PBC RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 CA CALCIUM ION × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
8PBD RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 CA CALCIUM ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
8R64 Cryo-EM structure of the FIGNL1 AAA hexamer bound to RAD51 提交 2023-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8RCD RAD51 nucleoprotein filament on abasic single-stranded DNA 提交 2023-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 CA CALCIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8RCF RAD51 nucleoprotein filament on double-stranded abasic DNA 提交 2023-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8UVW Crystal structure of RAD51-BRCA2 Cter complex 提交 2023-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 85–339（255 aa）链 D 97–339（243 aa）	突变：C319S 突变：S208E,A209D,C3287A,C3304A,C391S	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% v/v 1,4-Dioxane 0.05 M MOPS pH 7.0 0.005 M Magnesium chloride hexahydrate 0.001 M Spermine	分辨率 2.73 Å R-free 0.282
8XBT The cryo-EM structure of the octameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）链 O 1–339（339 aa）链 P 1–339（339 aa）链 Q 1–339（339 aa）链 R 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
8XBU The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）链 O 1–339（339 aa）链 P 1–339（339 aa）链 Q 1–339（339 aa）链 R 1–339（339 aa）链 S 1–339（339 aa）链 T 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
8XBV The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the sticky end of the nucleosome 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.61 Å
8XBW The cryo-EM structure of the RAD51 N-terminal lobe domain bound to the histone H4 tail of the nucleosome 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 L 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8XBX The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.36 Å
8XBY The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome 提交 2023-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9OMY Cryo-EM structure of an octameric RAD51-XRCC3-RAD51C (RAD51-X3C) complex 提交 2025-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9OMZ Cryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (51-X3CDX2) complex. 提交 2025-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–339（339 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
9Q23 DX2-CX3-RAD51 structure in the intermediate state 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
9Q25 DX2-CX3-RAD51 in the closed state 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 G 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9Q28 DX2-CX3-RAD51 in the active state 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
9Q29 DX2-CX3 structure capping RAD51 filament 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 13 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
9Q2A BCDX2-CX3-RAD51-RAD51-ssDNA supercomplex 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9Q2B DX2-CX3-RAD51 bound to DNA bubble 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9QN8 RAD51 filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 A 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 CA CALCIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9QNA RAD51 filament in complex with magnesium and ATP 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
9QNB RAD51 filament in complex with magnesium and ADP 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 K POTASSIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.63 Å
9QNC RAD51 filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus 提交 2025-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 A 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9SRZ RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus 提交 2025-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
9SSL RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (peptide) 提交 2025-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9SVX XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on single stranded DNA 提交 2025-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 CA CALCIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9SVY XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on partially duplex DNA 提交 2025-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9SW0 XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on a D-loop intermediate 提交 2025-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）链 G 1–339（339 aa）链 H 1–339（339 aa）链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 CA CALCIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9TRL RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (beta-barrel) 提交 2025-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：12-meric	链 A 1–339（339 aa）链 B 1–339（339 aa）链 C 1–339（339 aa）链 D 1–339（339 aa）链 E 1–339（339 aa）链 F 1–339（339 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9TRM RAD51-dsDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus 提交 2025-12-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9TYY RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54 N-terminus 提交 2026-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 I 1–339（339 aa）链 J 1–339（339 aa）链 K 1–339（339 aa）链 L 1–339（339 aa）链 M 1–339（339 aa）链 N 1–339（339 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9ZZR Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex 提交 2026-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 E 22–338（317 aa）链 F 24–337（314 aa）链 K 22–338（317 aa）链 O 22–338（317 aa）链 R 22–337（316 aa）链 V 22–337（316 aa）链 W 22–338（317 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å

共 50 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD51_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 B； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 C； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 E； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 F； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 G； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 H； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 I； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i62
沉积日期 deposition_date	2025-01-29
结构标题 title	CryoEM structure of a RAD51 D-loop
关键词 keywords	DNA REPAIR, HOMOLOGOUS RECOMBINATION, STRAND EXCHANGE, ATPASE, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.04 Å
零角强度 I(0) i0	2042380000.00
分子量 molecular_weight	347470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	422560 Å³
包络体积 envelope_volume	584130 Å³
水化壳体积 shell_volume	92608 Å³
包络直径 envelope_diameter	200.3 Å
壳层 Rg shell_rg	56.10 Å
包络 Rg envelope_rg	51.76 Å
形状 Rg shape_rg	52.06 Å
总 Rg total_rg	52.06 Å
总原子数 total_atoms	24161
残基数 n_residues	2939
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.9 Å
Rg (实空间) rg_real	51.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2042000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8472
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.416
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.175
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	392900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.961

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	37009.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	24205

MAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDAKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	9768.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TTTTTTTTTTTCGTGTGGTACTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (41-MER)
分子量 formula_weight	15271.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

CCGACTGACGCTCAACATAGGTACCACACGGCGAGCTCGATGCACCTCCA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (41-MER)
分子量 formula_weight	15474.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

TGGAGGTGCATCGAGCTCGCGACAAACCTTCTATGTTGAGCGTCAGTCGG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	102679

fit	/app/data/saxs_computation/i6/9i62/9i62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/9i62/9i62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/9i62/9i62.dat

CryoEM structure of a RAD51 D-loop

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)