9kmr

Human Hsp90-PINK1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 127.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock protein HSP 90-alpha

物种未注明

UniProt P07900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–732 链 B; UniProt 1–732 未记录 Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial × 1 (Q9BXM7) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 438 个其他 PDB 条目、530 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS90A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–732; UniProt 1–732 作者链 B; PDB构建体 1–732; UniProt 1–732

Serine/threonine-protein kinase PINK1, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9BXM7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–581 未记录 Heat shock protein HSP 90-alpha × 2 (P07900) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PINK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–581; UniProt 1–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kmr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kmr
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9kmr
沉积日期 deposition_date2024-11-17
结构标题 titleHuman Hsp90-PINK1 complex
关键词 keywordsHsp90, PINK1, CYTOSOLIC PROTEIN, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.26
零角强度 I(0) i0503816000.00
分子量 molecular_weight185490.0 kDa
排除体积 excluded_volume233440 ų
包络体积 envelope_volume315590 ų
水化壳体积 shell_volume66187 ų
包络直径 envelope_diameter133.9
壳层 Rg shell_rg45.76
包络 Rg envelope_rg38.50
形状 Rg shape_rg39.26
总 Rg total_rg39.65
总原子数 total_atoms13029
残基数 n_residues1613
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.8
Rg (实空间) rg_real39.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real5.0380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal503900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8948
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.1
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.433
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha88540000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.921

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)