9lz0

Cryo-EM structure of PTH1R-beta-arrestin1 complex in state 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 144.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-1

Bos taurus

UniProt P17870

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–393 未记录 Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 Long-acting PTH × 1 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor × 1 (Q03431) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–393; UniProt 1–393

Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

Homo sapiens

UniProt Q03431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 27–509 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Beta-arrestin-1 × 1 (P17870) Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 Long-acting PTH × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTH1R_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–483; UniProt 27–509

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lz0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lz0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9lz0
沉积日期 deposition_date2025-02-21
结构标题 titleCryo-EM structure of PTH1R-beta-arrestin1 complex in state 1
关键词 keywordsCryo-EM structure, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.23
零角强度 I(0) i0101670000.00
分子量 molecular_weight49586.0 kDa
排除体积 excluded_volume48754 ų
包络体积 envelope_volume122850 ų
水化壳体积 shell_volume31190 ų
包络直径 envelope_diameter151.9
壳层 Rg shell_rg38.05
包络 Rg envelope_rg35.49
形状 Rg shape_rg37.23
总 Rg total_rg37.30
总原子数 total_atoms3538
残基数 n_residues882
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.7
Rg (实空间) rg_real37.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.26
I(0) (实空间) i0_real1.0170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal101700000.0000
解质量估计 total_estimate0.5768
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.8
偏度 Skewness skewness0.489
峰度 Kurtosis kurtosis-0.062
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11290000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.558; Smooth: 0.944

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)