9mfz

Streptavidin-E101Q-K121A-L124E bound to Fe(III)-biotin-pentyl-dipicolylamine cofactor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mfz
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
最后修订 last_revision	2025-12-17
结构标题 title	Streptavidin-E101Q-K121A-L124E bound to Fe(III)-biotin-pentyl-dipicolylamine cofactor
关键词 keywords	biotin-streptavidin complex, artificial metalloprotein, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.63 Å
零角强度 I(0) i0	99162100.00
分子量 molecular_weight	51927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50076 Å³
包络体积 envelope_volume	77860 Å³
水化壳体积 shell_volume	28509 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.55 Å
包络 Rg envelope_rg	22.01 Å
形状 Rg shape_rg	21.44 Å
总 Rg total_rg	22.56 Å
总原子数 total_atoms	4046
残基数 n_residues	500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9044
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.110
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Streptavidin
分子量 formula_weight	13214.2 kDa
突变 mutation	E101Q, K121A, L124E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4604

MGRDEAGITGTWYNQLGSTFIVTAGADGALTGTYESAVGNAESRYVLTGRYDSAPATDGSGTALGWTVAWKNNYRNAHSATTWSGQYVGGAQARINTQWLLTSGTTEANAWASTEVGHDTFTKVK

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces avidinii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1895
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(5-{bis[(pyridin-2-yl)methyl]amino}pentyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide
分子量 formula_weight	510.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	443

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	192.511 Å
晶胞边长 b length_b	57.633 Å
晶胞边长 c length_c	57.633 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	45.920 Å
R 因子 r_factor	0.1671
R_work r_work	0.1659
R_free r_free	0.1889

fit	/app/data/saxs_computation/mf/9mfz/9mfz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/9mfz/9mfz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/9mfz/9mfz.dat

Streptavidin-E101Q-K121A-L124E bound to Fe(III)-biotin-pentyl-dipicolylamine cofactor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction