9oh5

Cryo-EM structure of the assembled MS2 CPM58 VLP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 85.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MS2 CPM58

Escherichia phage MS2

UniProt P03612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 120 PDB 声明:120-meric(120) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 59–130 链 A; UniProt 2–130 链 A; UniProt 2–58 链 B; UniProt 59–130 链 B; UniProt 2–130 链 B; UniProt 2–58 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.62 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 59–130 链 A; UniProt 2–130 链 A; UniProt 2–58 链 B; UniProt 59–130 链 B; UniProt 2–130 链 B; UniProt 2–58 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.62 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 59–130 链 A; UniProt 2–130 链 A; UniProt 2–58 链 B; UniProt 59–130 链 B; UniProt 2–130 链 B; UniProt 2–58 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.62 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 59–130 链 A; UniProt 2–130 链 A; UniProt 2–58 链 B; UniProt 59–130 链 B; UniProt 2–130 链 B; UniProt 2–58 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.62 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 59–130 链 A; UniProt 2–130 链 A; UniProt 2–58 链 B; UniProt 59–130 链 B; UniProt 2–130 链 B; UniProt 2–58 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、204 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPSD_BPMS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–72; UniProt 59–130 作者链 A; PDB构建体 73–201; UniProt 2–130 作者链 A; PDB构建体 202–258; UniProt 2–58 作者链 B; PDB构建体 1–72; UniProt 59–130 作者链 B; PDB构建体 73–201; UniProt 2–130 作者链 B; PDB构建体 202–258; UniProt 2–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9oh5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9oh5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9oh5
沉积日期 deposition_date2025-05-02
结构标题 titleCryo-EM structure of the assembled MS2 CPM58 VLP
关键词 keywordsbacteriophage, circular permutation, virus like particle; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.08
零角强度 I(0) i029396900.00
分子量 molecular_weight41171.0 kDa
排除体积 excluded_volume51487 ų
包络体积 envelope_volume69937 ų
水化壳体积 shell_volume24232 ų
包络直径 envelope_diameter88.4
壳层 Rg shell_rg31.10
包络 Rg envelope_rg25.59
形状 Rg shape_rg25.08
总 Rg total_rg25.81
总原子数 total_atoms2894
残基数 n_residues387
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.0
Rg (实空间) rg_real25.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real2.9400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8886
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4
偏度 Skewness skewness0.401
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4339000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)