9pt1

Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W:Y19W:L117E mutant of hCRBPII bound to fluorophore TD-1V-10

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P50120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–134 突变:Q108K:K40L:T51V:T53S:R58W:Y19W:L117E A1CK0 (2E)-3-{4-[5-(dimethylamino)thiophen-2-yl]phenyl}but-2-enal × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;PEG4000, ammonium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.0 - 4.8 分辨率 1.48 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、200 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pt1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pt1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pt1
沉积日期 deposition_date2025-07-27
最后修订 last_revision2025-10-01
结构标题 titleQ108K:K40L:T51V:T53S:R58W:Y19W:L117E mutant of hCRBPII bound to fluorophore TD-1V-10
关键词 keywordshuman cellular retinol binding protein II, hCRBPII, fluorescent protein, engineered protein, RETINOL BINDING PROTEIN; RETINOL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.04
零角强度 I(0) i08855710.00
分子量 molecular_weight14836.0 kDa
排除体积 excluded_volume14422 ų
包络体积 envelope_volume21858 ų
水化壳体积 shell_volume13049 ų
包络直径 envelope_diameter46.6
壳层 Rg shell_rg20.06
包络 Rg envelope_rg14.31
形状 Rg shape_rg13.96
总 Rg total_rg15.05
总原子数 total_atoms1138
残基数 n_residues133
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.5
Rg (实空间) rg_real15.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real8.8560e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8856000.0000
解质量估计 total_estimate0.8940
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.8
偏度 Skewness skewness0.114
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1611000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)