9s2i

Ternary structure of 14-3-3, CRAF R256S NS mutant phosphopeptide (pS259), and compound 78 (1124378)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–231 未记录 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase × 2 (P04049) CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 WQN 1-[8-(4-bromophenyl)sulfonyl-5-oxa-2,8-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]-2-chloranyl-ethanone × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400 分辨率 1.67 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–236; UniProt 1–231

RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase

物种未注明

UniProt P04049

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 255–265 突变:R256S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein sigma × 2 (P31947) CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 WQN 1-[8-(4-bromophenyl)sulfonyl-5-oxa-2,8-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]-2-chloranyl-ethanone × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400 分辨率 1.67 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–11; UniProt 255–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9s2i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9s2i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9s2i
沉积日期 deposition_date2025-07-21
结构标题 titleTernary structure of 14-3-3, CRAF R256S NS mutant phosphopeptide (pS259), and compound 78 (1124378)
关键词 keywordsPPI, 14-3-3, molecular glue, CRAF, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.29
零角强度 I(0) i028083900.00
分子量 molecular_weight26400.0 kDa
排除体积 excluded_volume25113 ų
包络体积 envelope_volume42140 ų
水化壳体积 shell_volume18628 ų
包络直径 envelope_diameter70.6
壳层 Rg shell_rg25.35
包络 Rg envelope_rg19.85
形状 Rg shape_rg19.26
总 Rg total_rg19.99
总原子数 total_atoms1966
残基数 n_residues245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.9
Rg (实空间) rg_real20.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real2.8080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28080000.0000
解质量估计 total_estimate0.6617
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.204
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5127000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)