9u3n

Crystal structure of FGFR2 kinase domain gatekeeper mutant V564F in complex with compound LC-F2-01

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibroblast growth factor receptor 2

Homo sapiens

UniProt P21802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 458–768 突变:V564F A1ENT ~{N}-[4-[4-azanyl-7-methyl-5-[2-(3-methylimidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)ethynyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.2M Sodium formate, 20% PEG3,3500+16% Glutaric acid, 0.16% Mellitic acid, 0.16% Oxalic acid, 0.16% Pimelic acid, 0.16% Sebacic acid,0.16% trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES Na pH6.8 分辨率 3.25 Å R-free 0.342
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 458–768 突变:V564F A1ENT ~{N}-[4-[4-azanyl-7-methyl-5-[2-(3-methylimidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)ethynyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl]prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;0.2M Sodium formate, 20% PEG3,3500+16% Glutaric acid, 0.16% Mellitic acid, 0.16% Oxalic acid, 0.16% Pimelic acid, 0.16% Sebacic acid,0.16% trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES Na pH6.8 分辨率 3.25 Å R-free 0.342

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FGFR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–311; UniProt 458–768 作者链 B; PDB构建体 1–311; UniProt 458–768

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9u3n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9u3n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9u3n
沉积日期 deposition_date2025-03-18
最后修订 last_revision2025-04-23
结构标题 titleCrystal structure of FGFR2 kinase domain gatekeeper mutant V564F in complex with compound LC-F2-01
关键词 keywordsFGFR2, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.50
零角强度 I(0) i0124446000.00
分子量 molecular_weight58898.0 kDa
排除体积 excluded_volume56998 ų
包络体积 envelope_volume103620 ų
水化壳体积 shell_volume31343 ų
包络直径 envelope_diameter92.4
壳层 Rg shell_rg34.91
包络 Rg envelope_rg27.22
形状 Rg shape_rg27.48
总 Rg total_rg28.10
总原子数 total_atoms4440
残基数 n_residues548
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.3
Rg (实空间) rg_real28.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real1.2440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal124400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9067
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.6
偏度 Skewness skewness0.214
峰度 Kurtosis kurtosis-0.576
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha42250000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.939

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)