9v0b

Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-4A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL4A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–775； UniProt 2–759

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q16531

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1140； UniProt 1–1140

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 26–427； UniProt 41–442

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1

Homo sapiens

UniProt P51668

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2D1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–146； UniProt 2–147

Zinc finger protein Aiolos

Homo sapiens

UniProt Q9UKT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IKZF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 3–58； UniProt 142–197

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEDD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） Ubiquitin × 1 （P62979） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 5–111； UniProt 2–108

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P62979

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cullin-4A × 1 （Q13619） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 × 1 （P51668） Zinc finger protein Aiolos × 1 （Q9UKT9） NEDD8 × 1 （Q15843） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 1 （P62877） ZINC ION × 6 (3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS27A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v0b
沉积日期 deposition_date	2025-05-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly
关键词 keywords	Molecular glue degrader, avadomide, CRL4 ubiquitin ligase, DDB1, CRBN, Complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v0b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v0b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.03 Å
Rg（电子密度）	54.97 Å
总 Rg	55.06 Å
原子数	20730
残基数	2613
排除体积	370600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v0b__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-4A
分子量 formula_weight	89368.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20731

GPGSGWSHPQFEKGSGSADEAPRKGSFSALVGRTNGLTKPAALAAAPAKPGGAGGSKKLVIKNFRDRPRLPDNYTQDTWRKLHEAVRAVQSSTSIRYNLEELYQAVENLCSHKVSPMLYKQLRQACEDHVQAQILPFREDSLDSVLFLKKINTCWQDHCRQMIMIRSIFLFLDRTYVLQNSTLPSIWDMGLELFRTHIISDKMVQSKTIDGILLLIERERSGEAVDRSLLRSLLGMLSDLQVYKDSFELKFLEETNCLYAAEGQRLMQEREVPEYLNHVSKRLEEEGDRVITYLDHSTQKPLIACVEKQLLGEHLTAILQKGLDHLLDENRVPDLAQMYQLFSRVRGGQQALLQHWSEYIKTFGTAIVINPEKDKDMVQDLLDFKDKVDHVIEVCFQKNERFVNLMKESFETFINKRPNKPAELIAKHVDSKLRAGNKEATDEELERTLDKIMILFRFIHGKDVFEAFYKKDLAKRLLVGKSASVDAEKSMLSKLKHECGAAFTSKLEGMFKDMELSKDIMVHFKQHMQNQSDSGPIDLTVNILTMGYWPTYTPMEVHLTPEMIKLQEVFKAFYLGKHSGRKLQWQTTLGHAVLKAEFKEGKKEFQVSLFQTLVLLMFNEGDGFSFEEIKMATGIEDSELRRTLQSLACGKARVLIKSPKGKEVEDGDKFIFNGEFKHKLFRIKINQIQMKETVEEQVSTTERVFQDRQYQIDAAIVRIMKMRKTLGHNLLVSELYNQLKFPVKPGDLKKRIESLIDRDYMERDKDNPNQYHYVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA damage-binding protein 1
分子量 formula_weight	127097.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	48874.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSSHHHHHHHHSSGLEVLFQGPGSSAKKPNIINFDTSLPTSHTYLGADMEEFHGRTLHDDDSCQVIPVLPQVMMILIPGQTLPLQLFHPQEVSMVRNLIQKDRTFAVLAYSNVQEREAQFGTTAEIYAYREEQDFGIEIVKVKAIGRQRFKVLELRTQSDGIQQAKVQILPECVLPSTMSAVQLESLNKCQIFPSKPVSREDQCSYKWWQKYQKRKFHCANLTSWPRWLYSLYDAETLMDRIKKQLREWDENLKDDSLPSNPIDFSYRVAACLPIDDVLRIQLLKIGSAIQRLRCELDIMNKCTSLCCKQCQETEITTKNEIFSLSLCGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKACNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTIPDTEDEISPDKVILCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1
分子量 formula_weight	16490.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ALKRIQKELSDLQRDPPAHCSAGPVGDDLFHWQATIMGPPDSAYQGGVFFLTVHFPTDYPFKPPKIAFTTKIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTVSKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPDIAQIYKSDKEKYNRHAREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Zinc finger protein Aiolos
分子量 formula_weight	6549.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GPGERPFQCNQCGASFTQKGNLLRHICLHTGEKPFKCHLCNYATQRRDALTGHLRTHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	NEDD8
分子量 formula_weight	8574.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	12457.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

GPGSAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	(3S)-3-(5-azanyl-2-methyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)piperidine-2,6-dione
分子量 formula_weight	286.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.540 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	60674

Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-4A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA damage-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zinc finger protein Aiolos

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v0b__assembly_1__model_1

9v0b__assembly_1__model_1 | I(q)

9v0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source