9z3j

HCoV-NL63 S2' peptide bound to TMPRSS2 S441A (complexed with the H1H7 Fab and an anti-kappa-nanobody)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 122.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;HCoV-NL63 S2' peptide ;

Human coronavirus NL63

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 866–880	未记录	Inactive TMPRSS2 construct × 1 （O15393） H1H7 heavy chain × 1 H1H7 light chain × 1 anti-kappa nanobody × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Z3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IEQ Core Structure of S2 from the Human Coronavirus NL63 Spike Glycoprotein 提交 2006-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 981–1037（57 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link 链 A 1242–1283（42 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link 链 B 981–1037（57 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link 链 B 1242–1283（42 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link 链 C 981–1037（57 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link 链 C 1242–1283（42 aa）片段：residues 981-1038, 1242-1283 connected by 10-mer link	未记录	NA SODIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；PEG 400, sodium acetate, Imidazole, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.240
3KBH Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor 提交 2009-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 481–616（136 aa）片段：residues 481-616 链 G 481–616（136 aa）片段：residues 481-616	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；20% PEG 6000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K	分辨率 3.31 Å R-free 0.300
3KBH Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor 提交 2009-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 481–616（136 aa）片段：residues 481-616 链 H 481–616（136 aa）片段：residues 481-616	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；285 K；20% PEG 6000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K	分辨率 3.31 Å R-free 0.300
5SZS Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy 提交 2016-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 16–1291（1276 aa）链 B 16–1291（1276 aa）链 C 16–1291（1276 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7FC3 structure of NL63 receptor-binding domain complexed with horse ACE2 提交 2021-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 481–611（131 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；1.8M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 2% v/v polyethylene glycol monomethylether 550	分辨率 3.19 Å R-free 0.283
7KIP A 3.4 Angstrom cryo-EM structure of the human coronavirus spike trimer computationally derived from vitrified NL63 virus particles 提交 2020-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1356（1356 aa）链 B 1–1356（1356 aa）链 C 1–1356（1356 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8FR7 A hinge glycan regulates spike bending and impacts coronavirus infectivity 提交 2023-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1356（1356 aa）链 B 1–1356（1356 aa）链 C 1–1356（1356 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
9OPQ TMPRSS2 (S441A) bound to the HCoV-NL63 S2'region genetically fused to the HCoV-HKU1 RBD 提交 2025-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 867–877（11 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVHNL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–15； UniProt 866–880

Inactive TMPRSS2 construct

Homo sapiens

UniProt O15393

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 110–249 链 B； UniProt 256–492	突变：S441A	;HCoV-NL63 S2' peptide ; × 1 （Q6Q1S2） H1H7 heavy chain × 1 H1H7 light chain × 1 anti-kappa nanobody × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9Z3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7MEQ Crystal structure of human TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2021-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 109–492（384 aa）	未记录	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；30.0% (w/v) Jeffamine ED-2001 7.0, 0.1 M HEPES pH7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
7XYD Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were mutated to DDDDK	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.58 Å R-free 0.248
7XYD Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Nafamostat 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were mutated to DDDDK	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.58 Å R-free 0.248
7Y0E Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Camostat 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7Y0E Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Camostat 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7Y0F Crystal structure of TMPRSS2 in complex with UK-371804 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 (SSRQSR) in the database have been replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 I9V 2-[(1-carbamimidamido-4-chloranyl-isoquinolin-7-yl)sulfonylamino]-2-methyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
7Y0F Crystal structure of TMPRSS2 in complex with UK-371804 提交 2022-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 (SSRQSR) in the database have been replaced with DDDDK.	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 I9V 2-[(1-carbamimidamido-4-chloranyl-isoquinolin-7-yl)sulfonylamino]-2-methyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 5.0, 16% w/v PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
8HD8 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
8HD8 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with 212-148 提交 2022-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：Residues 250-255 SSRQSR were replaced with DDDDK.	CA CALCIUM ION × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M acetic acid/sodium acetate, pH 4.0, 20% w/v PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.218
8JHZ Cryo-EM structure of the TcsH-TMPRSS2 complex 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 106–492（387 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.20 Å
8JI0 Cryo-EM structure of the TcsH-CROP in complex with TMPRSS2 提交 2023-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 106–492（387 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8S0L Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07 提交 2024-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20 %w/v PEG 3350, 0.05 M HEPES (pH 7.0), 1 %w/v Tryptone, 0.001 %w/v NaN3	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
8S0M Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01 提交 2024-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4	分辨率 3.55 Å R-free 0.221
8S0M Crystal structure of the HKU1 receptor binding domain in complex with TMPRSS2 and the nanobody A01 提交 2024-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 107–492（386 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.35 M NaH2PO4, 0.65 M K2HPO4	分辨率 3.55 Å R-free 0.221
8S0N Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07 提交 2024-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–492（386 aa）	突变：S441A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；10 %w/v PEG 3000, 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
8S0N Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07 提交 2024-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 107–492（386 aa）	突变：S441A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；10 %w/v PEG 3000, 0.1 M imidazole (pH 8.0), 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
8V04 High resolution TMPRSS2 structure following acylation by nafamostat 提交 2023-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer containing 25 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, and 2 mM CaCl2	分辨率 1.58 Å R-free 0.181
8V1F TMPRSS2 complexed with the noncovalent inhibitor 6-amidino-2-napthol 提交 2023-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）片段：SRCR domain non-catalytic chain residues 148-254 链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；precipitant containing 20% PEG3350, 0.2 M dibasic ammonium citrate. Protein mixed 1uL:1uL protein:precipitant and set as 2 uL hanging drop on glass slides	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
8V1F TMPRSS2 complexed with the noncovalent inhibitor 6-amidino-2-napthol 提交 2023-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 148–255（108 aa）片段：SRCR domain non-catalytic chain residues 148-254 链 D 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D, R252D, Q253D, S254D, R255K	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CIT CITRIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；precipitant containing 20% PEG3350, 0.2 M dibasic ammonium citrate. Protein mixed 1uL:1uL protein:precipitant and set as 2 uL hanging drop on glass slides	分辨率 2.19 Å R-free 0.223
8VGT Structure of the HKU1 RBD bound to the human TMPRSS2 receptor 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8Y1D 2up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 109–492（384 aa）链 E 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8Y1E 3up-TM conformation of HKU1-B S protein after incubation of the receptor 提交 2024-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 109–492（384 aa）链 E 109–492（384 aa）链 F 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 51	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8Y7X Structure of HCoV-HKU1A spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 x 109–492（384 aa）链 y 109–492（384 aa）链 z 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8Y7Y Local structure of HCoV-HKU1A spike in complex with TMPRSS2 and glycan 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MJJ methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8Y87 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-1up conformation with 1TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8Y88 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-2up conformation with 2TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8Y89 Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 2TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
8Y8A Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 109–492（384 aa）链 H 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å
8Y8B Local structure of HCoV-HKU1C spike in complex with TMPRSS2 and glycan 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 109–492（384 aa）链 T 109–492（384 aa）	未记录	MJJ methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8YOY Structure of HKU1A RBD with TMPRSS2 提交 2024-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
8YQQ Structure of HKU1B RBD with TMPRSS2 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9E83 TMPRSS2 crystal structure following acylation by UCSF_157 提交 2024-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–255（108 aa）链 B 256–492（237 aa）片段：Peptidase S1 domain residues 256-492	突变：S251D/R252D/Q253D/S254D/R255K	CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 VU4 4-(2-aminoethyl)benzoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；3 uL hanging drop (2:1 protein:precipitant) grown over precipitant solution containing 25%PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 4.6. Protein (10 mg/mL) was in a buffer containing 25 mM Tris pH 8.0, 75 mM NaCl, and 2 mM CaCl2	分辨率 2.07 Å R-free 0.260
9IZN Crystal structure of HKU1A RBD bound to TMPRSS2 提交 2024-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 109–492（384 aa）	突变：R255Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole (pH 7.0) and 8% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9JCX Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD and TMPRSS2 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K 突变：S441A	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% (w/v) Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.75 Å R-free 0.237
9JD0 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 C 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
9JD0 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
9JD1 Crystal structure of TMPRSS2 in complex with Fab 提交 2024-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；50 mM MES pH 5.6, 8.6% (w/v) Polyethylene glycol 4,000, 17.1% (v/v) Polyethylene glycol 600	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
9K3T Cryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752 mAb and 2228 mAb 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 109–492（384 aa）	突变：250SSRQSR255 replaced with DDDDDK	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OPQ TMPRSS2 (S441A) bound to the HCoV-NL63 S2'region genetically fused to the HCoV-HKU1 RBD 提交 2025-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 110–492（383 aa）	突变：S441A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9OPR TMPRSS2 S441A in complex with the H1H7 Fab and anti-kappa light chain nanobody 提交 2025-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 110–492（383 aa）	突变：S441A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9U8G Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody77_10 提交 2025-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 109–254（146 aa）链 B 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.0, 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
9U8G Crystal structure of TMPRSS2 in complex with nanobody77_10 提交 2025-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 109–254（146 aa）链 D 256–492（237 aa）	突变：S250D,S251D,R252D,Q253D, S254K	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.0, 10% w/v PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

共 33 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMPS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 123–262； UniProt 110–249 作者链 B； PDB构建体 268–504； UniProt 256–492

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9z3j
沉积日期 deposition_date	2025-11-06
结构标题 title	HCoV-NL63 S2' peptide bound to TMPRSS2 S441A (complexed with the H1H7 Fab and an anti-kappa-nanobody)
关键词 keywords	;TMPRSS2, NL63, S2prime, coronavirus, cleavage, SARS-CoV-2, spike, fusion, protease, entry, antiviral, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex ;; VIRAL PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.52 Å
零角强度 I(0) i0	138954000.00
分子量 molecular_weight	94675.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118110 Å³
包络体积 envelope_volume	157220 Å³
水化壳体积 shell_volume	37637 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.97 Å
包络 Rg envelope_rg	35.81 Å
形状 Rg shape_rg	36.50 Å
总 Rg total_rg	36.88 Å
总原子数 total_atoms	6684
残基数 n_residues	895
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	138900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8597
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.739

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;HCoV-NL63 S2' peptide ;
分子量 formula_weight	1679.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6773

RIAGRSALEDLLFSK

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus NL63
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	277944
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Inactive TMPRSS2 construct
分子量 formula_weight	57816.8 kDa
突变 mutation	S441A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTRLTVLALLAGLLASSRASMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHRENDDDDKTTGSKCSNSGIECDSSGTCINPSNWCDGVSHCPGGEDENRCVRLYGPNFILQVYSSQRKSWHPVCQDDWNENYGRAACRDMGYKNNFYSSQGIVDDSGSTSFMKLNTSAGNVDIYKKLYHSDACSSKAVVSLRCIACGVNLNDDDDKIVGGESALPGAWPWQVSLHVQNVHVCGGSIITPEWIVTAAHCVEKPLNNPWHWTAFAGILRQSFMFYGAGYQVEKVISHPNYDSKTKNNDIALMKLQKPLTFNDLVKPVCLPNPGMMLQPEQLCWISGWGATEEKGKTSEVLNAAKVLLIETQRCNSRYVYDNLITPAMICAGFLQGNVDSCQGDAGGPLVCSKNNIWWLIGDTSWGSGCAKAYRPGVYGNVMVFTDWIYRQMRADGDDDDKSGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H1H7 heavy chain
分子量 formula_weight	24054.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQSPGKGLEWVAVIWNDGSYVYYADSVKGRFTISRDISKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCAREGEWVLYYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	H1H7 light chain
分子量 formula_weight	23510.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASTLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYNSYSYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	anti-kappa nanobody
分子量 formula_weight	17252.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MKKTAIAIAVALAGFATVAQAAPMGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	89

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	270089

fit	/app/data/saxs_computation/z3/9z3j/9z3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/9z3j/9z3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/9z3j/9z3j.dat

HCoV-NL63 S2' peptide bound to TMPRSS2 S441A (complexed with the H1H7 Fab and an anti-kappa-nanobody)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;HCoV-NL63 S2' peptide ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inactive TMPRSS2 construct

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)