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蛋白结构与聚集状态

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当前蛋白身份：F1SKN8 重新检索
43PDB条目
43Biological assembly
46链与assembly记录
本组结构的主要差异维度
组装状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
6EXV Structure of mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by Alpha-amanitin 提交 2017-11-09 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GMH Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 提交 2018-05-26 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：heptadecameric（17） 待复核
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；10s wait prior to blotting, blotting 8.5s
分辨率 3.10 Å
6GML Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF 提交 2018-05-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6TED Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 提交 2019-11-11 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2 microliters applied to both sides of grid. Sample incubated on grid for 10s prior to blotting. Blotting for 8.5s.
分辨率 3.10 Å
7B0Y Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex 提交 2020-11-23 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7B7U Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2 提交 2020-12-11 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7NVS RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7NVT RNA polymerase II core pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7NVU RNA polymerase II core pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7OKX Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1 (composite structure) 提交 2021-05-18 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7OKY Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1(composite structure) 提交 2021-05-18 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7OL0 Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5) 提交 2021-05-18 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OO3 Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA (Structure1) 提交 2021-05-26 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7OOB Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-ADPBeF3 (Structure2) 提交 2021-05-27 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7OOP Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-PAF-SPT6 (Structure 3) 提交 2021-05-28 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OPC Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 4) 提交 2021-05-31 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OPD Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) 提交 2021-05-31 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OZN RNA Polymerase II dimer (Class 1) 提交 2021-06-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致
链 F 1–127（127 aa）
链 R 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7OZO RNA Polymerase II dimer (Class 2) 提交 2021-06-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致
链 F 1–127（127 aa）
链 R 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7OZP RNA Polymerase II dimer (Class 3) 提交 2021-06-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白数一致
链 F 1–127（127 aa）
链 R 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric（31） 待复核
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7ZWD Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U5 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ZX7 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-20 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ZX8 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) 提交 2022-05-20 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8B3D Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. 提交 2022-09-16 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8B3F Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 提交 2022-09-16 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8OEU Structure of the mammalian Pol II-SPT6 complex (composite structure, Structure 4) 提交 2023-03-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8OEV Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, lacking ELOA latch (composite structure, structure 3) 提交 2023-03-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
8OEW Structure of the mammalian Pol II-Elongin complex, lacking the ELOA latch (composite structure, structure 2) 提交 2023-03-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8OF0 Structure of the mammalian Pol II-SPT6-Elongin complex, Structure 1 提交 2023-03-13 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
8P4A Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 1 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8P4B Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 2 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8P4C Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 3 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8P4D Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 4 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8P4E Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 5 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8P4F Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 6 提交 2023-05-20 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致
链 F 1–127（127 aa）
未记录 MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å

页面展示的是PDB/mmCIF中的结构证据。“未记录非水小分子”不等于实验样品绝对无配体； 实验环境属于整个PDB实验记录，配体与拷贝数按具体biological assembly展示。