当前蛋白身份：G1TJR3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6D90 Mammalian 80S ribosome with a double translocated CrPV-IRES, P-site tRNA and eRF1. 提交 2018-04-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–181（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6P5I Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 1) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AR
1–196（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5J Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 2) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AR
1–196（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5K Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with the Israeli Acute Paralysis Virus IRES (Class 3) 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 AR
1–196（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5 to 3 s
|
分辨率 3.10 Å |
| 6P5N Structure of a mammalian 80S ribosome in complex with a single translocated Israeli Acute Paralysis Virus IRES and eRF1 提交 2019-05-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 AR
1–196（196 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3s
Wait time = 15s
Drain time = 0s
Blot time = 2.5s
|
分辨率 3.20 Å |
| 7MDZ 80S rabbit ribosome stalled with benzamide-CHX 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 277 ZN ZINC ION × 8 Z2V N-[(1R,3S,4R,5S)-3-{(1R)-2-[(2R,4r,6S)-2,6-dihydroxypiperidin-4-yl]-1-hydroxyethyl}-4-hydroxy-1,5-dimethylcyclohexyl]benzamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 sec blot
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TM3 Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-01-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 0.25% digitonin, 50 mM biotin
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 sec with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging
|
分辨率 3.25 Å |
| 7TUT Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 4-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-02-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 0.25% digitonin, 50 mM biotin
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging.
|
分辨率 3.88 Å |
| 8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8SCB Terminating ribosome with SRI-41315 提交 2023-04-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 312 ZN ZINC ION × 8 ZVM (2S,4aS)-2-cyclobutyl-10-methyl-3-phenyl-2,10-dihydropyrimido[4,5-b]quinoline-4,5(3H,4aH)-dione × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8VFT Translating 80S rabbit ribosome stalled by emetine with eEF2 提交 2023-12-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 276 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 34G emetine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VVP Codon sampling state obtained from Anisomycin-treated mammalian ribosomes 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：88-meric（88） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 260 ZN ZINC ION × 8 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 6 SPM SPERMINE × 2 K POTASSIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SER SERINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VVT Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the rotated conformation 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 144 ANM ANISOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 100 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 0.5 mM Spermidine, 0.04 mM Spermine, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9F1B Mammalian ternary complex of a translating 80S ribosome, NAC and NatA/E 提交 2024-04-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：89-meric（89） 与全部聚合物一致 |
链 BR
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 420 ZN ZINC ION × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 306 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9F1C Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E 提交 2024-04-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：90-meric（90） 与全部聚合物一致 |
链 BR
1–196（196 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 277 MG MAGNESIUM ION × 420 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 ZN ZINC ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.78 Å |
| 9F1D Mammalian quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatA/E-HYPK 提交 2024-04-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 85 PDB 声明：91-meric（91） 与全部聚合物一致 |
链 BR
1–196（196 aa）
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 295 SPD SPERMIDINE × 30 MG MAGNESIUM ION × 420 SPM SPERMINE × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 9QQA Ternary complex of translating ribosome, NAC and NMT1 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 BR
1–196（196 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 407 UNX UNKNOWN LIGAND × 187 SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9QQB Quaternary complex of a translating ribosome, NAC, NMT1, and NatA 提交 2025-03-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：89-meric（89） 与全部聚合物一致 |
链 BR
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 412 UNX UNKNOWN LIGAND × 168 ZN ZINC ION × 8 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9YPG GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the GTPase activation-like state, Structure III 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPO GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIa 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPS GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIb 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPT GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIc 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9YPV GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IId 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPW GTPBP1*GDP*Phe-tRNA*ribosome in the post-GTP hydrolysis state, Structure IV 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9YPY Ribosome with accommodated A-site tRNA, Structure V 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9YPZ Vacant ribosome with P-site tRNA, substate 1, Structure Ia 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9YQ0 Vacant ribosome with P-site tRNA, substate 2, Structure Ib 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9YQ1 Vacant ribosome with P-site tRNA, substate 3, Structure Ic 提交 2025-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–196（196 aa）
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |