当前蛋白身份：O43290
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 L
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 P
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 4PYU The conserved ubiquitin-like protein hub1 plays a critical role in splicing in human cells 提交 2014-03-28 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 T
117–135（19 aa）
片段：UBL5 BINDING MOTIF (UNP RESIDUES 117-135)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.15 M SODIUM ACETATE, 20% W/V PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 9
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6QW6 Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. 提交 2019-03-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：39-meric（39） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Wait 30s, blot for 2s to 3s.
|
分辨率 2.92 Å |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 4S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 4J
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 4J
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8Q7N cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) 提交 2023-08-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.29 Å |
| 8QOZ Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss+ATPgammaS Complex (core part) 提交 2023-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QP8 Cryo-EM Structure of Pre-B Complex (core part) 提交 2023-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QP9 Cryo-EM Structure of Pre-B+AMPPNP Complex (core part) 提交 2023-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8QPA Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ssLNG Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPB Cryo-EM Structure of Pre-B+ATP Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QPE Cryo-EM Structure of Pre-B-like Complex (core part) 提交 2023-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8QPK Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part) 提交 2023-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric（61） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.60 Å |
| 8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric（62） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8Y6O Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part 提交 2024-02-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–800（800 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.38 Å |