当前蛋白身份：P02671
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
26–35（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
26–35（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
26–35（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
26–35（10 aa）
链 I
26–35（10 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1FZA CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN FRAGMENT D 提交 1997-08-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: X, Y, Z -X, Y+1/2, -Z
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.363 |
| 1FZB CRYSTAL STRUCTURE OF CROSSLINKED FRAGMENT D 提交 1997-08-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE FRAGMENT D
链 D
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE FRAGMENT D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；13-14% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 1MM SODIUM AZIDE 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.318 |
| 1FZC CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH TWO DIFFERENT BOUND LIGANDS 提交 1998-05-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE-D
链 D
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE-D
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；12% PEG 3350, 50 MM TRIS PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 5MM GLY-PRO-ARG-PRO-AMIDE, 5MM GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.290 |
| 1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 B
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 C
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 D
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 1FZD STRUCTURE OF RECOMBINANT ALPHAEC DOMAIN FROM HUMAN FIBRINOGEN-420 提交 1998-06-22 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 F
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 G
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
链 H
666–866（201 aa）
片段：ALPHA-EC DOMAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 20% PEG 3350, 0.15 M CACL2, 0.1M IMIDAZOLE- ACETATE PH 5.5 0.002 M SODIUM AZIDE, vapor diffusion - sitting drop
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.255 |
| 1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.318 |
| 1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.318 |
| 1FZE CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN 提交 1998-12-23 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.318 |
| 1FZF CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT DOUBLE-D FROM HUMAN FIBRIN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1998-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT DOUBLE-D
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.8；pH 7.8
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.302 |
| 1FZG CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT D FROM HUMAN FIBRINOGEN WITH THE PEPTIDE LIGAND GLY-HIS-ARG-PRO-AMIDE 提交 1999-01-01 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT DOUBLE-D
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT DOUBLE-D
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.8；pH 7.8
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.302 |
| 1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fragment D (residues 126-191)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 1LT9 Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D 提交 2002-05-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fragment D (residues 126-191)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 70mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fragment D (residues 126-191)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 1LTJ Crystal Structure of Recombinant Human Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligands Gly-Pro-Arg-Pro-Amide and Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2002-05-20 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fragment D (residues 126-191)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；7% PEG 3350, 12.5mM Calcium Chloride, 2mM Sodium Azide, 50mM Tris pH 8.5, 2mM GHRP-amide, 2mM GPRP-amide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 1N86 Crystal structure of human D-dimer from cross-linked fibrin complexed with GPR and GHRPLDK peptide ligands. 提交 2002-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN
链 D
130–216（87 aa）
片段：DOUBLE-D ALPHA CHAIN
链 G
36–38（3 aa）
片段：sequence database residues 36-38
链 H
36–38（3 aa）
片段：sequence database residues 36-38
|
未记录 | NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, Tris buffer. 10 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.289 |
| 1N8E Fragment Double-D from Human Fibrin 提交 2002-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
130–218（89 aa）
片段：double-D alpha chain
链 D
130–218（89 aa）
片段：double-D alpha chain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.416 |
| 1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.263 |
| 1RE3 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2003-11-06 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.263 |
| 1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.271 |
| 1RE4 Crystal Structure of Fragment D of BbetaD398A Fibrinogen 提交 2003-11-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fragment D of fibrinogen alpha chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.271 |
| 1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.286 |
| 1RF0 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen 提交 2003-11-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；14-15% PEG 3350, 70 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.286 |
| 1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.281 |
| 1RF1 Crystal Structure of Fragment D of gammaE132A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2003-11-07 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fibrinogen alpha/alpha-E Chain
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9-10% PEG 3350, 12.5 mM calcium chloride, 2 mM sodium azide, 50 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.281 |
| 1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
20–42（23 aa）
片段：RESIDUES 1 - 23
|
突变：F308Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.245 |
| 1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 N
20–42（23 aa）
片段：RESIDUES 1 - 23
|
突变：F308Y | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.245 |
| 2A45 Crystal structure of the complex between thrombin and the central "E" region of fibrin 提交 2005-06-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 G
36–92（57 aa）
片段：UNP P02671, residues 36-92
链 J
36–92（57 aa）
片段：UNP P02671, residues 36-92
|
未记录 | 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.9；298 K；PEG 3500, AMMONIUM PHOSPHATE, TRIS, pH 7.90, MICRODIALYSIS, temperature 298K
|
分辨率 3.65 Å R-free 0.290 |
| 2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：residues 145-210
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.268 |
| 2FFD Fibrinogen Fragment D with "A" knob peptide mimic GPRVVE 提交 2005-12-19 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：residues 145-210
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；10% PEG3350, 12.5 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.268 |
| 2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.307 |
| 2H43 Crystal Structure of Human Fragment D Complexed with Ala-His-Arg-Pro-amide 提交 2006-05-23 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；fragment D, 5 mg/mil, 4mM AHRPam, 50mM Tris, pH 7.5, 7.5% PEG, 7.5mM CaCl2, 1mM sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.307 |
| 2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.268 |
| 2HLO Crystal Structure of Fragment D-dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-08 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；10mg/ml fibrinogen, 2mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 7.5mM CaCl2, 10% PEG, 50mM Tris, 2mM sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.268 |
| 2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.347 |
| 2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.347 |
| 2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.347 |
| 2HOD Crystal Structure of Fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide 提交 2006-07-14 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-hydroxyPro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0 mM 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.347 |
| 2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.360 |
| 2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.360 |
| 2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 G
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.360 |
| 2HPC Crystal structure of fragment D from Human Fibrinogen Complexed with Gly-Pro-Arg-Pro-amide. 提交 2006-07-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of 10 mg/ml fragment D, 5 mM Gly-Pro-Arg-Pro-amide, 50 mM Tris, pH 7.0 and 16% PEG 3350, 50 mM Tris pH 8.0, 20 mM CaCl2, 2 mM sodium azide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.360 |
| 2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Residues 145-210
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 2OYH Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Residues 145-210
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GHRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.259 |
| 2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Residues 126-191
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.256 |
| 2OYI Crystal Structure of Fragment D of gammaD298,301A Fibrinogen with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2007-02-22 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Residues 126-191
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；5 microL of 10 mg/mL protein in HBS with 3 mM GPRP were mixed with an identical volume of well solution containing 50 mM Tris, pH 8.5, 2 mM NaN3, 12.5 mM CaCl2, and 11% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.256 |
| 2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：UNP residues 130-216
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0,
5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide.
Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 2Q9I Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide. 提交 2007-06-12 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
片段：UNP residues 130-216
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2 mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05 M Tris, pH 7.0,
5 mM CaCl2 and (b) 10% PEG, 5 mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2 mM sodium azide.
Crystals were subsequently soaked in same solution containing 0.6 mM Met-His-Arg-Pro-Tyr-amide., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.276 |
| 2XNX BC1 fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 G
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
链 J
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
16% PEG 3350, 0.2 M SODIUM TARTRATE WITH SEEDS GROWN IN 0.6 M K2/NA2 PO4, 0.12 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, PH 7.5
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.325 |
| 2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
|
分辨率 7.50 Å R-free 0.408 |
| 2XNY A fragment of streptococcal M1 protein in complex with human fibrinogen 提交 2010-08-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
片段：FRAGMENT D, RESIDUES 130-216
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
1.3 M AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M MES, PH 6.25.
|
分辨率 7.50 Å R-free 0.408 |
| 2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：residues in database 130-218
链 D
130–216（87 aa）
片段：residues in database 130-218
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
片段：residues in database 130-218
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 2Z4E Crystal Structure of D-Dimer from Human Fibrin Complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2007-06-16 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
片段：residues in database 130-218
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；equal volumes of (a) 9 mg/ml D-dimer, 2mM Gly-His-Arg-Pro-amide, 0.05M Tris, pH 7.0, 5mM CaCl2; (b) 10% PEG, 5mM CaCl2, 0.05M Tris, pH 8.0, 2mM sodium azide; The crystal was subsequently soaked in 0.5mM Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide in solution of came constitution., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.275 |
| 3AT0 Structural and biochemical characterization of ClfB:ligand interactions 提交 2010-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
332–347（16 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；0.9M sodium citrate, 90mM imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.207 |
| 3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
148–209（62 aa）
片段：residues 148-209
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 3BVH Crystal Structure of Recombinant gammaD364A Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-Pro-Arg-Pro-Amide 提交 2008-01-07 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
148–209（62 aa）
片段：residues 148-209
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9 % PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM sodium azide, 12.5 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.260 |
| 3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.242 |
| 3E1I Crystal Structure of BbetaD432A Variant Fibrinogen Fragment D with the Peptide Ligand Gly-His-Arg-Pro-amide 提交 2008-08-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
130–216（87 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；50 mM Tris, 12.5 mM calcium chloride, 12% PEG 3350, 2 mM sodium azide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.242 |
| 3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
20–581（562 aa）
片段：mature chain
链 D
20–581（562 aa）
片段：mature chain
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.309 |
| 3GHG Crystal Structure of Human Fibrinogen 提交 2009-03-03 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 G
20–581（562 aa）
片段：mature chain
链 J
20–581（562 aa）
片段：mature chain
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2% PEG 3350, 0.2 M TMAO, 75 mM NaCl, 50 mM Tris, 1 mM CaCl2, 1 mM HPRPam, 1 mM GHRPam, 1 mM sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 2.90 Å R-free 0.309 |
| 3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
20–216（197 aa）
片段：UNP residues 20-216
链 D
20–216（197 aa）
片段：UNP residues 20-216
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
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分辨率 3.60 Å R-free 0.320 |
| 3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
145–210（66 aa）
片段：Fragment D: UNP residues 145-210
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.04 Å R-free 0.288 |
| 3HUS Crystal structure of recombinant gamma N308K fibrinogen fragment D with the peptide ligand Gly-Pro-Arg-Pro-amide 提交 2009-06-15 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
145–210（66 aa）
片段：Fragment D: UNP residues 145-210
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；9% PEG 3350, 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 2 mM Sodium azide, 12.5 mM Calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.04 Å R-free 0.288 |
| 4F27 Crystal structures reveal the multi-ligand binding mechanism of the Staphylococcus aureus ClfB 提交 2012-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Q
336–347（12 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, 20% 2-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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分辨率 1.92 Å R-free 0.226 |
| 5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
580–594（15 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000
protein concentration was 30mg/ml
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分辨率 1.45 Å R-free 0.212 |
| 5CFA Crystal structures of Bbp from Staphylococcus aureus with peptide ligand 提交 2015-07-08 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
580–594（15 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；peptide was added into the concentrated protein samples at 10:1 ratio and the protein-peptide complex crystals are grown in 0.2 M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.2, 30% PEG4000
protein concentration was 30mg/ml
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分辨率 1.45 Å R-free 0.212 |