当前蛋白身份：P0DTC1
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22DR Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 7c 提交 2026-01-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1MDL 7-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]-5-methoxy-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]pyrido[4,3-d]pyrimidine-2,4-dione × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.249 |
| 23LY Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease E166V mutant in complex with leritrelvir 提交 2026-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.56 Å R-free 0.197 |
| 23MB Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease L50F/E166V mutant in complex with leritrelvir 提交 2026-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 23MH Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease T21I/E166V mutant in complex with leritrelvir 提交 2026-02-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.229 |
| 28WF SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative ligand AD1 提交 2026-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1J0V [(2~{S},6~{R})-6-(6-aminopurin-9-yl)morpholin-2-yl]methanol × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 12% PEG 3350, 60 mM magnesium chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.278 |
| 6M5I Crystal structure of 2019-nCoV nsp7-nsp8c complex 提交 2020-03-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3860–3941（82 aa）
链 B
3943–4140（198 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Magnesium formate dihydrate,15% PEG3350.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.292 |
| 6W9C The crystal structure of papain-like protease of SARS CoV-2 提交 2020-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
链 B
1564–1878（315 aa）
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M magnesium acetate, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.279 |
| 6Y2G Crystal structure (orthorhombic form) of the complex resulting from the reaction between SARS-CoV-2 (2019-nCoV) main protease and tert-butyl (1-((S)-1-(((S)-4-(benzylamino)-3,4-dioxo-1-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)butan-2-yl)amino)-3-cyclopropyl-1-oxopropan-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)carbamate (alpha-ketoamide 13b) 提交 2020-02-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3566（303 aa）
链 B
3264–3566（303 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Carboxylic acids (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M sodium oxamate), 0.1 M buffer system 3 (1.0 M tris (base), bicine, pH 8.5), pH 8.5, 30% precipitant mix 1 (20% v/v PEG 500 methyl ether, 10% PEG 20,000))
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.234 |
| 6YHU Crystal structure of the nsp7-nsp8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-03-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3860–3930（71 aa）
链 B
4018–4134（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chlorid hexahydrate,
0.1 M Tris pH 8.5,
30% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 6YHU Crystal structure of the nsp7-nsp8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-03-31 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3860–3930（71 aa）
链 D
4018–4134（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Magnesium chlorid hexahydrate,
0.1 M Tris pH 8.5,
30% PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.239 |
| 6YVA PLpro-C111S with mISG15 提交 2020-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG4450, 100 mM bis-tris propane pH 6.5, 200 mM Potassium thiocyanate
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.290 |
| 6ZCT Nonstructural protein 10 (nsp10) from SARS CoV-2 提交 2020-06-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4263–4384（122 aa）
|
突变：The first 3 residues (TMG) are cloning artefacts. | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5
3 M NaCl
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.195 |
| 7BRO Crystal structure of the 2019-nCoV main protease 提交 2020-03-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；291 K；7% PEG 6000, 100mM MES
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 7BRP Crystal structure of the 2019-nCoV main protease complexed with Boceprevir 提交 2020-03-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | U5G boceprevir (bound form) × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 5000, 0.1M BIS-TRIS
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 7C33 Macro domain of SARS-CoV-2 in complex with ADP-ribose 提交 2020-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 3.83 Å R-free 0.268 |
| 7C33 Macro domain of SARS-CoV-2 in complex with ADP-ribose 提交 2020-05-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 3.83 Å R-free 0.268 |
| 7C33 Macro domain of SARS-CoV-2 in complex with ADP-ribose 提交 2020-05-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 3.83 Å R-free 0.268 |
| 7C33 Macro domain of SARS-CoV-2 in complex with ADP-ribose 提交 2020-05-11 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 3.83 Å R-free 0.268 |
| 7CZ4 Structure of SARS-CoV-2 macro domain in complex with ADP-ribose 提交 2020-09-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.215 |
| 7CZ4 Structure of SARS-CoV-2 macro domain in complex with ADP-ribose 提交 2020-09-07 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1025–1195（171 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；37.5% precipitant mix (stock: 2.5% MPD, 25% PEG1000, 25% PEG3350), 0.1M pH 8.5 buffer mix (1M Tris, 1M Bicine) and 0.1M carboxylic acids mix (0.2M sodium formate, 0.2M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate, 0.2M sodium potassium, 0.2M sodium oxamate)
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.215 |
| 7D1O Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease with narlaprevir 提交 2020-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | NNA (1R,2S,5S)-3-[N-({1-[(tert-butylsulfonyl)methyl]cyclohexyl}carbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-N-{(1S)-1-[(1R)-2-(cyclopropylamino)-1-hydroxy-2-oxoethyl]pentyl}-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG5000, 0.1M BIS-TRIS (PH=6.5)
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.248 |
| 7D3I Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with MI-23 提交 2020-09-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | GQU (3~{S},3~{a}~{S},6~{a}~{R})-2-[3-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]propanoyl]-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3,3~{a},4,5,6,6~{a}-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[c]pyrrole-3-carboxamide × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1% w/v n-octyl-beta-D-glucoside,
0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5,
22% w/v PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.209 |
| 7D47 Crystal structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease C111S 提交 2020-09-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1880（317 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris 7 , 0.2M CaOAc, 18% PEG 8000
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.197 |
| 7D47 Crystal structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease C111S 提交 2020-09-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1880（317 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris 7 , 0.2M CaOAc, 18% PEG 8000
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.197 |
| 7D64 The crystal structure of SARS-CoV-2 3CLpro with Zinc 提交 2020-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Mes pH 6.5, 15 % PEG20000
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.265 |
| 7D6H Crystal structure of the SARS-CoV-2 papain-like protease (PLPro) C112S mutant 提交 2020-09-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1563–1878（316 aa）
|
突变：C112S | ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；289 K；0.1 M acetate buffer pH 4.5, 0.8 M NaH2PO4/1.2M K2HPO4
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.173 |
| 7DAT The crystal structure of COVID-19 main protease treated by AF 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200mM KF and 15% PEG 3350
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.228 |
| 7DAU The crystal structure of COVID-19 main protease treated by GA 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200mM KF and 15% PEG 3350
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.237 |
| 7DAV The native crystal structure of COVID-19 main protease 提交 2020-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200mM KF and 15% PEG 3350
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.247 |
| 7DCD Nonstructural protein 7 and 8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-10-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3860–3942（83 aa）
链 B
4019–4140（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；200mM sodium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.2, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.353 |
| 7DCD Nonstructural protein 7 and 8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-10-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
链 D
4019–4140（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；200mM sodium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.2, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.353 |
| 7DCD Nonstructural protein 7 and 8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-10-24 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
3860–3942（83 aa）
链 F
4019–4140（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；200mM sodium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.2, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.353 |
| 7DCD Nonstructural protein 7 and 8 complex of SARS-CoV-2 提交 2020-10-24 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
3860–3942（83 aa）
链 H
4019–4140（122 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；200mM sodium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.2, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.353 |
| 7DGB The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with (S)-2-cinnamamido-4-methyl-N-((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)pentanamide 提交 2020-11-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | EOF (2~{S})-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]pentanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3% DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.239 |
| 7DGF The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with peptidomimetic inhibitor (S)-2-cinnamamido-N-((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopiperidin-3-yl)propan-2-yl)hexanamide 提交 2020-11-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | H60 (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]hexanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3% DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 7DGG The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with (S)-2-cinnamamido-N-((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)hexanamide 提交 2020-11-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | H63 (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]hexanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3% DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.217 |
| 7DGH The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with peptidomimetic inhibitor N-((S)-3-methyl-1-(((S)-4-methyl-1-oxo-1-(((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopiperidin-3-yl)propan-2-yl)amino)pentan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)-2-naphthamide 提交 2020-11-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | H6F ~{N}-[(2~{S})-3-methyl-1-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]naphthalene-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3%DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.235 |
| 7DGI The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with peptidomimetic inhibitor N-((S)-3-methyl-1-(((S)-4-methyl-1-oxo-1-(((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopiperidin-3-yl)propan-2-yl)amino)pentan-2-yl)amino)-1-oxobutan-2-yl)-4-nitrobenzamide 提交 2020-11-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | H6L ~{N}-[(2~{S})-3-methyl-1-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-nitro-benzamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3% DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.213 |
| 7DHJ The co-crystal structure of SARS-CoV-2 main protease with the peptidomimetic inhibitor (S)-2-cinnamamido-N-((S)-1-oxo-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)pent-4-ynamide 提交 2020-11-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | H6R (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]amino]pent-4-ynamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1M MES (pH 6.0), 3% DMSO, 10% PEG 6000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.231 |
| 7DJR Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (no ligand) 提交 2020-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6.5；289 K；100mM MES, 5% DMSO, 15% PEG 4000
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.201 |
| 7DK1 Crystal structure of Zinc bound SARS-CoV-2 main protease 提交 2020-11-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 GLY GLYCINE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；Bis-Tris (0.1 M), PEG 3350 (20%), DMSO (5%)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.209 |
| 7DPP SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with myricetin 提交 2020-12-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
未记录 | MYC 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(3,4,5-TRIHYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH6, 2%PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.220 |
| 7DPU SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with 7-O-methyl-myricetin 提交 2020-12-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | HER 7-methoxy-3,5-bis(oxidanyl)-2-[3,4,5-tris(oxidanyl)phenyl]chromen-4-one × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH6, 20% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.199 |
| 7DPV SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with 7-O-methyl-dihydromyricetin 提交 2020-12-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 C
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | HF0 (2S,3S)-3,5-dihydroxy-7-methoxy-2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)chroman-4-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM MES, pH6, 20% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.234 |
| 7DPV SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with 7-O-methyl-dihydromyricetin 提交 2020-12-21 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | HF0 (2S,3S)-3,5-dihydroxy-7-methoxy-2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)chroman-4-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM MES, pH6, 20% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.234 |
| 7EIN SARS-CoV-2 main proteinase complex with microbial metabolite leupeptin 提交 2021-03-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 1500, 0.1 M BIS-TRIS, pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.260 |
| 7EIZ Coupling of N7-methyltransferase and 3'-5' exoribonuclease with SARS-CoV-2 polymerase reveals mechanisms for capping and proofreading 提交 2021-04-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.78 Å |
| 7EN8 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CLpro in complex with the non-covalent inhibitor WU-04 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | J7R ~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-[[4-bromanyl-2-(methylcarbamoyl)-6-nitro-phenyl]amino]cyclohexyl]isoquinoline-4-carboxamide × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1.5% v/v Tacsimate pH 4.0, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 20% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.274 |
| 7EN9 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CLpro in complex with the non-covalent inhibitor WU-02 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | J7O 5-bromanyl-~{N}-methyl-3-nitro-2-[(4~{R},5~{S})-2-(7-oxidanylisoquinolin-4-yl)carbonyl-4-phenyl-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]benzamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane pH 5.0, 16% w/v polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 7EXM The N-terminal crystal structure of SARS-CoV-2 NSP2 提交 2021-05-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
181–456（276 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.226 |
| 7EXM The N-terminal crystal structure of SARS-CoV-2 NSP2 提交 2021-05-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
181–456（276 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.226 |
| 7EXM The N-terminal crystal structure of SARS-CoV-2 NSP2 提交 2021-05-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
181–456（276 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.226 |
| 7EXM The N-terminal crystal structure of SARS-CoV-2 NSP2 提交 2021-05-27 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
181–456（276 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.226 |
| 7FAY Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with (R)-1a 提交 2021-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 2XI (2~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-1-pyridin-3-yl-ethyl]-~{N}-(4-~{tert}-butylphenyl)-2-oxidanyl-propanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 7FAZ Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with Y180 提交 2021-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 2RI (2~{R})-~{N}-dibenzofuran-3-yl-~{N}-[(1~{R})-2-[[(1~{S})-1-(4-fluorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanylidene-1-pyridin-3-yl-ethyl]-2-oxidanyl-propanamide × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v PEG4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.243 |
| 7JIR The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 , C111S mutant, in complex with PLP_Snyder457 inhibitor 提交 2020-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | TTT 5-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder457
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.200 |
| 7JIT The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 , C111S mutant, in complex with PLP_Snyder495 inhibitor 提交 2020-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | Y95 5-[(carbamoylcarbamoyl)amino]-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder495
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.190 |
| 7JIV The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 , C111S mutant, in complex with PLP_Snyder530 inhibitor 提交 2020-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | VBY 5-(acryloylamino)-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder530
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.201 |
| 7JIW The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with PLP_Snyder530 inhibitor 提交 2020-07-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | VBY 5-(acryloylamino)-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder530
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 7JN2 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with PLP_Snyder441 inhibitor 提交 2020-08-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y41 3-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.209 |
| 7JRN Crystal structure of the wild type SARS-CoV-2 papain-like protease (PLPro) with inhibitor GRL0617 提交 2020-08-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | TTT 5-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30 % PEG 4,000
0.2 M Li2SO4
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.287 |
| 7JRN Crystal structure of the wild type SARS-CoV-2 papain-like protease (PLPro) with inhibitor GRL0617 提交 2020-08-12 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 J
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | TTT 5-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30 % PEG 4,000
0.2 M Li2SO4
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.287 |
| 7KOJ The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with PLP_Snyder494 inhibitor 提交 2020-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | Y94 2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]-5-{[(prop-2-en-1-yl)carbamoyl]amino}benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder494
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.203 |
| 7KOK The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with PLP_Snyder496 inhibitor 提交 2020-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | Y96 5-[(E)-(hydroxyimino)methyl]-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder496
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.211 |
| 7KOL The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with PLP_Snyder496 inhibitor 提交 2020-11-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y96 5-[(E)-(hydroxyimino)methyl]-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder496
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.206 |
| 7KRX The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with PLP_Snyder441 inhibitor 提交 2020-11-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | Y41 3-amino-2-methyl-N-[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M MES buffer pH 6.0, 0.2 M zinc acetate, 10% PEG 8000, 4 mM PLP_Snyder441
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.249 |
| 7LBR SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-89 提交 2021-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
片段：residues 1564-1878
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 XT7 5-[(azetidin-3-yl)amino]-N-[(1R)-1-{3-[5-({[(1S,3R)-3-hydroxycyclopentyl]amino}methyl)thiophen-2-yl]phenyl}ethyl]-2-methylbenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.02M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 7LBR SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-89 提交 2021-01-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
片段：residues 1564-1878
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 XT7 5-[(azetidin-3-yl)amino]-N-[(1R)-1-{3-[5-({[(1S,3R)-3-hydroxycyclopentyl]amino}methyl)thiophen-2-yl]phenyl}ethyl]-2-methylbenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.02M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.241 |
| 7LBS SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-24 提交 2021-01-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
片段：residues 1564-1878
|
未记录 | XR8 5-[(azetidin-3-yl)amino]-2-methyl-N-[(1R)-1-(3-{5-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]thiophen-2-yl}phenyl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 BO3 BORIC ACID × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 7LBS SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-24 提交 2021-01-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
片段：residues 1564-1878
|
未记录 | XR8 5-[(azetidin-3-yl)amino]-2-methyl-N-[(1R)-1-(3-{5-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]thiophen-2-yl}phenyl)ethyl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 BO3 BORIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 7LLF SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-83 提交 2021-02-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 BO3 BORIC ACID × 2 Y54 5-[(azetidin-3-yl)amino]-N-[(1R)-1-{3-[5-({[(1R,3S)-3-hydroxycyclopentyl]amino}methyl)thiophen-2-yl]phenyl}ethyl]-2-methylbenzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MIB buffer pH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 7LLF SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-83 提交 2021-02-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 Y54 5-[(azetidin-3-yl)amino]-N-[(1R)-1-{3-[5-({[(1R,3S)-3-hydroxycyclopentyl]amino}methyl)thiophen-2-yl]phenyl}ethyl]-2-methylbenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MIB buffer pH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.260 |
| 7LLZ SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-69 提交 2021-02-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y61 N-[(1R)-1-(3-{5-[(acetylamino)methyl]thiophen-2-yl}phenyl)ethyl]-5-[(azetidin-3-yl)amino]-2-methylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.243 |
| 7LLZ SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-69 提交 2021-02-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y61 N-[(1R)-1-(3-{5-[(acetylamino)methyl]thiophen-2-yl}phenyl)ethyl]-5-[(azetidin-3-yl)amino]-2-methylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.243 |
| 7LOS SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-65 提交 2021-02-10 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 Y97 5-(azetidin-3-ylamino)-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[3-[5-[[[(3~{R})-oxolan-3-yl]amino]methyl]thiophen-2-yl]phenyl]ethyl]benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.293 |
| 7LOS SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to inhibitor XR8-65 提交 2021-02-10 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 Y97 5-(azetidin-3-ylamino)-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[3-[5-[[[(3~{R})-oxolan-3-yl]amino]methyl]thiophen-2-yl]phenyl]ethyl]benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M MIB buffer pH 6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 13-16% PEG 3350, 20% glycerol
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.293 |
| 7M1Y The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with ebselen 提交 2021-03-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | 9JT N-phenyl-2-selanylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IOD IODIDE ION × 6 FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, 3.5 M sodium formate, 0.1 M sodium iodide, 4 mM ebselen
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.213 |
| 7M1Y The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with ebselen 提交 2021-03-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | 9JT N-phenyl-2-selanylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IOD IODIDE ION × 7 FMT FORMIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, 3.5 M sodium formate, 0.1 M sodium iodide, 4 mM ebselen
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.213 |
| 7NFV Structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease PLpro 提交 2021-02-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；1.0M NaH2PO4/1.0MKH2PO4
100mM Tris_HCl pH=7.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.171 |
| 7NT1 Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with FSP007 提交 2021-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 UQW [(2R)-1-[2-(1H-indol-3-yl)ethylamino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl] prop-2-enoate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5
15% w/v PEG 6000
5% v/v MPD
Compound stock FSP007 100 mM in 100% DMSO
Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM FSP007 by adding the stock to crystallisation drops in a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.278 |
| 7NT2 Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with FSP006 提交 2021-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 CL CHLORIDE ION × 1 URK [(1S)-2-[(2,3-dimethoxyphenyl)methylamino]-1-(4-nitrophenyl)-2-oxidanylidene-ethyl] prop-2-enoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5
15% w/v PEG 6000
5% v/v MPD
Compound stock FSP006 100 mM in 100% DMSO
Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM FSP006 by adding the stock to crystallisation drops in a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.251 |
| 7NT3 Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with FSCU015 提交 2021-03-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 UQZ ~{N}-[(1~{S})-2-(1,3-benzodioxol-5-ylmethylamino)-1-(3-hydroxyphenyl)-2-oxidanylidene-ethyl]-~{N}-propyl-prop-2-enamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5
15% w/v PEG 6000
5% v/v MPD
Compound stock FSP006 100 mM in 100% DMSO
Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM FSCU015 by adding the stock to crystallisation drops in
a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.271 |
| 7NTQ Crystal structure of the SARS-CoV-2 Main Protease complexed with N-(pyridin-3-ylmethyl)thioformamide 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 35J N-(pyridin-3-ylmethyl)thioformamide × 2 NA SODIUM ION × 6 FMT FORMIC ACID × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M NaFormate, 20% PEG 3350, 10% Glycerol, 10% DMSO
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.213 |
| 7NTT Crystal structure of the SARS-CoV-2 Main Protease 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M NaFormate, 20% PEG 3350, 10% DMSO, 10% Glycerol
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.255 |
| 7NTV Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with DN_EG_002 (modelled using PanDDA event map) 提交 2021-03-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 US8 2-acetamido-N-cyclopropyl-5-phenyl-thiophene-3-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5
15% w/v PEG 6000
5% v/v MPD
Compound stock DN_EG_002 100 mM in 100% DMSO
Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM DN_EG_002 by adding the stock to crystallisation drops in a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.228 |
| 7NTW Crystal structure of the SARS-CoV-2 Main Protease with a Zinc ion coordinated in the active site 提交 2021-03-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 FMT FORMIC ACID × 10 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M NaFormate, 20% PEG 3350, 10% DMSO, 10% Glycerol
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.257 |
| 7NUK Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with EG009 (modelled using PanDDA event map) 提交 2021-03-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 USH 2-[2-chloranylethanoyl(propyl)amino]-~{N}-(2-methoxyphenyl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5
15% w/v PEG 6000
5% v/v MPD
Compound stock EG009 100 mM in 100% DMSO
Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM EG009 by adding the stock to crystallisation drops in a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.261 |
| 7NW2 Crystal Structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with LON-WEI-adc59df6-47 提交 2021-03-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | USZ ~{N}-(4-~{tert}-butylphenyl)-~{N}-[(1~{R})-2-[2-(3-fluorophenyl)ethylamino]-2-oxidanylidene-1-pyridin-3-yl-ethyl]propanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；11% PEG 4K, 5% DMSO, 0.1M MES pH 6.5
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 7NWX SARS-COV2 NSP5 in the presence of Zn2+ 提交 2021-03-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 1.5 mM zinc chloride
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.244 |
| 7NXH Structure of SARS-CoV2 NSP5 (3C-like proteinase) determined in-house 提交 2021-03-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M ammonium phosphate, 20% PEG 3350, 1.5 mM zinc chloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.268 |
| 7OFS Structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease PLpro in complex with 4-(2-hydroxyethyl)phenol 提交 2021-05-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 YRL 4-(2-hydroxyethyl)phenol × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Co-crystallization with the compounds was achieved mixing 0.2 uL of protein solution (22 mg/mL) in 50 mM TRIS buffer (pH 8.0) containing 1 mM TCEP and 150 mM NaCl with 0.1 uL of reservoir solution consisting of 1.0M NaH2PO4/1.0MKH2PO4, 100mM Tris_HCl pH=7.5. This growth solution was equilibrated by sitting drop vapor diffusion against 80 uL reservoir solution. Prior to crystallization 100 nL droplets of 10 mM compound solutions in DMSO were applied to the wells of SwissCI 96-well plates (2-well) and subsequently dried in vacuum.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 7OFT Structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease PLpro in complex with p-hydroxybenzaldehyde 提交 2021-05-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Co-crystallization with the compounds was achieved mixing 0.2 uL of protein solution (22 mg/mL) in 50 mM TRIS buffer (pH 8.0) containing 1 mM TCEP and 150 mM NaCl with 0.1 uL of reservoir solution consisting of 1.0M NaH2PO4/1.0MKH2PO4, 100mM Tris_HCl pH=7.5. This growth solution was equilibrated by sitting drop vapor diffusion against 80 uL reservoir solution. Prior to crystallization 100 nL droplets of 10 mM compound solutions in DMSO were applied to the wells of SwissCI 96-well plates (2-well) and subsequently dried in vacuum.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.211 |
| 7OFU Structure of SARS-CoV-2 Papain-like protease PLpro in complex with 3, 4-Dihydroxybenzoic acid, methyl ester 提交 2021-05-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | HE9 methyl 3,4-bis(oxidanyl)benzoate × 2 GOL GLYCEROL × 4 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Co-crystallization with the compounds was achieved mixing 0.2 uL of protein solution (22 mg/mL) in 50 mM TRIS buffer (pH 8.0) containing 1 mM TCEP and 150 mM NaCl with 0.1 uL of reservoir solution consisting of 1.0M NaH2PO4/1.0MKH2PO4, 100mM Tris_HCl pH=7.5. This growth solution was equilibrated by sitting drop vapor diffusion against 80 uL reservoir solution. Prior to crystallization 100 nL droplets of 10 mM compound solutions in DMSO were applied to the wells of SwissCI 96-well plates (2-well) and subsequently dried in vacuum.
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.202 |
| 7P51 CRYSTAL STRUCTURE OF THE SARS-COV-2 MAIN PROTEASE COMPLEXED WITH FRAGMENT F01 提交 2021-07-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 5P9 N-(5-chloropyridin-2-yl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-indene-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M NaFORMATE, 20% PEG 3350, 10%
GLYCEROL, 5% DMSO
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.216 |
| 7QCG Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(2-pyrrolidyl)-3,4,5-trihydroxybenzoylhydrazone 提交 2021-11-23 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DZI 3,4,5-tris(oxidanyl)-N-[(E)-1H-pyrrol-2-ylmethylideneamino]benzamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.198 |
| 7QCH Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(3,5-dimethoxy-4-hydroxybenzyliden)thiosemicarbazone 提交 2021-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A5I N-(3,5-dimetoxy-4-hydroxybenzyliden)thiosemicarbazone × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.235 |
| 7QCI Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(3,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone 提交 2021-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A6Q N-(3,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.214 |
| 7QCJ Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(2,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone 提交 2021-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 5 A4O N-(2,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone × 1 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.198 |
| 7QCK Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(2,5-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone 提交 2021-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A7L N-(2,5-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone × 1 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.224 |
| 7QCM Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(3-methoxy-4-hydroxy-acetophenone)thiosemicarbazone 提交 2021-11-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A3X N-(3-metoxy-4-hydroxy-acetophenone)thiosemicarbazone × 1 GOL GLYCEROL × 5 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.206 |
| 7QL8 SARS-COV2 Main Protease in complex with inhibitor MG78 提交 2021-12-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3564（301 aa）
|
未记录 | I70 (1R,2S,5S)-N-{(2S,3R)-4-amino-3-hydroxy-4-oxo-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}-3-[N-(tert-butylcarbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；MMT, PEG 1500
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.300 |
| 7RBR The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2021-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；280 K；0.2 M di-sodium tartrate, 20% PEG-3350,
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.228 |
| 7RBS The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with human ISG15 提交 2021-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 22% poly(acrylicacid sodium salt) 5100
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.236 |
| 7RBS The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with human ISG15 提交 2021-07-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 22% poly(acrylicacid sodium salt) 5100
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.236 |
| 7RBS The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with human ISG15 提交 2021-07-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 22% poly(acrylicacid sodium salt) 5100
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.236 |
| 7RBS The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with human ISG15 提交 2021-07-06 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 22% poly(acrylicacid sodium salt) 5100
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.236 |
| 7RBS The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with human ISG15 提交 2021-07-06 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES buffer, 22% poly(acrylicacid sodium salt) 5100
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.236 |
| 7RZC Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-08-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.212 |
| 7RZC Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-08-27 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.212 |
| 7RZC Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-08-27 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M magnesium acetate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.212 |
| 7SDR Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in Complex with Jun9-72-2 Inhibitor 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JW9 4-({methyl[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]amino}methyl)phenol × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.212 |
| 7SDR Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in Complex with Jun9-72-2 Inhibitor 提交 2021-09-29 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JW9 4-({methyl[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]amino}methyl)phenol × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.212 |
| 7SDR Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in Complex with Jun9-72-2 Inhibitor 提交 2021-09-29 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | JW9 4-({methyl[(1R)-1-(naphthalen-1-yl)ethyl]amino}methyl)phenol × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.212 |
| 7SGU Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with PLP_Snyder608 inhibitor 提交 2021-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
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突变：C111S | 9EI 5-amino-N-(naphthalen-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2 M sodium formate, 4 mM PLP_Snyder608
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.188 |
| 7SGV Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with PLP_Snyder630 inhibitor 提交 2021-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | L30 N-(naphthalen-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；3 M sodium chloride, 0.1 M Bis_tris buffer, pH 5.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.207 |
| 7SGW Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with PLP_Snyder630 inhibitor 提交 2021-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | L30 N-(naphthalen-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis_tris propane, pH 7.0, 2.5 M ammonium sulfate, 4 mM PLP_Snyder630
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.207 |
| 7SQE Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-11-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium citrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 7SQE Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-11-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium citrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 7SQE Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S mutant, in complex with Jun9-84-3 inhibitor 提交 2021-11-05 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | JWX (1R)-N-[(1H-indol-3-yl)methyl]-N-methyl-1-(naphthalen-1-yl)ethan-1-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium citrate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.205 |
| 7TIA Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor NK01-14 提交 2022-01-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XTP benzyl [(2S)-3-cyclopropyl-1-({(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.191 |
| 7TIU Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor EB46 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | V46 (1S,2S)-2-[(N-{[(3-chlorophenyl)methoxy]carbonyl}-L-leucyl)amino]-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.196 |
| 7TIV Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor EB48 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | W48 (1S,2S)-2-[(N-{[(3-chlorophenyl)methoxy]carbonyl}-3-cyclohexyl-L-alanyl)amino]-1-hydroxy-3-[(3R)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.216 |
| 7TIW Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor EB54 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | I54 (1S,2S)-2-[(N-{[(2-chlorophenyl)methoxy]carbonyl}-L-leucyl)amino]-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.199 |
| 7TIX Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor EB56 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | Q56 N~2~-{[(naphthalen-2-yl)methoxy]carbonyl}-N-{(2S)-1-oxo-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 7TIY Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor NK01-48 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | Y48 (1S,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-[(N-{[(2,4,5-trifluorophenyl)methoxy]carbonyl}-L-leucyl)amino]propane-1-sulfonic acid × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6；277 K；0.1 M sodium phosphate-monobasic, 0.1 M MES, and 20% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.195 |
| 7TIZ Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor NK01-63 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | N63 (1S,2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]-2-{[N-({[3-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy}carbonyl)-L-leucyl]amino}propane-1-sulfonic acid × 2 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.191 |
| 7TJ0 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor SL-4-241 提交 2022-01-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | S4L (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-3-cyclohexyl-L-alanyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5；277 K；0.1 M sodium acetate, pH 5, and 20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.217 |
| 7TLL Structure of SARS-CoV-2 Mpro Omicron P132H in complex with Nirmatrelvir (PF-07321332) 提交 2022-01-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：P132H 突变：P132H | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.12 M sodium sulfate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.250 |
| 7TOB Crystal structure of the SARS-CoV-2 Omicron main protease (Mpro) in complex with inhibitor GC376 提交 2022-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | K36 (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M KNO3
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.213 |
| 7TUU Structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with halicin 提交 2022-02-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | U88 5-nitro-1,3-thiazole × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 17% w/v PEG3350, pH8.0
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.272 |
| 7TVS The Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Mpro (P132H) in complex with demethylated analog of masitinib 提交 2022-02-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：P132H | XNJ N-(4-methyl-3-{[4-(pyridin-3-yl)-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenyl)-4-[(piperazin-1-yl)methyl]benzamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；286 K；0.1 M HEPES: NaOH, 20 % (w/v) PEG 10000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.225 |
| 7TVX The Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Mpro (P132H) in complex with masitinib 提交 2022-02-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：P132H | G65 Masitinib × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；286 K；0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris: HCl, 10 % (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.212 |
| 7TZJ SARS CoV-2 PLpro in complex with inhibitor 3k 提交 2022-02-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | S88 N-[(3-fluorophenyl)methyl]-1-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]piperidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.46；281 K；0.117 M Zinc acetate
21.6% PEG 8000
0.1 M bis-tris chloride (pH 5.46)
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.257 |
| 7TZJ SARS CoV-2 PLpro in complex with inhibitor 3k 提交 2022-02-15 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | S88 N-[(3-fluorophenyl)methyl]-1-[(1R)-1-naphthalen-1-ylethyl]piperidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.46；281 K；0.117 M Zinc acetate
21.6% PEG 8000
0.1 M bis-tris chloride (pH 5.46)
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.257 |
| 7U28 Structure of SARS-CoV-2 Mpro Lambda (G15S) in complex with Nirmatrelvir (PF-07321332) 提交 2022-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；24.0 %w/v PEG 3350 and 0.2 M sodium sulfate decahydrate
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.248 |
| 7U29 Structure of SARS-CoV-2 Mpro mutant (K90R) in complex with Nirmatrelvir (PF-07321332) 提交 2022-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20.0 %w/v PEG 3350 and 0.2071428571 M sodium sulfate decahydrate
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.266 |
| 7UJ9 Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-199) 提交 2022-03-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3462（199 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.250 |
| 7UJ9 Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-199) 提交 2022-03-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
3264–3462（199 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-199)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.250 |
| 7UJG Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with GC-376 提交 2022-03-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3268–3458（191 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-196)
|
未记录 | K36 (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.179 |
| 7UJG Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with GC-376 提交 2022-03-30 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3268–3458（191 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-196)
|
未记录 | K36 (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.179 |
| 7UJU Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with nirmatrelvir 提交 2022-03-31 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3459（196 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-196)
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.174 |
| 7UJU Room-temperature X-ray structure of monomeric SARS-CoV-2 main protease catalytic domain (MPro1-196) in complex with nirmatrelvir 提交 2022-03-31 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3264–3459（196 aa）
片段：catalytic domain (MPro1-196)
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.174 |
| 7UV5 The crystal structure of Papain-Like Protease of SARS CoV-2, C111S/D286N mutant, in complex with a Lys48-linked di-ubiquitin 提交 2022-04-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S, D286N | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.2 M sodium tartrate, 15% PEG3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.179 |
| 7V1T A dual Inhibitor Against Main Protease 提交 2021-08-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 5IL 5,8-bis(oxidanylidene)-7-[(2-piperazin-1-ylphenyl)amino]naphthalene-1-sulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；289 K；0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 20% PEG 1500
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.245 |
| 7V7M crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease 提交 2021-08-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.05 Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.12 M Potassium chloride, 0.08 M Bis-Tris, 14% PEG 4000
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.292 |
| 7VFA the complex of SARS-CoV2 3CL and NB1A2 提交 2021-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG6000, potassium phosphate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.225 |
| 7VFB the complex of SARS-CoV2 3cl and NB2B4 提交 2021-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG6000, potassium phosphate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.264 |
| 7VH8 Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with protease inhibitor PF-07321332 提交 2021-09-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.205 |
| 7VIC The crystal structure of SARS-CoV-2 3C-like protease in complex with a traditional Chinese Medicine Inhibitors 提交 2021-09-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | ODN (1beta,6beta,7beta,8alpha,9beta,10alpha,13alpha,14R,16beta)-1,6,7,14-tetrahydroxy-7,20-epoxykauran-15-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM MES, pH6, 12% PEG 6000, 0.5% DMSO
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 7VJW Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.20 A resolution-10 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, PEG 4000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.281 |
| 7VJX Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.20 A resolution-12 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.287 |
| 7VJY Crystal Structure of Sars-Cov-2 Mpro at 1.90 A resolution-1 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6；294 K；0.1 M MMT, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.278 |
| 7VJZ Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 1.90 A resolution-7 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6；294 K；0.1M MMT, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.250 |
| 7VK0 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.10 A resolution-6 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, 30 % w/v PEG 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 7VK1 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 1.93 A resolution-5 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6；294 K；0.1M MMT, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.265 |
| 7VK2 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.0 A resolution -9 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6；294 K；0.1M MMT, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.275 |
| 7VK3 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.10 A resolution-2 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.278 |
| 7VK4 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.10 A resolution-3 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.266 |
| 7VK5 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.10 A resolution-8 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris 8.5, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.270 |
| 7VK6 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.25 A resolution-13 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris 8.5, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.266 |
| 7VK7 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.4 A resolution-11 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 8.5；294 K；0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris 8.5, 30% w/v PEG 4000
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.239 |
| 7VK8 Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro at 2.4 A Resolution 提交 2021-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 6；294 K；0.1M MMT, 25% w/v PEG 1500
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.329 |
| 7VLP Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with PF07321332 in spacegroup P1211 提交 2021-10-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3265–3569（305 aa）
链 B
3265–3569（305 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.219 |
| 7VLQ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with PF07321332 in spacegroup P212121 提交 2021-10-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3565（300 aa）
链 B
3266–3565（300 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.228 |
| 7VTH The crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 1 提交 2021-10-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 7XB 2-[4-[[4-[bis(fluoranyl)methoxy]-2-methyl-phenyl]amino]-2,6-bis(oxidanylidene)-3-[[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazin-1-yl]-N-methyl-ethanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 7VU6 The crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 3 提交 2021-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.279 |
| 7VVT SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with a covalent inhibitor 提交 2021-11-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 80X N-(3-chlorophenyl)-2-[(2R)-1-ethanoyl-3-oxidanylidene-piperazin-2-yl]ethanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6, 15% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.253 |
| 7W9G Complex structure of Mpro with ebselen-derivative inhibitor 提交 2021-12-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | SE SELENIUM ATOM × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG20000, MES
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.247 |
| 7WO1 Discovery of SARS-CoV-2 3CLpro peptidomimetic inhibitors through H41-specific protein-ligand interactions 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 3XI N-[(2S)-3-methyl-1-[[(2S)-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2S)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]cyclohexanecarboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；100 mM MES (pH 6.0), 3% DMSO, 1 mM DTT, 6% polyethylene glycol (PEG) 6000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.223 |
| 7WO2 SARS-CoV-2 3CLPro Peptidomimetic Inhibitor TPM5 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 40I N-[(2S)-3-methyl-1-[[(2S)-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2S)-1-oxidanylidene-3-[(3S}-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]furan-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；100 mM MES (pH 6.0), 3% DMSO, 1 mM DTT and 5% polyethylene glycol (PEG) 6000
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.217 |
| 7WO3 SARS-CoV-2 3CLpro 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 59S (2S)-2-[[(2S)-2-[[(E)-3-(4-methoxyphenyl)prop-2-enoyl]amino]-3-methyl-butanoyl]amino]-4-methyl-N-[(2S)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；100 mM MES (pH 6.0), 3% DMSO, 1 mM DTT and 6% polyethylene glycol (PEG) 6000
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.243 |
| 7WOF SARS-CoV-2 3CLpro 提交 2022-01-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 5IZ (2S,3S)-3-methyl-N-[(2S)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(E)-3-phenylprop-2-enoyl]amino]pentanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；290 K；100 mM MES (pH 6.0), 3% DMSO, 1 mM DTT, 6% polyethylene glycol (PEG) 6000
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.204 |
| 7WQB SARS-CoV-2 main protease mutant (P168A) in complex with MG-132 提交 2022-01-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | ALD N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-1-hydroxy-4-methylpentan-2-yl]-L-leucinamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MMT (Malic acid, MES, Tris) buffer pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.228 |
| 7WYM Structure of the SARS-COV-2 main protease with 337 inhibitor 提交 2022-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | G7L N-methyl-N-[[4-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]methyl]prop-2-enamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.16 M Ammonium acetate, 23% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.9
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.221 |
| 7WYP Structure of the SARS-COV-2 main protease with EN102 inhibitor 提交 2022-02-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | G7O N-(1,3-benzothiazol-2-ylmethyl)-N-cyclopropyl-prop-2-enamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES SODIUM pH 7.5, 6% 2-Propanol, 16% PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.273 |
| 7WZO Crystal structure of the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal domain in complex with Ubl1 提交 2022-02-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
819–929（111 aa）
片段：ubiquitin-like domain 1
链 C
819–929（111 aa）
片段：ubiquitin-like domain 1
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.0, 20% w/v PEG 8000
|
分辨率 2.64 Å R-free 0.247 |
| 7X6J SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3af 提交 2022-03-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | QNC quinoline-2-carboxylic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 5.5-6.5, 5-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.204 |
| 7X6K SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3w 提交 2022-03-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 9FF 1H-indole-2-carbaldehyde × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 5.5-6.5, 5-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.270 |
| 7XAR Crystal structure of 3C-like protease from SARS-CoV-2 in complex with covalent inhibitor 提交 2022-03-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 BOV 4-fluoranyl-~{N}-[(2~{S})-1-[2-(2-fluoranylethanoyl)-2-[[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]methyl]hydrazinyl]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；8 mM Nickel chloride
80 mM TRIS (pH 8.5)
16% PEG-MME 2,000
20% Glycerol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.206 |
| 7XB3 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease D48N mutant 提交 2022-03-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：D48N 突变：D48N | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.242 |
| 7XB4 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease D48N mutant in complex with PF07321332 提交 2022-03-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：D48N 突变：D48N | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.240 |
| 7XC3 Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 Macrodomain 3 (SARS-unique domain-M) 提交 2022-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1369–1491（123 aa）
链 B
1369–1491（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；3.5 M sodium formate, pH 6.8
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.218 |
| 7XC4 Crystal structure of SARS-CoV-2 NSP3 Macrodomain 3 (SARS-unique domain-M) in complex with Oxaprozin 提交 2022-03-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1369–1493（125 aa）
链 B
1369–1493（125 aa）
|
未记录 | BJ6 3-(4,5-diphenyl-1,3-oxazol-2-yl)propanoic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；3.5 M sodium formate, pH 6.8, soaking the free-form crystals in 5 mM Oxaprozin buffer (50 mM molecule liquor in DMSO was diluted with the reservoir buffer)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.214 |
| 7XQ6 The complex structure of mutant Mpro with inhibitor 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：H41N | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Ammonium chloride, MES pH6.5, PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 7XQ7 The complex structure of WT-Mpro 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；MESpH6.5, PEG6000
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.238 |
| 7XRS Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with inhibitor YH-53 提交 2022-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | HUR N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.243 |
| 7YBG Crystal structure of the SARS-CoV-2 papain-like protease (C111S mutant) 提交 2022-06-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1877（314 aa）
|
突变：C111S | DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 MLA MALONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.4 M sodium malonate dibasic monohydrate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.206 |
| 7Z0P SARS-COV2 Main Protease in complex with inhibitor MG-131 提交 2022-02-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3567（304 aa）
|
未记录 | I8H (1~{R},2~{S},5~{S})-3-[(2~{S})-2-(~{tert}-butylcarbamoylamino)-3,3-dimethyl-butanoyl]-6,6-dimethyl-~{N}-[(2~{S},3~{R})-4-(methylamino)-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]butan-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1 M MMT, pH 9.0 plus 25% w/v polyethylenglycol 1500
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.290 |
| 7Z4S Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro in complex with cyclic peptide GM4 including unnatural amino acids. 提交 2022-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；Mpro was thawed and diluted to 6 mg/ml using 20 mM Hepes pH 7.5, 50 mM NaCl. GM4 was diluted into the protein solution to a final concentration of 10 mM and allowed to incubate for two hours at room temperature prior to dispensing plates. The drop composition was 0.15 ul protein ligand solution, 0.3 ul 11% (v/v) PEG 4K, 0.1 M MES pH 6.5, and 0.05 ul Mpro crystal seed stock. The Mpro crystal seed stock was prepared by crushing Mpro crystals with a pipette tip, suspending them in 30% PEG 4K, 5% (v/v) DMSO, 0.1 M MES pH 6.5, and vortexing for 60 s with approximately 10 glass beads (1.0 mm diameter, BioSpec products). Reservoir solution was 11% (v/v) PEG 4K, 5% (v/v) DMSO, 0.1 M MES pH 6.5. Crystals were grown using the sitting drop vapor diffusion method at 20 C and appeared within 24 hours, reaching full size within 36 hours. Crystals were looped after one week.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 8AJ1 SARS-CoV-2 Mpro in Complex with RK-107 提交 2022-07-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3567（304 aa）
|
未记录 | A1IMU (2R,3S)-3-[[(2S)-3-cyclopropyl-2-[2-oxidanylidene-3-(phenylcarbamoylamino)pyridin-1-yl]propanoyl]amino]-N-methyl-2-oxidanyl-4-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]butanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M PCTP pH7.0, 25% w/vPEG 1500
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.275 |
| 8AZC Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in the apo form 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 0.93 Å R-free 0.153 |
| 8AZD Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ADPR 提交 2022-09-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 8AZD Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with ADPR 提交 2022-09-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.250 |
| 8AZI Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 2'-deoxy-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OHR 2'-deoxyadenosine 5'-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.266 |
| 8AZI Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 2'-deoxy-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OHR 2'-deoxyadenosine 5'-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.266 |
| 8AZL Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 2'-deoxy-2'-fluoro-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OI3 2'-deoxyadenosine 5'-fluoro-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.273 |
| 8AZL Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 2'-deoxy-2'-fluoro-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OI3 2'-deoxyadenosine 5'-fluoro-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.273 |
| 8AZM Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 8Br-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OI6 8-bromoadenosine 5'-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.281 |
| 8AZM Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with 8Br-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OI6 8-bromoadenosine 5'-diphosphoribose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.281 |
| 8AZN Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with alpha-1-O-Me-ADPR 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | RVK Adenosine 5'-diphosphoric acid beta-[(3beta,4beta-dihydroxy-5beta-methoxytetrahydrofuran-2alpha-yl)methyl] estere × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.174 |
| 8AZO Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with beta-ethyl-ADP 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OIG beta-ethyl-adenosine diphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 8AZO Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with beta-ethyl-ADP 提交 2022-09-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OIG beta-ethyl-adenosine diphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 8AZP Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with beta-methyl-ADP 提交 2022-09-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OH9 beta-methyl-adenosine diphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.211 |
| 8AZP Structure of SARS-CoV-2 NSP3 macrodomain in complex with beta-methyl-ADP 提交 2022-09-06 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1024–1197（174 aa）
|
未记录 | OH9 beta-methyl-adenosine diphosphate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；291 K；1.8 M K2HPO4/NaH2PO4
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.211 |
| 8B0S SARS-COV-2 Main Protease adduct with Au(NHC)Cl 提交 2022-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M Ammonium Acetate, 20% PEG3350
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.273 |
| 8B0T SARS-CoV-2 Main Protease adduct with Au(PEt3)Br 提交 2022-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
未记录 | AU GOLD ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.276 |
| 8C9L Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-S144A mutant, free enzyme 提交 2023-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3565（302 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1MBis Tris Propane pH 6.50.02 MSodium potassium phosphate pH 7.520 % w/vPEG 335010% v/vEthylene glycol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.244 |
| 8C9O Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-S144A mutant in complex with 13b-K 提交 2023-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3569（306 aa）
链 BBB
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Ethylene glycols, HEPES, PEG 500 MME, PEG 20000
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.234 |
| 8C9P Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-E166V mutant, free enzyme 提交 2023-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3568（305 aa）
|
突变：E166V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1MBis Tris Propane pH 6.50.2 MPotassium thiocyanate20 % w/vPEG 335010% v/vEthylene glycol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.277 |
| 8C9Q Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-Q189K mutant in complex with 13b-K 提交 2023-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3566（303 aa）
链 BBB
3264–3566（303 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M PCTP, pH8.0, 25% w/vPEG 1500
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.266 |
| 8C9U Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-Q189K mutant in complex with nirmatrelvir 提交 2023-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3568（305 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/vPEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.210 |
| 8CA6 Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-Q189K mutant, free enzyme 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH6.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.294 |
| 8CA6 Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-Q189K mutant, free enzyme 提交 2023-01-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 BBB
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M Bis-Tris propane pH6.5, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.294 |
| 8CA8 Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-H172Y mutant, free enzyme 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3565（302 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M Bis Tris Propane pH 6.5, 0.2 MSodium acetate trihydrate, 20 % w/vPEG 3350, 10% v/vEthylene glycol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 8CAC Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-H172Y mutant in complex with 13b-K 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3565（302 aa）
链 BBB
3264–3565（302 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；Bis-Tris, Potassium citrate tribasic monohydrate, PEG 3350, Ethylene glycol
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.272 |
| 8CAE Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-H172Y mutant in complex with nirmatrelvir 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3566（303 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.1M MMT pH8.0, 25% w/vPEG 1500
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.258 |
| 8CAJ Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro-E166V mutant in complex with 13b-K 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 AAA
3264–3565（302 aa）
|
未记录 | UAX ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{R})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.2M Ammonium chloride, 0.1M Tris pH8.0, 20% w/vPEG 6000
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.364 |
| 8CX9 Structure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeric Ubv that inhibits activity by an unusual allosteric mechanism 提交 2022-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BR BROMIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；14.86 mg/ml SARS-CoV2C111S/UbV.CV2.1,
20% PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.3), 50 mM lithium chloride. Cryoprotected in the same buffer plus 30% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.270 |
| 8CX9 Structure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeric Ubv that inhibits activity by an unusual allosteric mechanism 提交 2022-05-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BR BROMIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；14.86 mg/ml SARS-CoV2C111S/UbV.CV2.1,
20% PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.3), 50 mM lithium chloride. Cryoprotected in the same buffer plus 30% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.270 |
| 8CX9 Structure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeric Ubv that inhibits activity by an unusual allosteric mechanism 提交 2022-05-20 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；14.86 mg/ml SARS-CoV2C111S/UbV.CV2.1,
20% PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.3), 50 mM lithium chloride. Cryoprotected in the same buffer plus 30% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.270 |
| 8CX9 Structure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeric Ubv that inhibits activity by an unusual allosteric mechanism 提交 2022-05-20 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BR BROMIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；14.86 mg/ml SARS-CoV2C111S/UbV.CV2.1,
20% PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.3), 50 mM lithium chloride. Cryoprotected in the same buffer plus 30% glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.270 |
| 8DI3 Polymorphism in SARS-CoV-2 Nsp5 main protease reveals differences in cleavage of viral and host substrates 提交 2022-06-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：P132H | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium Phosphate, 0.1 M Tris, 50 % MPD
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.218 |
| 8DKJ Polymorphism in SARS-CoV-2 Nsp5 main protease reveals differences in cleavage of viral and host substrates 提交 2022-07-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 6000
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.248 |
| 8EIR SARS-CoV-2 polyprotein substrate regulates the stepwise Mpro cleavage reaction 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
3860–4392（533 aa）
链 D
3860–4392（533 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8FIG Room-temperature X-ray structure of SARS-CoV-2 main protease double mutant E290A/R298A in complex with GC373 提交 2022-12-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：E290A, R298A | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；287 K；18-21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 7.0, microseeding
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.185 |
| 8G62 Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004 提交 2023-02-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 YOO 3-methoxy-5-(1-methylpiperidin-4-yl)-N-[4-(pyrrolidine-1-sulfonyl)phenyl]benzamide × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis_tris propane, pH 7.0, 2.8 M sodium acetate, 0.1 M glycine, 4 mM ligand
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.214 |
| 8G62 Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004 提交 2023-02-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 YOO 3-methoxy-5-(1-methylpiperidin-4-yl)-N-[4-(pyrrolidine-1-sulfonyl)phenyl]benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis_tris propane, pH 7.0, 2.8 M sodium acetate, 0.1 M glycine, 4 mM ligand
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.214 |
| 8G62 Papain-Like Protease of SARS CoV-2 in complex with remodilin NCGC 390004 提交 2023-02-14 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 YOO 3-methoxy-5-(1-methylpiperidin-4-yl)-N-[4-(pyrrolidine-1-sulfonyl)phenyl]benzamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis_tris propane, pH 7.0, 2.8 M sodium acetate, 0.1 M glycine, 4 mM ligand
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.214 |
| 8GQC Crystal structure of the SARS-unique domain (SUD) of SARS-CoV-2 (1.35 angstrom resolution) 提交 2022-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1231–1494（264 aa）
片段：SUD domain
|
突变：L492C, Y623C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.20 M Lithium sulfate monohydrate, 0.10 M Tris pH= 8.50, 25% PEG3350
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.162 |
| 8GQT Structure of Mpro complexed with Quercetin 提交 2022-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
3264–3566（303 aa）
|
未记录 | QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.253 |
| 8GTV SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound JZD-07 提交 2022-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | KAE 4-[(2~{S})-4-(3,4-dichlorophenyl)-2-(morpholin-4-ylmethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-1~{H}-quinolin-2-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.247 |
| 8GTW SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound JZD-26 提交 2022-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | K9U (2S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-1-[(2-oxidanylidene-1H-quinolin-4-yl)carbonyl]-N-[3,3,3-tris(fluoranyl)propyl]piperazine-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.227 |
| 8GVD SARS-CoV-2 Mpro in complex with D-4-38 提交 2022-09-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；0.2 m ammonium fluoride, 0.2 peg3350, ph=6.2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 8GVY SARS CoV-2 Mpro in complex with D-3-149 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.271 |
| 8GW1 A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 8GWB SARS-CoV-2 E-RTC complex with RNA-nsp9 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8GWE SARS-CoV-2 E-RTC complex with RNA-nsp9 and GMPPNP 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3937（78 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 8GWF A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8GWG SARS-CoV-2 E-RTC complex with SMP-nsp9 and GMPPNP 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6GS 2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8GWI SARS-CoV-2 E-RTC complex with SMP-nsp9 and GTP 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 6GS 2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 8GWK SARS-CoV-2 RNA E-RTC complex with RMP-nsp9 and GMPPNP 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F86 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanylpyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 8GWM SARS-CoV-2 E-RTC bound with MMP-nsp9 and GMPPNP 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 6GS 2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 8GWN A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibitor of AT-527 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 8GWO A mechanism for SARS-CoV-2 RNA capping and its inhibition by nucleotide analogue inhibitors 提交 2022-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8GXG The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with 14a 提交 2022-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 06Q N-[(2S)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3S)-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1-benzofuran-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.206 |
| 8GXH The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with 14b 提交 2022-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 0AX N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2S,3R)-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1-benzofuran-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.194 |
| 8GXI The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with 14c 提交 2022-09-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 0BO N-[(2S)-3-cyclohexyl-1-[[(2S,3R)-4-(cyclopropylamino)-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3S)-2-oxidanylidenepiperidin-3-yl]butan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-1-benzofuran-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.203 |
| 8GY6 Structure of SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase with gossypol binding 提交 2022-09-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
|
未记录 | GO3 Gossypol × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 8GZB SARS-CoV-2 3CLpro 提交 2022-09-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 KM6 2-(4-chlorophenyl)-1,3,4-oxadiazole × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；25% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.256 |
| 8H3G Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) E166V Mutant in Complex with Inhibitor Enstrelvir 提交 2022-10-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：E166V 突变：E166V | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH 8.5, 20% w/v PEG monomethyl ether 5000
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.162 |
| 8H3K Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (L50F and E166V) in Complex with Inhibitor Enstrelvir 提交 2022-10-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：E166V, L50F 突变：E166V, L50F | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 VIB 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.3% w/v Sodium-L ascorbate, 0.3% w/v Choline Chloride, 0.3% v/v D-Panthenol, 0.3% w/v Pyridoxine hydrochloride, 0.3% w/v Thiamine hydrochloride
20% v/v PEG 500* MME; 10% w/v PEG 20000;
0.1 M 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid)
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.201 |
| 8H3L Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (T21I and E166V) in Complex with Inhibitor Enstrelvir 提交 2022-10-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：T21I, E166V 突变：T21I, E166V | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 8H3L Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (T21I and E166V) in Complex with Inhibitor Enstrelvir 提交 2022-10-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
突变：T21I, E166V 突变：T21I, E166V | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 2% v/v Tacsimate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 8H4Y Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) F140L Mutant in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：F140L | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.05% w/v (-)-Menthol, 0.05% w/v Caffeic acid, 0.05% w/v D-Quinic acid, 0.05% w/v Shikimic acid, 0.05% w/v Gallic acidmonohydrate, 0.05% w/v N-Vanillylnonanamide, 0.05% w/v Thymol, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.248 |
| 8H51 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (T21I and E166V) in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：T21I, E166V | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5 (Tris base, BICINE), 20% v/v Glycerol, 10% w/v PEG 4,000
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.234 |
| 8H57 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) A193P Mutant in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：A193P | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.05% w/v D-Salicin, 0.05% w/v Esculin hydrate, 0.05% w/v Quinine hemisulfate salt monohydrate, 0.05% w/v Tryptamine, 0.05% w/v Arbutin, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.204 |
| 8H5F Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) L167F Mutant in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：L167F | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5 (Tris base, BICINE), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.227 |
| 8H5P Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Double Mutant (L50F and E166V) in Complex with Inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：L50F,E166V | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.207 |
| 8H6I The crystal structure of SARS-CoV-2 3C-like protease Double Mutant (L50F and E166V) in complex with a traditional Chinese Medicine Inhibitors 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：E166V, L50F | ODN (1beta,6beta,7beta,8alpha,9beta,10alpha,13alpha,14R,16beta)-1,6,7,14-tetrahydroxy-7,20-epoxykauran-15-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.227 |
| 8H6N Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) Mutant (T21I) in complex with protease inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：T21I | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 LQZ 2-(diethylamino)-N-(2,6-dimethylphenyl)ethanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v Glycerol, 10% w/v PEG 4,000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.216 |
| 8H7K SARS-CoV-2 Mpro Double Mutant (H41A and T21I) in complex with nsp4/5 peptidyl substrate 提交 2022-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：H41A/T21I | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v Glycerol, 10% w/v PEG 4,000
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.184 |
| 8H7W Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) Mutant (S144A) in complex with protease inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3568（305 aa）
|
突变：S144A | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 7.0, 16% v/v ethylene glycol, 8% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.197 |
| 8H82 Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (Mpro) Mutant (E166V) in complex with protease inhibitor Nirmatrelvir 提交 2022-10-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：E166V | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 7.6, 14% v/v ethylene glycol, 7% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.216 |
| 8HBK The crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with Ensitrelvir 提交 2022-10-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 7.0, 16% v/v ethylene glycol, 8% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 8HBL Crystal structure of the SARS-unique domain (SUD) of SARS-CoV-2 (1.58 angstrom resolution) 提交 2022-10-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1235–1494（260 aa）
|
突变：L516C, Y647C | PO4 PHOSPHATE ION × 1 LI LITHIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.20 M Lithium sulfate monohydrate, 0.10 M Tris pH 8.50, 25% PEG3350
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.180 |
| 8HHT Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with Hit-1 提交 2022-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | LV0 ~{N}-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-phenyl-4-(1,3-thiazol-2-ylmethylamino)butan-2-yl]benzamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.245 |
| 8HHU Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with SY110 提交 2022-11-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | LVX (1~{R})-3,3-bis(fluoranyl)-~{N}-[(2~{R})-3-methoxy-1-oxidanylidene-1-[[(2~{R},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-phenyl-4-(1,3-thiazol-2-ylmethylamino)butan-2-yl]amino]propan-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.227 |
| 8HI9 SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with Robinetin 提交 2022-11-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | LKR 3,7-bis(oxidanyl)-2-[3,4,5-tris(oxidanyl)phenyl]chromen-4-one × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.255 |
| 8HOL Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Main Protease (Mpro) 提交 2022-12-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 7.0, 16% v/v ethylene glycol, 8% w/v PEG 8,000
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.213 |
| 8HOM Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Main Protease (Mpro) in Complex with Ensitrelvir 提交 2022-12-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 7.6, 14% v/v ethylene glycol, 7% w/v PEG 8000
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.196 |
| 8HOZ Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Main Protease (Mpro) in Complex with Nirmatrelvir 提交 2022-12-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.2% w/v Lidocaine hydrochloride monohydrate, 0.2% w/v Procaine hydrochloride, 0.2% w/v Proparacaine hydrochloride, 0.2% w/v tetracaine hydrochloride, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS acid), 20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.258 |
| 8HQG Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with inhibitor YH-53 提交 2022-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | HUR N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.264 |
| 8HQH Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with inhibitor YH-53 提交 2022-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：M49I 突变：M49I | HUR N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.227 |
| 8HQI Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease P132H mutant in complex with inhibitor YH-53 提交 2022-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3265–3563（299 aa）
链 B
3265–3563（299 aa）
|
突变：P132H 突变：P132H | HUR N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.240 |
| 8HQJ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease Y54C mutant in complex with inhibitor YH-53 提交 2022-12-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：Y54C 突变：Y54C | HUR N-[(2S)-1-[[(2S)-1-(1,3-benzothiazol-2-yl)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.236 |
| 8HTV SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3a 提交 2022-12-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | UZF 1-(5,6-dihydrobenzo[b][1]benzazepin-11-yl)-2-sulfanyl-ethanone × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.236 |
| 8HUR Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with S217622 提交 2022-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
未记录 | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.226 |
| 8HUV Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with S217622 提交 2022-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate;
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.247 |
| 8HUW Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with S217622 提交 2022-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M glycine pH8.5, 20% polyethylene glycol
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.228 |
| 8HUX Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease P132H mutant in complex with S217622 提交 2022-12-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：P132H 突变：P132H | 7YY 6-[(6-chloranyl-2-methyl-indazol-5-yl)amino]-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-1-[[2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]-1,3,5-triazine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.245 |
| 8HVK Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with PF07321332 提交 2022-12-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.215 |
| 8HVL Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with PF07321332 提交 2022-12-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：M49I 突变：M49I | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12M-0.21M Na2SO4, 20%-24% PEG3350
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.230 |
| 8HVM Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with PF07321332 提交 2022-12-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3566（301 aa）
链 B
3266–3566（301 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M glycine pH8.5, 20% polyethylene glycol
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.242 |
| 8HVN Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease P132H mutant in complex with PF07321332 提交 2022-12-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
突变：P132H 突变：P132H | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 8HVO Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease V186F mutant in complex with PF07321332 提交 2022-12-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Na2SO4, 20%PEG3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.258 |
| 8HVU Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate;
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.257 |
| 8HVV Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease S46F mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.1M Na2SO4
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.238 |
| 8HVW Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12M-0.21M Na2SO4, 20%-24% PEG3350
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.251 |
| 8HVX Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease Y54C mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：Y54C 突变：Y54C | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.236 |
| 8HVY Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M glycine pH8.5, 20% polyethylene glycol
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.247 |
| 8HVZ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease V186F mutant in complex with PF07304814 提交 2022-12-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：V186F 突变：V186F | 80I [(3~{S})-3-[[(2~{S})-2-[(4-methoxy-1~{H}-indol-2-yl)carbonylamino]-4-methyl-pentanoyl]amino]-2-oxidanylidene-4-[(3~{R})-2-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-3-yl]butyl] dihydrogen phosphate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12M-0.21M Na2SO4, 20%-24% PEG3350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 8HZR Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease S46F mutant in complex with PF07321332 提交 2023-01-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3561（296 aa）
链 B
3266–3561（296 aa）
|
突变：S46F 突变：S46F | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.1M Na2SO4
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.242 |
| 8I30 Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with 32j 提交 2023-01-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | OF9 (2~{R})-1-[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]carbonyl-4,4-bis(fluoranyl)-~{N}-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-phenyl-4-(pyridin-2-ylmethylamino)butan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.226 |
| 8IFP SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 1 提交 2023-02-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | OZ6 (1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-(tert-butylcarbamoylamino)-3,3-dimethyl-butanoyl]-6,6-dimethyl-N-[(2S)-1-oxidanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.292 |
| 8IFQ SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 2 提交 2023-02-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | I1Z (1R,2S,5S)-3-[N-(tert-butylcarbamoyl)-3-methyl-L-valyl]-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.214 |
| 8IFR SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 3 提交 2023-02-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | P0O (1R,2S,5S)-3-[(2S)-2-(tert-butylcarbamoylamino)-3,3-dimethyl-butanoyl]-6,6-dimethyl-N-[(2S)-5-oxidanylidene-1-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]hex-3-en-2-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.216 |
| 8IFS SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 7 提交 2023-02-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | OZL (8~{S})-7-[(2~{S})-2-(~{tert}-butylcarbamoylamino)-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[(1~{S})-1-cyano-2-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]ethyl]-1,4-dithia-7-azaspiro[4.4]nonane-8-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.295 |
| 8IFT SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 10 提交 2023-02-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | OZB (8S)-N-[(1S)-1-cyano-2-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]ethyl]-7-[(2S)-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-1,4-dithia-7-azaspiro[4.4]nonane-8-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.205 |
| 8IG4 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3566（301 aa）
链 B
3266–3566（301 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 8IG7 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.241 |
| 8IG8 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease S46F mutant in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3265–3567（303 aa）
链 B
3265–3567（303 aa）
|
突变：S46F 突变：S46F | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.234 |
| 8IG9 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.247 |
| 8IGA Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.242 |
| 8IGB Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease P132H mutant in complex with GC376 提交 2023-02-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.244 |
| 8IGN Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with RAY1216 提交 2023-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 7ON Leritrelvir bound form × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% w/v Polyethylene glycol 20,000. Protein concentration 10mg/ml.
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.231 |
| 8IGO Crystal structure of apo SARS-CoV-2 main protease 提交 2023-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350. Protein concentration 10mg/ml
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 8IGX SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 9 (simnotrelvir, SIM0417, SSD8432) 提交 2023-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | PQL (8~{S})-~{N}-[(1~{S})-1-cyano-2-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]ethyl]-7-[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]-1,4-dithia-7-azaspiro[4.4]nonane-8-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.212 |
| 8IGY SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with nirmatrelvir 提交 2023-02-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-6.5, 10%-25% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.206 |
| 8IHO Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.305 |
| 8ILC Crystal structure of Se-Met CoV-Y domain of Nsp3 in SARS-CoV-2 提交 2023-03-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2485–2763（279 aa）
片段：CoV-Y domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2 M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 2mM TCEP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 8J35 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with PF00835231 提交 2023-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.228 |
| 8J36 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with PF00835231 提交 2023-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
突变：M491I 突变：M491I | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.254 |
| 8J37 Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with PF00835231 提交 2023-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.242 |
| 8J3A Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease Y54C mutant in complex with PF00835231 提交 2023-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：Y54C 突变：Y54C | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Na2SO4, 20%PEG3350
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.235 |
| 8J3B Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease S46F mutant in complex with PF00835231 提交 2023-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：S46F 突变：S46F | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.230 |
| 8JCJ The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 18 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | PBP p-Bromophenacyl bromide × 2 H2S HYDROSULFURIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.188 |
| 8JCK The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 32 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A8J tert-butyl 3-ethanoylbenzoate × 2 GOL GLYCEROL × 2 H2S HYDROSULFURIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.175 |
| 8JCL The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 52 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | AIE 3-ethanoyl-N-phenyl-benzamide × 2 H2S HYDROSULFURIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.177 |
| 8JCM The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 55 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | AJF methyl (2S)-2-[(3-ethanoylphenyl)carbonylamino]-3-phenyl-propanoate × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 H2S HYDROSULFURIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.183 |
| 8JCN The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 58 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | AO0 1-[3-(diphenoxyphosphorylamino)phenyl]ethanone × 2 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.184 |
| 8JCO The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Compound 65 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | B7Y methyl (2S)-2-[[3-(4-chloranylbutanoyl)phenyl]carbonylamino]-3-methyl-butanoate × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.193 |
| 8JOP Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with 11a 提交 2023-06-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | UWO methyl (6~{R})-5-ethanoyl-7-oxidanylidene-6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-8,9,10,11-tetrahydro-6~{H}-benzo[b][1,4]benzodiazepine-2-carboxylate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 8R0V SARS-CoV-2 Mpro (Omicron, P132H) in complex with alpha-ketoamide 13b-K at pH 6.5 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；0.1 BisTris
25% PEG3350
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.247 |
| 8R0V SARS-CoV-2 Mpro (Omicron, P132H) in complex with alpha-ketoamide 13b-K at pH 6.5 提交 2023-11-01 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；0.1 BisTris
25% PEG3350
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.247 |
| 8R11 Structure of compound 7 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XI0 1-[(2~{S})-2-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl]-2-(5-methylpyridin-3-yl)ethanone × 2 GOL GLYCEROL × 1 BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 20% glycerol , 0.03 M of each halide: sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.193 |
| 8R12 Structure of compound 8 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XH9 2-[[4-(5-chloranylpyridin-3-yl)carbonyl-1,4-diazepan-1-yl]methyl]benzenecarbonitrile × 2 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 20% glycerol , 0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide),0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.238 |
| 8R14 Structure of compound 11 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XHW (5-chloranylpyridin-3-yl)-[4-[(2-chlorophenyl)methyl]-1,4-diazepan-1-yl]methanone × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 20% glycerol , 0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide), 0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.238 |
| 8R16 Structure of compound 12 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XJ9 1-[6,7-bis(chloranyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]-2-(5-methylpyridin-3-yl)ethanone × 2 CL CHLORIDE ION × 4 BR BROMIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 20% glycerol , 0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide),0.1 M MES/imidazole pH 6.5
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.206 |
| 8R19 SARS-CoV-2 Mpro (Omicron, P132H) free enzyme 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；PEG 3350 20%
Ethylene glycol 10%
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.237 |
| 8R1Q SARS-CoV-2 Mpro (Omicron, P132H+T169S) in complex with alpha-ketoamide 13b-K 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；PEG3350 25%
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.223 |
| 8R24 SARS-CoV-2 Mpro (Omicron, P132H+T169S) free enzyme 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；PEG 3350 25%
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.264 |
| 8R26 SARS-CoV-2 Mpro (Omicron,P132H) in complex with alpha-ketoamide 13b-K at pH 8.5 提交 2023-11-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；0.1 BisTris
25% PEG3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 8R26 SARS-CoV-2 Mpro (Omicron,P132H) in complex with alpha-ketoamide 13b-K at pH 8.5 提交 2023-11-03 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | O6K ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]-4-[(phenylmethyl)amino]butan-2-yl]amino]propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；296 K；0.1 BisTris
25% PEG3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 8RV4 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 2 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H3C 5-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-2-phenyl-benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 5% PEG 3350, 0.24 M magnesium chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 8RV5 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 1 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 MTA 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 12% PEG 3350, 0.18 M magnesium chloride
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.214 |
| 8RV6 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 2 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H3B 3-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-5-(4-hydroxyphenyl)benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 12% PEG 3350, 0.1 M magnesium chloride
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.225 |
| 8RV7 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 4 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H3E 3-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-5-(3-oxidanylprop-1-ynyl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 9% PEG 3350, 0.06 M magnesium chloride
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.197 |
| 8RV8 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 5 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H28 5-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl]-2-chloranyl-benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 11% PEG 3350, 0.24 M magnesium chloride
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.196 |
| 8RV9 SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 6 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H3A 5-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-2-chloranyl-benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 5% PEG 3350, 0.24 M magnesium chloride
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 8RVA SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 7 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H3D 3-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 7% PEG 3350, 0.12 M magnesium chloride
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.204 |
| 8RVB SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 8 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H29 (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[2-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-yl)ethylsulfanylmethyl]oxolane-3,4-diol × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 5% PEG 3350, 0.22 M magnesium chloride
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.203 |
| 8RZC SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 11 提交 2024-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1H4D 3-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-5-imidazol-1-yl-benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 7% PEG 3350, 0.14 M magnesium chloride
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.210 |
| 8RZD SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 9 提交 2024-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | A1H4C 3-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-5-(3-hydroxyphenyl)benzoic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 9% PEG 3350, 0.14 M magnesium chloride
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 8RZE SARS-CoV-2 nsp16-nsp10 in complex with SAM derivative inhibitor 10 提交 2024-02-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
4254–4392（139 aa）
|
未记录 | A1H4B 3-[[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanylmethyl]-5-pyridin-3-yl-benzoic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M MES (pH 5.6), 12% PEG 3350, 0.12 M magnesium chloride
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 8SPJ Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) N28T Mutant 提交 2023-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：N28T | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.005M Magnesium Chloride
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.242 |
| 8SXO Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H164I Mutant 提交 2023-05-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：H164I | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.005M Magnesium Chloride
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.244 |
| 8TYK Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) T21I Mutant 提交 2023-08-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：T21I | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.005M Magnesium Chloride
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.235 |
| 8U25 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) L50F/E166A/L167F Triple Mutant 提交 2023-09-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
突变：L50F, E166A, L167F 突变：L50F, E166A, L167F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.005M Magnesium Chloride
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.231 |
| 8U25 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) L50F/E166A/L167F Triple Mutant 提交 2023-09-05 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
3264–3569（306 aa）
链 C
3264–3569（306 aa）
|
突变：L50F, E166A, L167F 突变：L50F, E166A, L167F | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；25% PEG 3350, 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.005M Magnesium Chloride
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.231 |
| 8UFM Crystal Structure of L516C/Y647C Mutant of SARS-Unique Domain (SUD) from SARS-CoV-2 提交 2023-10-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1231–1496（266 aa）
片段：SARS-Unique Domain (SUD)
|
突变：L516C, Y647C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FMT FORMIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；292 K；Protein: 6.45 mg/ml, 0.3M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: AmSO4 (A2), 0.2M Ammonium acetate, 2.2M Ammonium sulfate; Cryo: 2.0M Lithium sulfate
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.208 |
| 8UHO Crystal structure of SARS CoV-2 3CL protease in complex with GSK4365096A 提交 2023-10-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | WTE N-[(benzyloxy)carbonyl]-4-fluoro-L-phenylalanyl-N-[(2S,3Z)-1-[(2S)-oxolan-2-yl]-3-(2-oxooxolan-3-ylidene)propan-2-yl]-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；295 K；0.02M CaCl2, 30% MPD, 01 M sodium acetate, pH 4.6
Crystals grew over night with seeding and were left to grow for up to two days before they were harvested
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.217 |
| 8UIA Crystal structure of SARS CoV-2 3CL protease in complex with GSK4365097A 提交 2023-10-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | WTV N-[(benzyloxy)carbonyl]-4-fluoro-L-phenylalanyl-N-{(2R)-1-[(2R)-oxolan-2-yl]-3-[(3R)-2-oxooxolan-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；0.02M CaCl2, 30% MPD, 01 M sodium acetate, pH 4.6
Crystals grew over night with seeding and were left to grow for up to two days before they were harvested
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.194 |
| 8UOB SARS-CoV-2 Papain-like protease (PLpro) with Inhibitor Jun12682 提交 2023-10-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | XB5 5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-N-{(1R)-1-[(3M,5P)-3-(1-ethyl-1H-pyrazol-3-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethyl}-2-methylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；Zinc Acetate, PEG 8000, Bis-Tris 6.3
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.244 |
| 8UUF SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) with inhibitor Jun11941 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | XWO N-{(1R)-1-[(3M,5P)-3,5-bis(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethyl}-5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methylbenzamide × 1 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；0.2M Zinc acetate, 0.1M Bis Tris, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.234 |
| 8UUH SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) with inhibitor Jun12199 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | XYI 5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methyl-N-[(1R)-1-{(3M,5P)-3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-5-[1-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl]phenyl}ethyl]benzamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.2M Zinc Acetate, 0.1M Bis Tris pH 6.0, 10% PEG 8000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.262 |
| 8UUU SARS-Cov-2 papain-like protease (PLpro) with inhibitor Jun12162 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | XYR N-{(1R)-1-[(3P,5M)-3-[1-(difluoromethyl)-1H-pyrazol-4-yl]-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethyl}-5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methylbenzamide × 1 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；0.2M Zinc Acetate, 0.1M BisTris pH 5.9, 12% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.244 |
| 8UUV SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) with inhibitor Jun12197 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y2I N-{(1R)-1-[(3P,5P)-3-(1-cyclopropyl-1H-pyrazol-4-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethyl}-5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methylbenzamide × 1 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；0.2M Zinc Acetate, 0.1M BisTris pH 6.4, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.224 |
| 8UUW SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) with inhibitor Jun12145 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y2N 5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methyl-N-{(1R)-1-[(3P,5M)-3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-5-(1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；0.2M Zinc Acetate, 0.1M BisTris pH 5.8, 105 PEG 8000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.305 |
| 8UUY SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) complex with inhibitor Jun12129 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | Y2R N-{(1R)-1-[(3P,5P)-3-[5-(aminomethyl)thiophen-2-yl]-5-(thiophen-2-yl)phenyl]ethyl}-5-[2-(dimethylamino)ethoxy]-2-methylbenzamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；0.2M Zinc Acetate, 0.1M BisTris pH 6.2, 8% PEG 8000
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.250 |
| 8W1T SARS-CoV-2 Main protease bound to a non-covalent non-peptidic HTS hit 提交 2024-02-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 A1A21 (5-bromopyridin-3-yl){4-[(R)-(4-chlorophenyl)(phenyl)methyl]piperazin-1-yl}methanone × 2 A1AFD (5-bromopyridin-3-yl){4-[(S)-(4-chlorophenyl)(phenyl)methyl]piperazin-1-yl}methanone × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M MES pH 6.8, 0.2 M lithium sulfate, 24% PEG3350
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.201 |
| 8WS3 Crystal structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) with covalent inhibitor 5,8-Dihydroxy-1,4-naphthoquinone 提交 2023-10-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X7F 5,8-bis(oxidanyl)naphthalene-1,4-dione × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；MES pH 6.0, polyethylene glycol (PEG) 6000, DMSO, DTT
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.252 |
| 8WSI Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease, pH=6.0 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M MES pH6.0, 20%PEG4000,10% isopropanol
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.287 |
| 8WSJ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease, pH=6.5 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3267–3561（295 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Ammonium acetate,0.1M BIS-TRIS pH6.5, 25% PEG3350
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.233 |
| 8WSK Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease, pH=8.5 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3561（296 aa）
链 B
3266–3561（296 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M Tris-HCl pH8.5,24%PEG4000
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.251 |
| 8WTI Crystal structure of the SARS-CoV-2 main protease in complex with 20j 提交 2023-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | X1Z ~{N}-[(1~{R})-1-cyclohexyl-2-[[(2~{R})-3-methoxy-1-oxidanylidene-1-[[1-[(1~{S})-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-2-(1,3-thiazol-2-ylmethylamino)ethyl]cyclobutyl]amino]propan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-4,4-bis(fluoranyl)cyclohexane-1-carboxamide × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.201 |
| 8WUR Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease D48N mutant in complex with shikonin 提交 2023-10-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3561（296 aa）
链 B
3266–3561（296 aa）
|
突变：D48N 突变：D48N | FNO 2-[(1R)-4-methyl-1-oxidanyl-pent-3-enyl]-5,8-bis(oxidanyl)naphthalene-1,4-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.238 |
| 8WZ0 SARS-CoV-2 3CLpro bound to covalent inhibitor 提交 2023-11-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XQF (2~{R})-~{N}-[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-2-[(2-chloranyl-2-fluoranyl-ethanoyl)-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]-2-pyrimidin-5-yl-propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.299 |
| 8WZ0 SARS-CoV-2 3CLpro bound to covalent inhibitor 提交 2023-11-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XQF (2~{R})-~{N}-[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-2-[(2-chloranyl-2-fluoranyl-ethanoyl)-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]-2-pyrimidin-5-yl-propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.299 |
| 8WZ0 SARS-CoV-2 3CLpro bound to covalent inhibitor 提交 2023-11-01 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XQF (2~{R})-~{N}-[4,4-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-2-[(2-chloranyl-2-fluoranyl-ethanoyl)-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]-2-pyrimidin-5-yl-propanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.299 |
| 8WZP Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with CCF0058981 提交 2023-11-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3567（302 aa）
链 B
3266–3567（302 aa）
|
突变：M49I 突变：M49I | XIU 2-(benzotriazol-1-yl)-~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-~{N}-[4-(1~{H}-imidazol-5-yl)phenyl]ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.12M-0.21M Na2SO4, 20%-24% PEG3350
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.236 |
| 8XCH SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer-of-dimeric architecture (ddRTC) in pre-capping initiation. 提交 2023-12-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
链 K
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
链 S
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
链 a
3860–3942（83 aa）
片段：UNP residues 3860-3942
|
未记录 | ZN ZINC ION × 32 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Y42 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 51 提交 2024-01-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D51 ~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-[[4-cyclopropyl-2-(methylcarbamoyl)-6-nitro-phenyl]amino]cyclohexyl]-2-oxidanylidene-1~{H}-quinoline-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-7.0, 5%-25% PEG6000,
3% DMSO
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.274 |
| 8Y42 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 51 提交 2024-01-30 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
3264–3569（306 aa）
链 D
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D51 ~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-[[4-cyclopropyl-2-(methylcarbamoyl)-6-nitro-phenyl]amino]cyclohexyl]-2-oxidanylidene-1~{H}-quinoline-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-7.0, 5%-25% PEG6000,
3% DMSO
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.274 |
| 8Y44 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 44 提交 2024-01-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D50 ~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-[(4-bromanyl-2-morpholin-4-ylcarbonyl-6-nitro-phenyl)amino]cyclohexyl]-2-oxidanylidene-1~{H}-quinoline-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH5.5-7.0, 5%-25%
PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.262 |
| 8Y7T Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with C2 提交 2024-02-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1LX1 6-(iminomethyl)-4-(2-pyridin-2-ylethyl)-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-triazine-3,5-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.266 |
| 8Y7U Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with C5 提交 2024-02-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1LX2 2-(3-fluoro-4-(trifluoromethyl)phenyl)-6-(iminomethyl)-4-(2-oxo-2-(pyridin-2-yl)ethyl)-1,2,4-triazine-3,5(2H,4H)-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.272 |
| 8YA5 Mpro from SARS-CoV-2 提交 2024-02-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；PEG 25% 800, MES 0.1 M
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.273 |
| 8YKJ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease in complex with X77 提交 2024-03-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3566（301 aa）
链 B
3266–3566（301 aa）
|
突变：N142A 突变：N142A | X77 N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M HEPES 7.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.252 |
| 8YKM Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with X77 提交 2024-03-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3563（298 aa）
链 B
3266–3563（298 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | X77 N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.237 |
| 8YKN Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with X77 提交 2024-03-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3265–3567（303 aa）
|
突变：K90R | X77 N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.234 |
| 8YKP Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease M49I mutant in complex with X77 提交 2024-03-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3566（301 aa）
|
突变：M49I | X77 N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.12M-0.21M Na2SO4, 20%-24% PEG3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.263 |
| 8YKQ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease V186F mutant in complex with X77 提交 2024-03-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
|
突变：V186F | X77 N-(4-tert-butylphenyl)-N-[(1R)-2-(cyclohexylamino)-2-oxo-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-1H-imidazole-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Na2SO4, 20%PEG3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 8YLS Structure of SARS-CoV-2 Mpro in complex with its degrader 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1LYZ (4-methoxyphenyl)methyl ~{N}-[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.1 K；25 % w/v PEG 1500, 0.1 M SPG 9.0
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.222 |
| 8YSA The co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro in complex with compound H102 提交 2024-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0 and 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 8YSA The co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro in complex with compound H102 提交 2024-03-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0 and 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.197 |
| 8YWY Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease E166N mutant in complex with Bofutrelvir 提交 2024-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3567（302 aa）
|
突变：E166N | FHR ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M HEPES pH6.5, 10% isopropanol, 22% PEG3350
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.246 |
| 8Z1H Crystal structure of SARS main protease in complex with PF-00835231 提交 2024-04-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3267–3562（296 aa）
链 B
3267–3562（296 aa）
|
未记录 | V2M N-[(2S)-1-({(2S,3S)-3,4-dihydroxy-1-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]butan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Hepes pH7.5, 10% PEG8000, 8% Ethylene glycol
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.236 |
| 8Z46 SARS-CoV-2 3CL protease (3CL pro) in complex with a novel inhibitor 提交 2024-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D70 (2~{S})-~{N}-(3-azanyl-3-oxidanylidene-propyl)-4-[4-[[(1~{S})-1-(2-chlorophenyl)-3-oxidanyl-propyl]amino]-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]-1-ethanoyl-piperazine-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH6, 10% PEG6000, 3% DMSO
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.221 |
| 8Z4W Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors 提交 2024-04-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | A1D7X 1-[4-[[[4-(isoquinolin-5-ylamino)-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]methyl]piperidin-1-yl]ethanone × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.235 |
| 8Z4W Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors 提交 2024-04-17 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | A1D7X 1-[4-[[[4-(isoquinolin-5-ylamino)-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]methyl]piperidin-1-yl]ethanone × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.235 |
| 8Z4W Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors 提交 2024-04-17 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | A1D7X 1-[4-[[[4-(isoquinolin-5-ylamino)-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]methyl]piperidin-1-yl]ethanone × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.235 |
| 8Z4W Crystal structures of SARS-CoV-2 papain-like protease in complex with covalent inhibitors 提交 2024-04-17 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1564–1878（315 aa）
|
未记录 | A1D7X 1-[4-[[[4-(isoquinolin-5-ylamino)-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]amino]methyl]piperidin-1-yl]ethanone × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 8000, 100 mM HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.235 |
| 8ZBP The crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with chebulagic acid (CHLA) 提交 2024-04-27 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D76 2-[(4R,5S,7R,25S,26R,29R,30S,31R)-13,14,15,18,19,20,21,31,35,36-decahydroxy-2,10,23,28,32-pentaoxo-5-(3,4,5-trihydroxybenzoyl)oxy-3,6,9,24,27,33-hexaoxaheptacyclo[28.7.1.04,25.07,26.011,16.017,22.034,38]octatriaconta-1(37),11,13,15,17(22),18,20,34(38),35-nonaen-29-yl]acetic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；5% polyethylene glycol (PEG) 6000, 3% DMSO, 0.1M MES buffer (pH 6.0), protein concentration 5mg/ml
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.209 |
| 9BBP SARS-CoV-2 Mpro in complex with compound 12d inhibitor 提交 2024-04-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | GLY GLYCINE × 2 VAL VALINE × 2 THR THREONINE × 2 PHE PHENYLALANINE × 2 A1ALW N-{(2R)-1-amino-3-[(2R,3S)-2-hydroxypyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-N~2~-[4-(6-fluoropyridin-3-yl)benzoyl]-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium Formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.237 |
| 9BNT Crystal Structure of T21I SARS-CoV-2 Main Protease 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；0.1 M MES monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.240 |
| 9BO0 Crystal Structure of T21I SARS-CoV-2 Main Protease in Complex with Compound Mpro61 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | XEK (5P)-5-[(1P,3M,3'P)-3-{3-chloro-5-[(2-chlorophenyl)methoxy]-4-fluorophenyl}-2-oxo-2H-[1,3'-bipyridin]-5-yl]-1-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；10% v/v Polyethylene glycol 200, 0.1 M BIS-TRIS propane, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.251 |
| 9BO4 Crystal Structure of T21I SARS-CoV-2 Main Protease in Complex with Nirmatrelvir 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M MES monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.252 |
| 9BO8 Crystal Structure of T21I SARS-CoV-2 Main Protease in Complex with GC376 提交 2024-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | UED N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M BIS-TRIS, 16% w/v Polyethylene glycol 10,000
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.202 |
| 9BRW SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 7 提交 2024-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1563–1879（317 aa）
|
突变：C111S, C270S | A1ARL N-(2-chlorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M magnesium formate, 15-25% PEG3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.237 |
| 9BRW SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 7 提交 2024-05-11 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1563–1879（317 aa）
|
突变：C111S, C270S | A1ARL N-(2-chlorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M magnesium formate, 15-25% PEG3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.237 |
| 9BRW SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 7 提交 2024-05-11 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1563–1879（317 aa）
|
突变：C111S, C270S | A1ARL N-(2-chlorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M magnesium formate, 15-25% PEG3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.237 |
| 9BRW SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 7 提交 2024-05-11 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1563–1879（317 aa）
|
突变：C111S, C270S | A1ARL N-(2-chlorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M magnesium formate, 15-25% PEG3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.237 |
| 9BRX SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) with Fragment 10 提交 2024-05-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 AA
1563–1879（317 aa）
|
突变：C270S | A1ASL (4R)-N-(2,4-dimethylphenyl)-7-methyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyrimidin-5-amine × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium citrate, 15%-25% PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.198 |
| 9CSY SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472 提交 2024-07-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1AZ1 2-methyl-5-(4-methylpiperazin-1-yl)-N-{1-[(2P)-2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)quinolin-4-yl]cyclopropyl}benzamide × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 9CSY SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472 提交 2024-07-24 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1AZ1 2-methyl-5-(4-methylpiperazin-1-yl)-N-{1-[(2P)-2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)quinolin-4-yl]cyclopropyl}benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 9CSY SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) bound to PF-07957472 提交 2024-07-24 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1AZ1 2-methyl-5-(4-methylpiperazin-1-yl)-N-{1-[(2P)-2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)quinolin-4-yl]cyclopropyl}benzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 30% v/v Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 9CYB SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P1 提交 2024-08-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1A0T [(3R)-1-cyclopentylpiperidin-3-yl](6-methoxynaphthalen-2-yl)methanone × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.72；281 K；0.2 M Sodium Succinate
10% PEG 8000 (w/v)
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.72
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.208 |
| 9CYB SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P1 提交 2024-08-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1A0T [(3R)-1-cyclopentylpiperidin-3-yl](6-methoxynaphthalen-2-yl)methanone × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.72；281 K；0.2 M Sodium Succinate
10% PEG 8000 (w/v)
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.72
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.208 |
| 9CYC SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P2 提交 2024-08-01 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1A0S (E)-1-[(3R)-1-cyclopentylpiperidin-3-yl]-N-methoxy-1-(6-methoxynaphthalen-2-yl)methanimine × 1 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；281 K；0.2 M Sodium Acetate
10% PEG 8000 (w/v)
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.4
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 9CYC SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P2 提交 2024-08-01 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1A0S (E)-1-[(3R)-1-cyclopentylpiperidin-3-yl]-N-methoxy-1-(6-methoxynaphthalen-2-yl)methanimine × 1 ACY ACETIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；281 K；0.2 M Sodium Acetate
10% PEG 8000 (w/v)
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.4
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.237 |
| 9CYD SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P4 提交 2024-08-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S | A1A0U (1S,4s)-4-{(3R)-3-[(E)-(methoxyimino)(6-methoxynaphthalen-2-yl)methyl]piperidin-1-yl}cyclohexan-1-ol × 1 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；0.3 M Sodium Malonate
6% w/v PGA-LM
0.05 mM Zinc Chloride
0.1 M Tris pH 7.6
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 9CYK SARS-CoV-2 PLpro in complex with inhibitor WEHI-P24 提交 2024-08-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1878（315 aa）
链 B
1564–1878（315 aa）
|
突变：C111S 突变：C111S | A1A0V {(3R)-1-[(1s,4S)-4-hydroxycyclohexyl]piperidin-3-yl}(6-methoxynaphthalen-2-yl)methanone × 2 ACY ACETIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.97；281 K；0.2 M Lithium Acetate
10% w/v PEG 8000
0.1 M trisodium citrate-citric acid pH 5.97
0.44 mM Inhibitor
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.212 |
| 9EPL Mpro from SARS-CoV-2 with 298Q mutation 提交 2024-03-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3563（300 aa）
|
突变：R298Q | GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.1 mM benzamidine hydrochloride, 200 mM potassium formate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 9EPM Mpro from SARS-CoV-2 with 4A mutation 提交 2024-03-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3563（300 aa）
|
突变：R4A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5.000, 200 mM Potassium formate
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.266 |
| 9EWM Mpro from SARS-CoV-2 with R4Q R298Q double mutations 提交 2024-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3563（300 aa）
|
突变：R4Q, R298Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.1 mM benzamidine hydrochloride, 200 mM potassium formate
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.336 |
| 9EWN Mpro from SARS-CoV-2 with 4Q mutation 提交 2024-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3563（300 aa）
|
突变：R4Q | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 200 mM magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.281 |
| 9EWO Mpro from SARS-CoV-2 with R4A R298A double mutations 提交 2024-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3563（300 aa）
|
突变：R4A, R298A | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.12 mM benzamidine hydrochloride, 200 mM potassium formate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.275 |
| 9FQ9 Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro) in complex with the covalently bound inhibitor PSB-21110 (compound 29b in publication) 提交 2024-06-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IF1 (5-chloranylpyridin-3-yl) 4-ethoxy-2-fluoranyl-benzoate × 2 BR BROMIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.0 M imidazole/MES (pH 6.5), 0.3 M NaF, 0.3 M NaBr, 0.3 M NaI; 30% (v/v), 12% (v/v) PEG500 MME, 6% (w/v) PEG20000
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.213 |
| 9FQA Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro) in complex with the covalently bound inhibitor PSB-21101 (compound 30b in publication) 提交 2024-06-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IEY (5-chloranylpyridin-3-yl) 2-fluoranyl-4-phenylmethoxy-benzoate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BR BROMIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；1.0 M imidazole/MES (pH 6.5), 0.3 M NaF, 0.3 M NaBr, 0.3 M NaI; 30% (v/v), 12% (v/v) PEG500 MME, 6% (w/v) PEG20000
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.241 |
| 9FW2 SARS CoV-2 nsp10 in complex with the ExoN domain from nsp14 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.04-0.24 M Amino acids, 0.1 M buffer system 2 (pH 7.5), 16-38% v/v precipitant mix 2.
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.183 |
| 9FWH Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-ExoN in complex with VT00019 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4383（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGQ (4R)-4-phenyl-1,2-thiazolidine 1,1-dioxide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 24.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.247 |
| 9FWI Ensemble model of ligand-free SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) and in complex with partially bound VT00025 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | A1IGP (3-oxidanylazetidin-1-yl)-phenyl-methanone × 1 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 36.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.199 |
| 9FWJ Ensemble model of ligand-free SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) and in complex with partially bound VT00079 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 UYY 2-methoxybenzamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 27.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.20M
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.254 |
| 9FWK Ensemble model of ligand-free SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) and in complex with partially bound VT00123 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGT (4S)-4-pyridin-4-ylpyrrolidin-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1IGS (4R)-4-pyridin-4-ylpyrrolidin-2-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 36.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.11M
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.199 |
| 9FWL Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00167 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZN ZINC ION × 4 A1IGO 3-phenylthiophene-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 36.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.229 |
| 9FWM Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00180 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 A1IGR 1H-indole-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 36.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.14M
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.213 |
| 9FWN Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00219 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 A1IGN 1-methyl-1-(phenylmethyl)urea × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 30.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.20M
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.231 |
| 9FWO Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00216 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4383（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGM 1-methylpyrrole-2-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 27.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.17M
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.249 |
| 9FWP Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00198 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4383（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGK N-methylbenzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 21.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.06M
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.246 |
| 9FWQ Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00218 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4383（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGJ 5,6,7,8-tetrahydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridine × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 29.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.20M
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.260 |
| 9FWR Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00249 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1IGL (4R)-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 23.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.09M
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.251 |
| 9FWS Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00258 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | MI7 7-METHOXY-1H-INDAZOLE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 21.50%w/v Morpheus Amino acids: 0.11M
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.213 |
| 9FWT Ensemble model of ligand-free SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) and in complex with partially bound VT00259 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | VSL methyl 4,5,6,7-tetrahydro-2H-indazole-3-carboxylate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 32.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.11M
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.214 |
| 9FWU Crystal Structure of SARS-CoV-2 NSP10-NSP14 (ExoN) in complex with VT00421 提交 2024-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4383（130 aa）
|
未记录 | A1IGI N,N-dimethyl-3-oxidanyl-benzamide × 1 ZN ZINC ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus buffer 2 (pH: 7.5): 0.10M - Morpheus Ethylene glycols: 32.00%w/v Morpheus Amino acids: 0.11M
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.201 |
| 9FX6 Crystal structure of Cryo2RT SARS-CoV-2 main protease at 100K 提交 2024-07-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；300 mM sodium nitrate, 300 mM disodium hydrogen phosphate, 300 mM ammonium sulphate, 100 mM MES/imidazole pH 6.5, 10% (w/v) PEG550 MME and 20% (w/v) PEG 20K
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.267 |
| 9FZ4 SARS CoV-2 nsp10 in complex with theExoN domain from nsp14 提交 2024-07-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.04-0.24 M Amino acids, 0.1 M buffer system 2 (pH 7.5), 16-38% v/v precipitant mix 2.
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 9FZK SARS CoV-2 nsp10 in complex with theExoN domain from nsp14 提交 2024-07-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
4254–4384（131 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.04-0.24 M Amino acids, 0.1 M buffer system 2 (pH 7.5), 16-38% v/v precipitant mix 2
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.185 |
| 9G0H Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro) in complex with the noncovalently bound inhibitor C5N17A 提交 2024-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 A1IHT [(1~{S},5~{R})-8-[(~{S})-(3-fluorophenyl)-[1-(2-thiophen-3-ylethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-(5-methylpyridin-3-yl)methanone × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；1.5 mM inhibitor, 24% PEG1500, 0.05 M sodium malonate, 0.075 M imidazole, 0.075 M boric acid, 5 % DMSO, 1 mM DTT, 1.58 mM EDTA, 26.67 mM Tris, 20 mM NaCl, 1.33 mM TCEP, pH 7.8
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.222 |
| 9G0I Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro) in complex with the noncovalently bound inhibitor C5N17B 提交 2024-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 A1IHV [(1~{S},5~{R})-8-[(~{R})-(3-fluorophenyl)-[1-(2-thiophen-3-ylethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-(5-methylpyridin-3-yl)methanone × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；295 K；1.5 mM inhibitor, 24% PEG1500, 0.05 M sodium malonate, 0.075 M imidazole, 0.075 M boric acid, 5 % DMSO, 1 mM DTT, 1.58 mM EDTA, 26.67 mM Tris, 20 mM NaCl, 1.33 mM TCEP, pH 7.8
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.233 |
| 9GF7 SARS-CoV2 Main Protease (Mpro) in complex with the covalent inhibitor 28a 提交 2024-08-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IYL ~{N}-[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]quinoline-8-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；22-27% PEG1500, 100mM MTT buffer [DL-Malic acid, 4-Morpholine
Ethane Sulfonic acid (MES) monohydrate, 2-Amino-2-
(hydroxymethyl)-1,3- propanediol (TRIS)-HCl), pH=6.0].
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.293 |
| 9GHN Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) with mutation of Q256A 提交 2024-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
突变：Q256A 突变：Q256A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % (w/v) PEG 1500, 0.1 M MMT, 5 % ethylene glycol
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.218 |
| 9GHO Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) with mutation of S284A 提交 2024-08-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：S284A | CL CHLORIDE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；27.5 PEG 1500, 5 % DMSO, 0.1 M MIB
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.241 |
| 9GIJ Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with compound 5 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IL0 (2~{R})-3-(4-chlorophenyl)-2-[2-[(2~{R})-1-isoquinolin-4-ylcarbonylpyrrolidin-2-yl]ethanoyl-methyl-amino]-~{N}-methyl-propanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；PCB: 0.100000 M pH:6.00 ; PEG 1500: 25.000000 %w/v
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.177 |
| 9GIL Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with compound 12 提交 2024-08-19 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IL7 (7~{R},11~{R},19~{E})-11-[(4-chlorophenyl)methyl]-13-oxa-3,10,23-triazatricyclo[19.3.1.0^{3,7}]pentacosa-1(24),19,21(25),22-tetraene-2,9,12-trione × 2 SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；(NH4)2SO4: 1.6 M ; Dioxane: 10 %v/v ; MES: 0.1 M pH: 6.50
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.236 |
| 9GLV Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with AB-343. 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IMY (1S,3S,4S)-N-[(2S)-1-azanylidene-3-[(3S)-5,5-dimethyl-2-oxidanylidene-pyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[(2R)-3-cyclobutyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]propanoyl]-5,5-bis(fluoranyl)-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；2M Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.50 and 40% PEG 600.
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.238 |
| 9GMQ Crystal structure of the Mpro of SARS COV-2 in complex with the MG-87 inhibitor 提交 2024-08-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | MXU ~{tert}-butyl ~{N}-[1-[(2~{S})-1-[[(2~{S},3~{R})-4-azanyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]butan-2-yl]amino]-3-cyclopropyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyridin-3-yl]carbamate × 2 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.02 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis Tris propane pH8.5, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.218 |
| 9H0F SARS-CoV-2 Mpro in complex with a silicon-containing inhibitor 提交 2024-10-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3568（305 aa）
链 B
3264–3568（305 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 A1IRW methyl-N-[(2S)-1-[(5R)-5-[[(2S)-1-azanyl-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]carbamoyl]-3,3-dimethyl-1,3-azasilolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 2 SO4 SULFATE ION × 14 CL CHLORIDE ION × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH 6.5, 15% PEG4K, 5% DMSO
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.233 |
| 9HAJ Structure of compound 1 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2024-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1ITJ (5~{R})-4-[(4-bromanyl-2-ethyl-phenyl)methyl]-1-(5-chloranylpyridin-3-yl)carbonyl-~{N}-ethyl-1,4-diazepane-5-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Morpheus B3
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.192 |
| 9HAK Structure of compound 119 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2024-11-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1ITI (5~{R})-4-[(4-bromanyl-2-ethyl-phenyl)methyl]-~{N}-ethyl-1-thieno[2,3-c]pyridin-4-ylcarbonyl-1,4-diazepane-5-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition A4
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.176 |
| 9HHG A rare open conformation for Ubl2 domain of papain-like protease of SARS-CoV2 提交 2024-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1879（316 aa）
链 B
1564–1879（316 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bicine pH 8, 10 % Glycerol
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.221 |
| 9HHH A rare open conformation for Ubl2 domain of papain-like protease C111S of SARS-CoV2 提交 2024-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1879（316 aa）
链 B
1564–1879（316 aa）
|
突变：C111S 突变：C111S | GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bicine pH 8, 10 % Glycerol
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.215 |
| 9HHI A rare open conformation for Ubl2 domain of papain-like protease without zinc of SARS-CoV2 提交 2024-11-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1564–1879（316 aa）
链 B
1564–1879（316 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.45 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bicine pH 8, 10 % Glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.284 |
| 9HJH Structure of compound 1 bound to SARS-CoV-2 main protease 提交 2024-11-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1IVK (2~{R})-4-[(4-bromanyl-2-ethyl-phenyl)methyl]-1-(5-chloranylpyridin-3-yl)carbonyl-~{N}-ethyl-1,4-diazepane-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 BR BROMIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350,
0.1M HEPES pH 7.0
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.159 |
| 9IK2 The co-crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro in complex with compound H109 提交 2024-06-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D9H tert-butyl N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[[(2S)-1-azanylidene-3-[(3S)-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]carbamate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.0 and 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.212 |
| 9IKZ SARS-CoV-2 E-RTC bound to pRNA-nsp9 and GDP-BeF3- 提交 2024-06-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3937（78 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9IMK SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer architecture (dRTC) in post-capping state 提交 2024-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
链 J
3860–3942（83 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 9IMM SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex has a dimer architecture (local dRTC) in post-capping state 提交 2024-07-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 9IR9 SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 6 提交 2024-07-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1D7M (2~{S})-~{N}-[(2~{S})-1-azanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-(methylsulfonylamino)butanoyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2-8% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.0-7.25, 3% DMSO
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.230 |
| 9IZB Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with TMP1 提交 2024-08-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG3350
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 9J8T Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Mp-4L2 提交 2024-08-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG5000, 0.1M BIS-TRIS (pH6.5)
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.265 |
| 9J8T Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Mp-4L2 提交 2024-08-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG5000, 0.1M BIS-TRIS (pH6.5)
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.265 |
| 9J8U Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Mp-4D7 提交 2024-08-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG5000, 0.1M BIS-TRIS (pH6.5)
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.245 |
| 9J8U Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease in complex with Mp-4D7 提交 2024-08-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG5000, 0.1M BIS-TRIS (pH6.5)
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.245 |
| 9JGV Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with Ibuzatrelvir 提交 2024-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G15S 突变：G15S | YDL N-(methoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-(trifluoromethyl)-L-prolinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.205 |
| 9JGW Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with Ibuzatrelvir 提交 2024-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：K90R 突变：K90R | YDL N-(methoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-(trifluoromethyl)-L-prolinamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.216 |
| 9L09 SARS-CoV-2 C-RTC with 13-TP 提交 2024-12-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
3860–3942（83 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9LVT Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 4 提交 2025-02-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1L7Q 1-(2-azanylideneethyl)-6-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)-3-(5-methylpyridin-3-yl)-5-[[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.237 |
| 9LVV Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 17 (S-892216) 提交 2025-02-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1L7R 1-(2-azanylideneethyl)-6-[6,6-bis(fluoranyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]-5-(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-3-(5-chloranylpyridin-3-yl)pyrimidine-2,4-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
| 9M6Q Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease S46F mutant in complex with Pomotrelvir 提交 2025-03-07 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3265–3568（304 aa）
链 B
3265–3568（304 aa）
|
突变：S46F 突变：S46F | ZQB Pomotrelvir bound form × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.271 |
| 9M9N Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Mutant del23. 提交 2025-03-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
突变：del23 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES (pH 7.5),
8% (v/v) ethylene glycol
10% (v/v) PEG 8000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.239 |
| 9M9R Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Mutant del23 in Complex with Nirmatrelvir 提交 2025-03-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
突变：del23 | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；100 mM imidazole (pH 8.0) and 10% (v/v) PEG 8000
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.230 |
| 9MA3 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Mutant del23T45I in Complex with Nirmatrelvir (C2 space group) 提交 2025-03-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
|
突变：del23,T45I | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM ammonium acetate and 20% (v/v) PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.251 |
| 9MA6 Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Mutant del23T45I in Complex with Nirmatrelvir (P21 space group) 提交 2025-03-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3564（301 aa）
链 B
3264–3564（301 aa）
|
突变：del23,T45I 突变：del23,T45I | 4WI (1R,2S,5S)-N-{(1E,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-6,6-dimethyl-3-[3-methyl-N-(trifluoroacetyl)-L-valyl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；200 mM ammonium acetate and 20% (v/v) PEG 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.244 |
| 9MCI Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with Leritrelvir 提交 2025-03-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G3278S 突变：G3278S | A1EN0 (3~{S},3~{a}~{S},6~{a}~{R})-2-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]ethanoyl]-~{N}-[(2~{S})-4-(cyclopentylamino)-3,4-bis(oxidanylidene)-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]butan-2-yl]-3,3~{a},4,5,6,6~{a}-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[c]pyrrole-3-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20~24%PEG3350,0.12~0.21M sodium sulfate
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.250 |
| 9MCJ Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease G15S mutant in complex with Leritrelvir 提交 2025-03-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3564（299 aa）
链 B
3266–3564（299 aa）
|
突变：G3278S 突变：G3278S | 7ON Leritrelvir bound form × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.250 |
| 9MCL Crystal structure of SARS-Cov-2 main protease K90R mutant in complex with Leritrelvir 提交 2025-03-17 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3266–3565（300 aa）
链 B
3266–3565（300 aa）
|
突变：K3353R 突变：K3353R | A1EN0 (3~{S},3~{a}~{S},6~{a}~{R})-2-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]ethanoyl]-~{N}-[(2~{S})-4-(cyclopentylamino)-3,4-bis(oxidanylidene)-1-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]butan-2-yl]-3,3~{a},4,5,6,6~{a}-hexahydro-1~{H}-cyclopenta[c]pyrrole-3-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.12~0.21M PEG3350,20%~24%Na2SO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.229 |
| 9MDQ Crystal Structure of SARS-CoV-2 Omicron Main Protease (Mpro) Complex with Azapeptide Inhibitor 20a 提交 2024-12-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
片段：UNP residues 3264-3569
|
突变：P132H | A1BKV N-[(2S)-1-{2-(dichloroacetyl)-2-[(2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]hydrazin-1-yl}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]-4-methoxy-1H-indole-2-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 9N3M SARS-CoV-2 Mpro L50F/E166A/L167F triple mutant bound to inhibitor 提交 2025-01-31 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
突变：L50F, E166A, L167F | A1BVV (1S,2S,4S)-2-{[3-cyclopropyl-N-(4-methoxy-1H-indole-2-carbonyl)-L-alanyl]amino}-1-hydroxy-4-methyl-5-(methylamino)-5-oxopentane-1-sulfonic acid × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.22 M potassium thiocyanate, 20% w/v PEG3500
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.243 |
| 9OR4 Crystal structure of SARS-CoV2 PLpro in complex with a covalent inhibitor 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1565–1879（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1CEE (2S)-3-amino-2-{1-[(1R)-1-(7-ethoxynaphthalen-1-yl)ethyl]piperidin-4-yl}-N-(2-oxo-2-{[(2Z)-4,4,4-trifluorobut-2-en-1-yl]amino}ethyl)propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-32% PEG 3350, 0.1-0.38M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.5
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.266 |
| 9OR4 Crystal structure of SARS-CoV2 PLpro in complex with a covalent inhibitor 提交 2025-05-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1565–1879（315 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1CEE (2S)-3-amino-2-{1-[(1R)-1-(7-ethoxynaphthalen-1-yl)ethyl]piperidin-4-yl}-N-(2-oxo-2-{[(2Z)-4,4,4-trifluorobut-2-en-1-yl]amino}ethyl)propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-32% PEG 3350, 0.1-0.38M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.5
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.266 |
| 9P0F Crystal Structure of the C-terminal Cytoplasmic Domain of nsp4 from SARS-CoV-2 提交 2025-06-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
3173–3263（91 aa）
链 B
3173–3263（91 aa）
链 C
3173–3263（91 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；Protein: 2.8 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3;
Screen: ComPAS (H8), 0.2M Sodium acetate, 0.1M MES (pH 6.5), 2.0M Sodium chloride;
Cryo: 4.0M Sodium formate.
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.259 |
| 9PFH Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro Mutant P132H with C5a 提交 2025-07-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
片段：UNP residues 3264-3569
链 B
3264–3569（306 aa）
片段：UNP residues 3264-3569
|
未记录 | WZK N-[(4-chlorothiophen-2-yl)methyl]-N-[4-(dimethylamino)phenyl]-2-(5-hydroxyisoquinolin-4-yl)acetamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；296 K；0.1 M Tris, pH 8, 15% PEG8000, 10% ethylene glycol
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.283 |
| 9PFI Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro Mutant P132H 提交 2025-07-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
片段：UNP residues 3264-3569
链 B
3264–3569（306 aa）
片段：UNP residues 3264-3569
|
突变：P132H 突变：P132H | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；0.1 M Tris, pH 8, 15% PEG8000, 10% ethylene glycol
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.237 |
| 9RHS Structure of 3CL protease with a bound inhibitor 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JF7 ~{N}-(4-bromanyl-3-nitro-phenyl)-2-(1,2,3-triazol-1-yl)ethanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.248 |
| 9RHT Structure of 3CL protease with a bound inhibitor 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JF8 ~{N}-(5-cyclopentyl-1~{H}-pyrazol-3-yl)-4-fluoranyl-2-nitro-benzamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.226 |
| 9RHX SARS-CoV-2 main protease with a bound inhibitor 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGE 2-pyridin-3-ylquinazoline × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.223 |
| 9RI0 SARS-CoV-2 3CL protease with a bound inhibitor 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGF [1-[[5-chloranyl-1-(phenylmethyl)benzimidazol-2-yl]methyl]-1,2,4-triazol-3-yl]methanamine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.198 |
| 9RI1 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGD (4~{R})-~{N}-(3,4-dipropoxyphenyl)-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-quinoline-4-carboxamide × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 BR BROMIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.180 |
| 9RI3 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGG [1-(2-methylsulfanyl-[1,3]thiazolo[4,5-d]pyrimidin-7-yl)-1,2,4-triazol-3-yl]methanimine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.238 |
| 9RI4 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGC 2-azanyl-~{N}-[(1~{R},2~{S})-2-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)cyclopropyl]-6-nitro-benzamide × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.257 |
| 9RI5 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGB ~{N}-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-yl)-2-pyridin-3-yl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)ethanamide × 2 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.231 |
| 9RI8 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGH 4-(azetidin-1-yl)-2-isoquinolin-4-yl-thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.250 |
| 9RID SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-11 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGI (2~{R})-2-[2-(benzotriazol-1-yl)ethanoyl-methyl-amino]-2-(3-fluorophenyl)ethanamide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.262 |
| 9RIX SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGK (4~{R})-~{N}-[2-(1-benzothiophen-3-yl)ethyl]-7-fluoranyl-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-quinoline-4-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.257 |
| 9RIY SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGM [6-(4-iodanylphenoxy)pyrimidin-4-yl]methanimine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.258 |
| 9RIZ SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGN (4~{R})-~{N}-(3-cyclopropylphenyl)-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-1,8-naphthyridine-4-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.228 |
| 9RJ0 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGO 1-(benzimidazol-1-yl)-3-[(4~{S})-6-fluoranyl-3,4-dihydro-2~{H}-thiochromen-4-yl]urea × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.242 |
| 9RJ3 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGP (2~{R})-1-[3-(aminomethyl)-1,2,4-triazol-1-yl]-3-[2,5-bis(chloranyl)phenoxy]propan-2-ol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.224 |
| 9RJ5 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGR 1-(2-cyclohexylethyl)-3-cyclopropyl-1-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)methyl]urea × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.176 |
| 9RJ7 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGS 4-fluoranyl-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)-2,3-dihydroindole-1-carboxamide × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.252 |
| 9RJ8 SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGT 4-fluoranyl-~{N}-(3-phenoxypropyl)-~{N}-(1,2-thiazol-5-ylmethyl)-2,3-dihydroindole-1-carboxamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.217 |
| 9RJF SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGU 3-(5-bromanylpyridin-3-yl)-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]imidazolidine-2,4-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.271 |
| 9RJR SARS-CoV-2 with a bound inhibitor 提交 2025-06-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JGV 1-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-3-(5-bromanylpyridin-3-yl)imidazolidine-2,4-dione × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30mM sodium nitrate, 30mM disodium hydrogen phosphate, 30mM ammonium sulfate, 100mM MES-imidazole pH 6.5, 20%(w/v) PEG 550 MME, 10%(w/v) PEG 20K (Morpheus condition C1)
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.229 |
| 9RME Hybrid NMR/Xray structure of SARS-CoV2 macrodomain (nsp3b) in complex with the sulfamoyl derivative of GS-441524 提交 2025-06-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1025–1194（170 aa）
|
未记录 | A1JHT [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanylpyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl)-5-cyano-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）180；压力 atmospheric
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SARS-CoV2 nsp3 macrodomain (nsp3b), 1.1 mM sulfamoyl-GS441524, 25 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 3 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9SDM Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease (MPro) in complex with the covalently bound inhibitor GUE-4303 (compound 12 in publication) 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1JNF N-[(2S)-1-[[(2S)-1-[2-[(3-chlorophenyl)methyl]-2-ethanoyl-hydrazinyl]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-3,3-dimethyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]thiophene-2-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CO3 CARBONATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.7；295 K；23.5% PEG1500, 0.1M MIB (sodium malonate, imidazole and boric acid) pH 7.7, 5% DMSO, 1mM DTT, 0.25 mM EDTA
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.231 |
| 9UCN Monomer of SARS-CoV-2 nsp4CTD 提交 2025-04-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3171–3263（93 aa）
片段：Nsp4C,CTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.8 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, at pH 4.6.
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.236 |
| 9UCN Monomer of SARS-CoV-2 nsp4CTD 提交 2025-04-04 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3171–3263（93 aa）
片段：Nsp4C,CTD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.8 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, at pH 4.6.
|
分辨率 1.44 Å R-free 0.236 |
| 9UOQ Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease (3CLpro) in complex with compound 8 提交 2025-04-26 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1EPZ (2~{S})-2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-2-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethanoylamino]butanoyl]amino]-4-methyl-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]pentanamide × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2-8% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.0-7.25, 3% DMSO
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.258 |
| 9VS1 Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL protease in complex with compound 15 提交 2025-07-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3264–3569（306 aa）
链 B
3264–3569（306 aa）
|
未记录 | A1MA2 4-chloranyl-3-[6-methyl-3-[(1-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)methyl]-2,4,5-tris(oxidanylidene)-1-[[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl]benzenecarbonitrile × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05M Calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.223 |