当前蛋白身份：P13543
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B7T MYOSIN DIGESTED BY PAPAIN 提交 1999-01-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
2–157（156 aa）
片段：PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 8；pH 8.0
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分辨率 2.50 Å R-free 0.297 |
| 1DFK NUCLEOTIDE-FREE SCALLOP MYOSIN S1-NEAR RIGOR STATE 提交 1999-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
13–151（139 aa）
片段：REGULATORY LIGHT CHAIN
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG8000, ammonium sulfate, cacodylate, glycerol , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.410 |
| 1DFL SCALLOP MYOSIN S1 COMPLEXED WITH MGADP:VANADATE-TRANSITION STATE 提交 1999-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
13–151（139 aa）
片段：REGULATORY LIGHT CHAIN
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 VO4 VANADATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.400 |
| 1DFL SCALLOP MYOSIN S1 COMPLEXED WITH MGADP:VANADATE-TRANSITION STATE 提交 1999-11-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 W
13–151（139 aa）
片段：REGULATORY LIGHT CHAIN
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 VO4 VANADATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 8000, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.400 |
| 1KK7 SCALLOP MYOSIN IN THE NEAR RIGOR CONFORMATION 提交 2001-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–156（156 aa）
片段：REGULATORY LIGHT CHAIN
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；277 K；PEG 5000, ammonium sulphate, MgCl2, gycerol, cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.20 Å R-free 0.313 |
| 1KK8 SCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION 提交 2001-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
13–151（139 aa）
片段：MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 2.30 Å R-free 0.269 |
| 1KQM SCALLOP MYOSIN S1-AMPPNP IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION 提交 2002-01-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–156（156 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, AMPPNP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.00 Å R-free 0.316 |
| 1KWO SCALLOP MYOSIN S1-ATPgammaS-p-PDM IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION 提交 2002-01-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–156（156 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 PDM 4-[4-(2,5-DIOXO-PYRROLIDIN-1-YL)-PHENYLAMINO]-4-HYDROXY-BUTYRIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ATPgammaS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.80 Å R-free 0.328 |
| 1L2O SCALLOP MYOSIN S1-ADP-p-PDM IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION 提交 2002-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–156（156 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 PDM 4-[4-(2,5-DIOXO-PYRROLIDIN-1-YL)-PHENYLAMINO]-4-HYDROXY-BUTYRIC ACID × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ATPgammaS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.327 |
| 1QVI Crystal structure of scallop myosin S1 in the pre-power stroke state to 2.6 Angstrom resolution: flexibility and function in the head 提交 2003-08-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–156（156 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 VO4 VANADATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；MES, MgCl2, ADP, Na3VO4, polyethylene glycol 8K, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.54 Å R-free 0.266 |
| 1S5G Structure of Scallop myosin S1 reveals a novel nucleotide conformation 提交 2004-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
1–156（156 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG 8000, magnesium chloride, ADP, Glycerol, MES, TMAO, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.269 |
| 1SCM STRUCTURE OF THE REGULATORY DOMAIN OF SCALLOP MYOSIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
12–156（145 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1SR6 Structure of nucleotide-free scallop myosin S1 提交 2004-03-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–156（156 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；6% PEG 8000, 50mM ammonium sulfate, 8% glycerol, 10mM magnesium chloride, 50mM sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
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分辨率 2.75 Å R-free 0.286 |
| 1WDC SCALLOP MYOSIN REGULATORY DOMAIN 提交 1996-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–156（156 aa）
片段：PROTEOLYTIC FRAGMENT, REGULATORY DOMAIN
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.0
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分辨率 2.00 Å R-free 0.281 |
| 2W4T ISOMETRICALLY CONTRACTING INSECT ASYNCHRONOUS FLIGHT MUSCLE 提交 2008-12-02 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 Y
16–151（136 aa）
片段：RESIDUES 16-151
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR MILLIMOLAR CONCENTRATIONS；20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR MILLIMOLAR CONCENTRATIONS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 HELIUM
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分辨率 35.00 Å |
| 2W4V Isometrically contracting insect asynchronous flight muscle quick frozen after a quick release step 提交 2008-12-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
16–151（136 aa）
片段：RESIDUES 16-151
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS；20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 HELIUM；SMASH AGAINST A LIQUID HELIUM COOLED GOLD COATED COPPER MIRROR
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分辨率 35.00 Å |
| 2W4W Isometrically contracting insect asynchronous flight muscle quick frozen after a quick stretch step 提交 2008-12-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 Y
16–151（136 aa）
片段：RESIDUES 16-151
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS；20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 HELIUM；SMASH AGAINST A LIQUID HELIUM COOLED GOLD COATED COPPER MIRROR
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分辨率 35.00 Å |
| 3JTD Calcium-free Scallop Myosin Regulatory Domain with ELC-D19A Point Mutation 提交 2009-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–157（156 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；100 mM bicine pH 8.3, 45 mM ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 2.5 mM EGTA, 3.0 mM sodium azide, 15% (wt/vol) PEG 4000, 4% (vol/vol) PEG 200, 6% (wt/vol) 2,3-butanediol, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.57 Å R-free 0.248 |
| 3JVT Calcium-bound Scallop Myosin Regulatory Domain (Lever Arm) with Reconstituted Complete Light Chains 提交 2009-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–157（156 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；150 mM HEPES pH 7.0, 50 mM Ammonium Sulfate, 0.5 mM Calcium Chloride, 5 mM Magnesium Chloride, 5 mM Sodium Azide, 16.5% (wt/vol) PEG 4000 combined with equal volume of 16.9 mg/ml protein in 5 mM HEPES pH 7, 20 mM NaCl, 2 mM Magnesium Chloride, 0.2 mM Calcium Chloride, 0.1 mM EGTA, 3.0 mM Sodium Azide, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
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分辨率 2.10 Å R-free 0.231 |