当前蛋白身份：P41895
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
|
分辨率 4.35 Å |
| 5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
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分辨率 8.80 Å |
| 5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
突变：;Residues indicated as UNK are of uncertain amino acid register and may deviate from the given register by few amino acids. For details about modelling of the subunits refer to the associated publication. Residues indicated as UNK with the chain identifier Z are part of an assembly between the clutch domains of Tfb2 and Ssl2 but could not be assigned to any of the two proteins with confidence since domain swapping/beta-strand exchange may occur. To account for this uncertainty, a theoretical chain Z was introduced for this residue range but not assigned to any of the PIC components. Submission based on experimental data from EMDB EMD-3846. ; | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
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分辨率 4.70 Å |
| 5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–403（403 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
|
分辨率 5.80 Å |
| 5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.30 Å |
| 6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.70 Å |
| 7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KoAc
5 mM DTT
2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KoAc
5 mM DTT
2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ML1 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 P
1–735（735 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 P
1–735（735 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 AP
1–735（735 aa）
链 BP
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 Q
1–735（735 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6
50 mM KOAc
5 mM DTT
2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |