当前蛋白身份:P53927 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
3JCT Cryo-em structure of eukaryotic pre-60S ribosomal subunits 提交 2016-03-09 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 C 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 D 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
链 B 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5T9P Structural analysis reveals the flexible C-terminus of Nop15 undergoes rearrangement to recognize a pre-ribosomal RNA folding intermediate 提交 2016-09-09 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 C 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
链 D 81–191(111 aa) 片段:residues 81-191
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;295 K;18% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, pH 5.25 and 9% (v/v) Jeffamine 600
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5Z3G Cryo-EM structure of a nucleolar pre-60S ribosome (Rpf1-TAP) 提交 2018-01-06 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 32 PDB 声明:35-meric(35) 与全部聚合物一致
链 E 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot for 1-3 seconds before plunging
分辨率 3.65 Å
6C0F Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 2) 提交 2017-12-29 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 40 PDB 声明:43-meric(43) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6CB1 Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 3) 提交 2018-02-01 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 37 PDB 声明:40-meric(40) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6ELZ State E (TAP-Flag-Ytm1 E80A) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-09-30 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 51 PDB 声明:54-meric(54) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6EM1 State C (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 40 PDB 声明:43-meric(43) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EM3 State A architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:33-meric(33) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6EM4 State B architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 34 PDB 声明:37-meric(37) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6EM5 State D architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:57-meric(57) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6M62 Cryo-Em structure of eukaryotic pre-60S ribosome subunit from Saccharomyces cerevisiae rpf2 delta 255-344 strain, C4 state. 提交 2020-03-12 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6YLX pre-60S State NE1 (TAP-Flag-Nop53) 提交 2020-04-07 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 44 PDB 声明:47-meric(47) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6YLY pre-60S State NE2 (TAP-Flag-Nop53) 提交 2020-04-07 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:49-meric(49) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BTB Cryo-EM structure of pre-60S ribosome from Saccharomyces cerevisiae rpl4delta63-87 strain at 3.22 Angstroms resolution(state R2) 提交 2020-04-01 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:53-meric(53) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
7NAC State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-21 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:58-meric(58) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
7OHP Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL25 expression shut down, population A 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 31 PDB 声明:34-meric(34) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7OHQ Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population C from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7OHR Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population E from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric(51) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.72 Å
7OHS Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population F from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 37 PDB 声明:40-meric(40) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
7OHV Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL2 expression shut down, population C 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 43 PDB 声明:46-meric(46) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7OHW Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL25 expression shut down, population B 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 37 PDB 声明:40-meric(40) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7OHX Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL34 expression shut down, population A 提交 2021-05-11 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 34 PDB 声明:37-meric(37) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7R6Q State E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot region model 提交 2021-06-23 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
7R7A State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-24 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:57-meric(57) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
7U0H State NE1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Overall model 提交 2022-02-18 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:49-meric(49) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
7UOO Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state 提交 2022-04-13 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:60-meric(60) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.34 Å
7UQB Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a SPB1-D52A strain with AlF4 提交 2022-04-19 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:60-meric(60) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.43 Å
7UQZ Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a SPB1 D52A strain 提交 2022-04-20 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:60-meric(60) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
7V08 Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a Spb1 D52A suppressor 3 strain 提交 2022-05-10 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:60-meric(60) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 81 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ZN ZINC ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.36 Å
8E5T Yeast co-transcriptional Noc1-Noc2 RNP assembly checkpoint intermediate 提交 2022-08-22 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 25 PDB 声明:28-meric(28) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 33 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8V83 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 pre-catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 45 PDB 声明:48-meric(48) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
8V84 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:49-meric(49) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8V87 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 post-catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物一致
链 o 1–220(220 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å