当前蛋白身份：Q06609
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1B22 RAD51 (N-TERMINAL DOMAIN) 提交 1998-12-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–114（114 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NACL；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 1N0W Crystal structure of a RAD51-BRCA2 BRC repeat complex 提交 2002-10-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
97–339（243 aa）
片段：ATPase domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；ETHYLENE GLYCOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.206 |
| 5H1B Human RAD51 presynaptic complex 提交 2016-10-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
|
突变：K313Q 突变：K313Q 突变：K313Q | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 5H1C Human RAD51 post-synaptic complexes 提交 2016-10-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5JZC helical filament 提交 2016-05-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
|
分辨率 4.20 Å |
| 5NP7 CryoEM structure of Human Rad51 on single-stranded DNA to 4.2A resolution. 提交 2017-04-13 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 4.20 Å |
| 5NWL Crystal structure of a human RAD51-ATP filament. 提交 2017-05-06 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH 5.2
MPD
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.317 |
| 5NWL Crystal structure of a human RAD51-ATP filament. 提交 2017-05-06 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 MES pH 5.2
MPD
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.317 |
| 7C9A Human RAD51 post-synaptic complexes mutant (V273P, D274G) 提交 2020-06-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
|
突变：V273P, D274G 突变：V273P, D274G 突变：V273P, D274G | CA CALCIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM Tris-HCl, pH 7.5, 50 mM KCl and 1 mM dithiothreitol) containing 2 mM AMP-PNP and 5 mM CaCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 1 sec at 22 degree C with 100% relative humidity and plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher).
|
分辨率 3.43 Å |
| 7EJC human RAD51 presynaptic complex 提交 2021-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 J46 4-bromanyl-N-(4-bromophenyl)-3-[(phenylmethyl)sulfamoyl]benzamide × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 7EJE human RAD51 post-synaptic complex 提交 2021-04-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.98 Å |
| 8BQ2 CryoEM structure of the pre-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+ 提交 2022-11-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 CA CALCIUM ION × 18 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8BR2 CryoEM structure of the post-synaptic RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ATP and Ca2+ 提交 2022-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 12 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8BSC CryoEM structure of the RAD51 nucleoprotein filament in the presence of ADP and Ca2+ 提交 2022-11-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8GYK CryoEM structure of the RAD51_ADP filament 提交 2022-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 8JND The cryo-EM structure of the nonameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
链 O
1–339（339 aa）
链 P
1–339（339 aa）
链 Q
1–339（339 aa）
链 R
1–339（339 aa）
链 S
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å |
| 8JNE The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome without the linker DNA binding 提交 2023-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
链 O
1–339（339 aa）
链 P
1–339（339 aa）
链 Q
1–339（339 aa）
链 R
1–339（339 aa）
链 S
1–339（339 aa）
链 T
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.68 Å |
| 8JNF The cryo-EM structure of the RAD51 filament bound to the nucleosome 提交 2023-06-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
链 O
1–339（339 aa）
链 P
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.91 Å |
| 8PBC RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 CA CALCIUM ION × 22 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 8PBD RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 CA CALCIUM ION × 20 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 8R64 Cryo-EM structure of the FIGNL1 AAA hexamer bound to RAD51 提交 2023-11-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8RCD RAD51 nucleoprotein filament on abasic single-stranded DNA 提交 2023-12-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 CA CALCIUM ION × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8RCF RAD51 nucleoprotein filament on double-stranded abasic DNA 提交 2023-12-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 16 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8UVW Crystal structure of RAD51-BRCA2 Cter complex 提交 2023-11-05 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
85–339（255 aa）
链 D
97–339（243 aa）
|
突变：C319S 突变：S208E,A209D,C3287A,C3304A,C391S | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% v/v 1,4-Dioxane
0.05 M MOPS pH 7.0
0.005 M Magnesium chloride hexahydrate
0.001 M Spermine
|
分辨率 2.73 Å R-free 0.282 |
| 8XBT The cryo-EM structure of the octameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
链 O
1–339（339 aa）
链 P
1–339（339 aa）
链 Q
1–339（339 aa）
链 R
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å |
| 8XBU The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to the nucleosome with the linker DNA binding 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
链 O
1–339（339 aa）
链 P
1–339（339 aa）
链 Q
1–339（339 aa）
链 R
1–339（339 aa）
链 S
1–339（339 aa）
链 T
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.24 Å |
| 8XBV The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the sticky end of the nucleosome 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.61 Å |
| 8XBW The cryo-EM structure of the RAD51 N-terminal lobe domain bound to the histone H4 tail of the nucleosome 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8XBX The cryo-EM structure of the RAD51 L2 loop bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 8XBY The cryo-EM structure of the RAD51 L1 and L2 loops bound to the linker DNA with the blunt end of the nucleosome 提交 2023-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 9I62 CryoEM structure of a RAD51 D-loop 提交 2025-01-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 18 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å |
| 9OMY Cryo-EM structure of an octameric RAD51-XRCC3-RAD51C (RAD51-X3C) complex 提交 2025-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9OMZ Cryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (51-X3CDX2) complex. 提交 2025-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–339（339 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.51 Å |
| 9Q23 DX2-CX3-RAD51 structure in the intermediate state 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 9Q25 DX2-CX3-RAD51 in the closed state 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 9Q28 DX2-CX3-RAD51 in the active state 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 9Q29 DX2-CX3 structure capping RAD51 filament 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 13 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9Q2A BCDX2-CX3-RAD51-RAD51-ssDNA supercomplex 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.67 Å |
| 9Q2B DX2-CX3-RAD51 bound to DNA bubble 提交 2025-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9QN8 RAD51 filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus 提交 2025-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 CA CALCIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9QNA RAD51 filament in complex with magnesium and ATP 提交 2025-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 9QNB RAD51 filament in complex with magnesium and ADP 提交 2025-03-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 K POTASSIUM ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 9QNC RAD51 filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD51AP1 C-terminus 提交 2025-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9SRZ RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus 提交 2025-09-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9SSL RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (peptide) 提交 2025-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9SVX XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on single stranded DNA 提交 2025-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 CA CALCIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9SVY XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on partially duplex DNA 提交 2025-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9SW0 XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (XRCC3 complex) capping a RAD51 filament on a D-loop intermediate 提交 2025-10-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
链 G
1–339（339 aa）
链 H
1–339（339 aa）
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 CA CALCIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 1 mM ATP, 0.25 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9TRL RAD51-ssDNA filament in complex with magnesium and ATP bound by the RAD54B N-terminus (beta-barrel) 提交 2025-12-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–339（339 aa）
链 B
1–339（339 aa）
链 C
1–339（339 aa）
链 D
1–339（339 aa）
链 E
1–339（339 aa）
链 F
1–339（339 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9TRM RAD51-dsDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54B N-terminus 提交 2025-12-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9TYY RAD51-ssDNA filament in complex with calcium and ATP bound by the RAD54 N-terminus 提交 2026-01-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–339（339 aa）
链 J
1–339（339 aa）
链 K
1–339（339 aa）
链 L
1–339（339 aa）
链 M
1–339（339 aa）
链 N
1–339（339 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 CA CALCIUM ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9ZZR Cryo-EM Structure of a RAD51 filament bound by ssDNA and the XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 paralog complex 提交 2026-01-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 E
22–338（317 aa）
链 F
24–337（314 aa）
链 K
22–338（317 aa）
链 O
22–338（317 aa）
链 R
22–337（316 aa）
链 V
22–337（316 aa）
链 W
22–338（317 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 11 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |