当前蛋白身份：Q14562
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2EQS Solution structure of the S1 RNA binding domain of human ATP-dependent RNA helicase DHX8 提交 2007-03-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
260–355（96 aa）
片段：S1 domain
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
0.7mM 13C/15N-protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 3I4U Crystal Structure Analysis of a helicase associated domain 提交 2009-07-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
950–1183（234 aa）
片段：UNP residues 950-1183
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未记录 | BR BROMIDE ION × 6 GOL GLYCEROL × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2uL drop (1:1); 1.7M (NH4)2SO4, 0.1M Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.10 Å R-free 0.245 |
| 5MQF Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing (C* complex) 提交 2016-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric（41） 与蛋白数一致 |
链 q
1–1220（1220 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.90 Å |
| 5XJC Cryo-EM structure of the human spliceosome just prior to exon ligation at 3.6 angstrom 提交 2017-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–1220（1220 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.60 Å |
| 6HYS Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO
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分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6HYS Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6HYS Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6HYS Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.214 |
| 6HYT Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6%DMSO
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分辨率 2.33 Å R-free 0.222 |
| 6HYT Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 7 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6%DMSO
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.222 |
| 6HYT Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
548–1220（673 aa）
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6%DMSO
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.222 |
| 6HYT Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.3 Angstrom 提交 2018-10-22 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
548–1220（673 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6%DMSO
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.222 |
| 6HYU Crystal structure of DHX8 helicase bound to single stranded poly-adenine RNA 提交 2018-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 A
548–1220（673 aa）
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未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6% DMSO
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.289 |
| 6HYU Crystal structure of DHX8 helicase bound to single stranded poly-adenine RNA 提交 2018-10-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 C
548–1220（673 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium Acetate, 6% DMSO
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.289 |
| 6ICZ Cryo-EM structure of a human post-catalytic spliceosome (P complex) at 3.0 angstrom 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–1220（1220 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |
| 6QDV Human post-catalytic P complex spliceosome 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–1220（1220 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.
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分辨率 3.30 Å |
| 7W59 The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–1220（1220 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5A The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–1220（1220 aa）
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未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5B The cryo-EM structure of human C* complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 Y
1–1220（1220 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8C6J Human spliceosomal PM5 C* complex 提交 2023-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–1220（1220 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 9FMD Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) 提交 2024-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–1220（1220 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |