1a02

STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS

Homo sapiens

UniProt Q13469

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 N; UniProt 396–678 未记录 ;DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3') ; × 1 AP-1 FRAGMENT FOS × 1 (P01100) AP-1 FRAGMENT JUN × 1 (P05412) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED IN 300-400 MM AMMONIUM ACETATE SALT, PH 7.5 (10 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.70 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFAC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 19–301; UniProt 396–678

AP-1 FRAGMENT FOS

Homo sapiens

UniProt P01100

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 138–193 片段:FOS 突变:C154S ;DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3') ; × 1 NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS × 1 (Q13469) AP-1 FRAGMENT JUN × 1 (P05412) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED IN 300-400 MM AMMONIUM ACETATE SALT, PH 7.5 (10 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.70 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FOS_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–56; UniProt 138–193

AP-1 FRAGMENT JUN

Homo sapiens

UniProt P05412

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 J; UniProt 253–308 片段:JUN 突变:C279S ;DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DC)-3') ; × 1 NUCLEAR FACTOR OF ACTIVATED T CELLS × 1 (Q13469) AP-1 FRAGMENT FOS × 1 (P01100) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED IN 300-400 MM AMMONIUM ACETATE SALT, PH 7.5 (10 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.70 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–56; UniProt 253–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a02

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a02
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a02
沉积日期 deposition_date1997-12-08
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA
关键词 keywords;TRANSCRIPTION FACTOR, NFAT, NF-AT, AP-1, FOS-JUN, QUATERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION SYNERGY, COMBINATORIAL GENE REGULATION, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.98
零角强度 I(0) i069842100.00
分子量 molecular_weight56004.0 kDa
排除体积 excluded_volume66281 ų
包络体积 envelope_volume88672 ų
水化壳体积 shell_volume29290 ų
包络直径 envelope_diameter96.8
壳层 Rg shell_rg32.44
包络 Rg envelope_rg26.00
形状 Rg shape_rg25.92
总 Rg total_rg26.76
总原子数 total_atoms3886
残基数 n_residues425
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.4
Rg (实空间) rg_real26.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real6.9840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8709
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.227
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10030000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1a02f_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd1a02j_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family familyh.1.3.1 — Leucine zipper domain
结构域编号 domain_idd1a02n1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1a02n2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1a02F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id1a02J00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily170
结构域编号 domain_id1a02N01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1a02N02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)