CYCLOPHILIN A
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
| 2 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 C； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
| 3 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 E； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
| 4 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 D； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
| 5 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
| 6 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 F； UniProt 1–164 | 突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.4；pH 8.4 | 分辨率 2.55 Å R-free 0.465 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1AWT | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AK4 HUMAN CYCLOPHILIN A BOUND TO THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID 提交 1997-05-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；THE PROTEIN SOLUTION WAS 0.25 MM CYPA AND 0.25 MM CA(151) IN 10 MM TRISHCL (PH 8.0) AND 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL. THE RESERVOIR SOLUTION WAS 1ML OF 1.0 M LICL, 0.1 M BICINE (PH 7.0), AND 22% POLYETHYLENE GLYCOL 8000. THE INITIAL DROP WAS 6 MICROL OF A 1:1 MIX OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.306 |
| 1AK4 HUMAN CYCLOPHILIN A BOUND TO THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID 提交 1997-05-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；THE PROTEIN SOLUTION WAS 0.25 MM CYPA AND 0.25 MM CA(151) IN 10 MM TRISHCL (PH 8.0) AND 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL. THE RESERVOIR SOLUTION WAS 1ML OF 1.0 M LICL, 0.1 M BICINE (PH 7.0), AND 22% POLYETHYLENE GLYCOL 8000. THE INITIAL DROP WAS 6 MICROL OF A 1:1 MIX OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.306 |
| 1AWQ CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA (PSEUDO-SYMMETRIC MONOMER) 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.433 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWR CYPA COMPLEXED WITH HAGPIA 提交 1997-10-04 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.461 |
| 1AWS SECYPA COMPLEXED WITH HAGPIA (PSEUDO-SYMMETRIC MONOMER) 提交 1997-10-04 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.337 |
| 1AWU CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA (PSEUDO-SYMMETRIC MONOMER) 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.351 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1AWV CYPA COMPLEXED WITH HVGPIA 提交 1997-10-05 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.4；pH 8.4
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.460 |
| 1BCK HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-THR CYCLOSPORIN 提交 1998-04-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；PH 8.0
|
分辨率 1.80 Å |
| 1CWF HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-VAL CYCLOSPORIN 提交 1998-04-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.86 Å |
| 1CWH HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 3-D-SER CYCLOSPORIN 提交 1998-05-07 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；PH 8.0
|
分辨率 1.86 Å |
| 1CWI HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-VAL 3-(N-METHYL)-D-ALANINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-25 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；PH 8.0
|
分辨率 1.90 Å |
| 1CWM HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 4 MEILE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；PH 8.0
|
分辨率 2.00 Å |
| 1CWO HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH THR2, LEU5, D-HIV8, LEU10 CYCLOSPORIN 提交 1998-06-05 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.2；PH 8.2
|
分辨率 1.86 Å |
| 1FGL Cyclophilin A complexed with a fragment of HIV-1 GAG protein 提交 1996-11-18 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.256 |
| 1M63 Crystal structure of calcineurin-cyclophilin-cyclosporin shows common but distinct recognition of immunophilin-drug complexes 提交 2002-07-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 C
0–164（165 aa）
链 G
0–164（165 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FE FE (III) ION × 2 CA CALCIUM ION × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA CACODYLATE, 0.2 M MGCL2, 13% PEG8000, 2.5% ETHANOL, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.322 |
| 1M9C X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 1M9C X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.259 |
| 1M9D X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) O-type chimera Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 1M9D X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) O-type chimera Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 1M9E X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A Complex. 提交 2002-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–163（163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.226 |
| 1M9E X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A Complex. 提交 2002-07-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–163（163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.226 |
| 1M9F X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.220 |
| 1M9F X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M Complex. 提交 2002-07-28 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.220 |
| 1M9X X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 1M9X X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 1M9X X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 1M9X X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,A88M,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.230 |
| 1M9Y X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 1M9Y X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 1M9Y X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 1M9Y X-ray crystal structure of Cyclophilin A/HIV-1 CA N-terminal domain (1-146) M-type H87A,G89A Complex. 提交 2002-07-30 | 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 8K, Bicine, LiCl, Tris, Beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 1MF8 Crystal Structure of human calcineurin complexed with cyclosporin A and human cyclophilin 提交 2002-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
0–164（165 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.6；12% PEG 4000, 5MM POTASSIUM PHOSPHATE, 75MM SODIUM CITRATE, 15% GLYCEROL, 5MM TRIS, PH 4.6, MICROBATCH, TEMPERATURE 292K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.300 |
| 1NMK The Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synthetic Macrocyclic Analogues, X-ray Crystal Structure and Binding Data 提交 2003-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
0–164（165 aa）
|
未记录 | SFM (13E,15E)-(3S,6S,9R,10R,11S,12S,18S,21S)-10,12-DIHYDROXY-3-(3-HYDROXYBEN-ZYL)-18-((E)-3-HYDROXY-1-METHYLPROPENYL)-6-ISOPROPYL-11-METHYL-9-(3-OXO-BUTYL)-19-OXA-1,4,7,25-TETRAAZA-BICYCLO[19.3.1]PENTACOSA-13,15-DIENE-2,5,8,20-TETRAONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 6000, tris-HCl, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.189 |
| 1NMK The Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synthetic Macrocyclic Analogues, X-ray Crystal Structure and Binding Data 提交 2003-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
0–164（165 aa）
|
未记录 | SFM (13E,15E)-(3S,6S,9R,10R,11S,12S,18S,21S)-10,12-DIHYDROXY-3-(3-HYDROXYBEN-ZYL)-18-((E)-3-HYDROXY-1-METHYLPROPENYL)-6-ISOPROPYL-11-METHYL-9-(3-OXO-BUTYL)-19-OXA-1,4,7,25-TETRAAZA-BICYCLO[19.3.1]PENTACOSA-13,15-DIENE-2,5,8,20-TETRAONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 6000, tris-HCl, NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.189 |
| 1OCA HUMAN CYCLOPHILIN A, UNLIGATED, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-07-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；299 K
|
分辨率未提供 |
| 1W8L Enzymatic and structural characterization of non peptide ligand cyclophilin complexes 提交 2004-09-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 1P3 (3R)-1-ACETYL-3-METHYLPIPERIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；100MM TRIS.HCL (PH 8.0), 22% (W/V) PEG 8000, 5% (V/V) DMSO, 0.02% NAN3.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.230 |
| 1W8M Enzymatic and Structural Characterisation of Non Peptide Ligand Cyclophilin Complexes 提交 2004-09-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | E1P ETHYL OXO(PIPERIDIN-1-YL)ACETATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；100MM TRIS.HCL (PH 8.0), 22% (W/V) PEG 8000, 5% (V/V) DMSO, 0.02% NAN3.
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.186 |
| 1W8V Enzymatic and structural characterization of non peptide ligand cyclophilin complexes 提交 2004-09-28 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；14 MG/ML IN HEPES 20MM, NACL 100 MM AND NAN3 0.02 % (W/V). CRYSTALS OF HCYPA WERE GROWN BY VAPOUR DIFFUSION AT 17C BY THE HANGING DROP METHOD IN 100MM TRIS.HCL (PH 8.0), 22% (W/V) PEG 8000, 5% (V/V) DMSO, 0.02% NAN3.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.219 |
| 1YND Structure of human cyclophilin A in complex with the novel immunosuppressant sanglifehrin A at 1.6A resolution 提交 2005-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
0–164（165 aa）
|
未记录 | SFA SANGLIFEHRIN A × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Mg acetate, Na cacodylate, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.185 |
| 1YND Structure of human cyclophilin A in complex with the novel immunosuppressant sanglifehrin A at 1.6A resolution 提交 2005-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
0–164（165 aa）
|
未记录 | SFA SANGLIFEHRIN A × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Mg acetate, Na cacodylate, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.185 |
| 1ZKF Cyrstal Structure of Human Cyclophilin-A in Complex with suc-AGPF-pNA 提交 2005-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；298 K；Ammonium Sulfate, Tris-HCL, Sodium Azide, Dimethyl Sulfoxide, Glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.210 |
| 1ZKF Cyrstal Structure of Human Cyclophilin-A in Complex with suc-AGPF-pNA 提交 2005-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；298 K；Ammonium Sulfate, Tris-HCL, Sodium Azide, Dimethyl Sulfoxide, Glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.210 |
| 2ALF crystal structure of human CypA mutant K131A 提交 2005-08-05 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：K131A | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；277 K；Tris Hydrochloride, Polyethylene Glycol 8000, magnesium chloride, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 2CPL SIMILARITIES AND DIFFERENCES BETWEEN HUMAN CYCLOPHILIN A AND OTHER BETA-BARREL STRUCTURES. STRUCTURAL REFINEMENT AT 1.63 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-06-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.63 Å |
| 2MS4 Cyclophilin a complexed with a fragment of crk-ii 提交 2014-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.8；305 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成
0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MZU Extending the eNOE data set of large proteins by evaluation of NOEs with unresolved diagonals 提交 2015-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；299 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成
1.5mm mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N0T Structural ensemble of the enzyme cyclophilin reveals an orchestrated mode of action at atomic resolution 提交 2015-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；26 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient
NMR样品组成
1.8 mM [U-100% 15N] sodium phosphate, 97% H2O/3% D2O | 97% H2O/3% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2RMA Crystal structures of cyclophilin A complexed with cyclosporin A and N-methyl-4-[(E)-2-butenyl]-4,4-dimethylthreonine cyclosporin A 提交 1994-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–164（164 aa）
链 C
1–164（164 aa）
链 E
1–164（164 aa）
链 G
1–164（164 aa）
链 I
1–164（164 aa）
链 K
1–164（164 aa）
链 M
1–164（164 aa）
链 O
1–164（164 aa）
链 Q
1–164（164 aa）
链 S
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 2RMB Crystal structures of cyclophilin A complexed with cyclosporin A and N-methyl-4-[(E)-2-butenyl]-4,4-dimethylthreonine cyclosporin A 提交 1994-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–164（164 aa）
链 C
1–164（164 aa）
链 E
1–164（164 aa）
链 G
1–164（164 aa）
链 I
1–164（164 aa）
链 K
1–164（164 aa）
链 M
1–164（164 aa）
链 O
1–164（164 aa）
链 Q
1–164（164 aa）
链 S
1–164（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 2X25 Free acetyl-CypA orthorhombic form 提交 2010-01-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–165（164 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.20 Å R-free 0.156 |
| 2X2A Free acetyl-CypA trigonal form 提交 2010-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
链 B
1–165（165 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.40 Å R-free 0.161 |
| 2X2C acetyl-CypA:cyclosporine complex 提交 2010-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric |
链 K
1–165（165 aa）
链 M
1–165（165 aa）
链 O
1–165（165 aa）
链 Q
1–165（165 aa）
链 S
1–165（165 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.41 Å R-free 0.264 |
| 2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.257 |
| 2XGY Complex of Rabbit Endogenous Lentivirus (RELIK)Capsid with Cyclophilin A 提交 2010-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；16-26% PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.187 |
| 3K0M Cryogenic structure of CypA 提交 2009-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES pH 7.5, 22% PEG 3350, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.149 |
| 3K0N Room temperature structure of CypA 提交 2009-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES pH 7.5, 22% PEG 3350, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.39 Å R-free 0.160 |
| 3K0O Room temperature structure of CypA mutant Ser99Thr 提交 2009-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：S99T | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.8 M DL-malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.148 |
| 3K0P Cryogenic structure of CypA mutant Ser99Thr 提交 2009-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：S99T | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.8 M DL-malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.176 |
| 3K0Q Cryogenic structure of CypA mutant Ser99Thr (2) 提交 2009-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：S99T | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES pH 7.5, 22% PEG 3350, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.247 |
| 3K0R Cryogenic structure of CypA mutant Arg55Lys 提交 2009-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：R55K | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.8 M DL-malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.236 |
| 3RDD Human Cyclophilin A Complexed with an Inhibitor 提交 2011-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | EA4 ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES, 20% PEG10000, 5% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.272 |
| 4IPZ SmBz bound to Cyclophilin A 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；290 K；1M LiCl, 0.1M MES, 30% (w/v) PEG6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.218 |
| 4N1M Structure of Cyclophilin A in complex with GlyPro. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | GLY GLYCINE × 1 PRO PROLINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.163 |
| 4N1N Structure of Cyclophilin A in complex with Benzamide. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UNU BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.213 |
| 4N1O Structure of Cyclophilin A in complex with Saccharin. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | LSA 1,2-BENZISOTHIAZOL-3(2H)-ONE 1,1-DIOXIDE × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.221 |
| 4N1P Structure of Cyclophilin A in complex with Picolinamide. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | WM1 pyridine-2-carboxamide × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.258 |
| 4N1Q Structure of Cyclophilin A in complex with cyclohexanecarboxamide. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | WM2 cyclohexanecarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.220 |
| 4N1R Structure of Cyclophilin A in complex with benzenesulfonohydrazide. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | WM3 benzenesulfonohydrazide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.223 |
| 4N1S Structure of Cyclophilin A in complex with benzohydrazide. 提交 2013-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | WM4 benzohydrazide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；Tris, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.224 |
| 4YUG Multiconformer synchrotron model of CypA at 100 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.183 |
| 4YUH Multiconformer synchrotron model of CypA at 150 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.156 |
| 4YUI Multiconformer synchrotron model of CypA at 180 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.175 |
| 4YUJ Multiconformer synchrotron model of CypA at 240 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.156 |
| 4YUK Multiconformer synchrotron model of CypA at 260 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.168 |
| 4YUL Multiconformer synchrotron model of CypA at 280 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.143 |
| 4YUM Multiconformer synchrotron model of CypA at 300 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.144 |
| 4YUN Multiconformer synchrotron model of CypA at 310 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.150 |
| 4YUO High-resolution multiconformer synchrotron model of CypA at 273 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.146 |
| 4YUP Multiconformer fixed-target X-ray free electron (XFEL) model of CypA at 273 K 提交 2015-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Crystals were grown by mixing equal volumes of well solution (100 mM HEPES pH 7.5, 23% PEG 3350, 5 mM TCEP) and protein (60 mg/mL in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP) in the hanging-drop format.
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.249 |
| 5F66 High-resolution isotropic multiconformer synchrotron model of CypA at 273 K 提交 2015-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.195 |
| 5FJB Cyclophilin A Stabilize HIV-1 Capsid through a Novel Non- canonical Binding Site 提交 2015-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 5KUL Human cyclophilin A at 100K, Data set 1 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.219 |
| 5KUN Human cyclophilin A at 100K, Data set 2 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.208 |
| 5KUO Human cyclophilin A at 100K, Data set 3 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.214 |
| 5KUQ Human cyclophilin A at 100K, Data set 4 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.211 |
| 5KUR Human cyclophilin A at 100K, Data set 5 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 5KUS Human cyclophilin A at 100K, Data set 6 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 5KUU Human cyclophilin A at 100K, Data set 7 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.208 |
| 5KUV Human cyclophilin A at 100K, Data set 8 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.194 |
| 5KUW Human cyclophilin A at 100K, Data set 9 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 5KUZ Human cyclophilin A at 278K, Data set 1 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.184 |
| 5KV0 Human cyclophilin A at 278K, Data set 2 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.193 |
| 5KV1 Human cyclophilin A at 278K, Data set 3 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.198 |
| 5KV2 Human cyclophilin A at 278K, Data set 4 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 5KV3 Human cyclophilin A at 278K, Data set 5 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.201 |
| 5KV4 Human cyclophilin A at 278K, Data set 6 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.200 |
| 5KV5 Human cyclophilin A at 278K, Data set 7 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.210 |
| 5KV6 Human cyclophilin A at 278K, Data set 8 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.224 |
| 5KV7 Human cyclophilin A at 278K, Data set 9 提交 2016-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；CRYSTALS WERE GROWN BY MIXING EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION (100 MM HEPES PH 7.5, 23% PEG 3350, 5 MM TCEP) AND PROTEIN (60 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.5, 100 MM NACL, 0.5 MM TCEP) IN THE HANGING-DROP FORMAT.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.223 |
| 5NOQ Structure of cyclophilin A in complex with 3-chloropyridin-2-amine 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 93E 3-chloranylpyridin-2-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.196 |
| 5NOR Structure of cyclophilin A in complex with 3-methylpyridin-2-amine 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 93Q 3-methylpyridin-2-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.203 |
| 5NOS Structure of cyclophilin A in complex with 3-amino-1H-pyridin-2-one 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 92Z 5-azanyl-3~{H}-pyridin-6-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.165 |
| 5NOT Structure of cyclophilin A in complex with 4-chloropyrimidin-5-amine 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 938 4-chloranylpyrimidin-5-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.183 |
| 5NOU Structure of cyclophilin A in complex with hexahydropyrimidin-2-one 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L60 1,3-diazinan-2-one × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.163 |
| 5NOV Structure of cyclophilin A in complex with hexahydropyrimidine-2-thione 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 93B 1,3-diazinane-2-thione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 5NOW Structure of cyclophilin A in complex with pyridine-3,4-diamine 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L89 pyridine-3,4-diamine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.219 |
| 5NOX Structure of cyclophilin A in complex with 2-chloropyridin-3-amine 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L97 2-chloranylpyridin-3-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.199 |
| 5NOY Structure of cyclophilin A in complex with 3,4-diaminobenzamide 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 93K 3,4-bis(azanyl)benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.182 |
| 5NOZ Structure of cyclophilin A in complex with 3,4-diaminobenzohydrazide 提交 2017-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L99 3,4-bis(azanyl)benzohydrazide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.216 |
| 5T9U Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 3) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | 7HG 3-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-10,12-dimethoxy-9,11-dimethyl-6-(propan-2-yl)-19-oxa-1,4,7,25-tetraazabicyclo[19.3.1]pentacosa-13,15-diene-2,5,8,20-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
0.1 M potassium chloride
2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.193 |
| 5T9U Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 3) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | 7HG 3-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-10,12-dimethoxy-9,11-dimethyl-6-(propan-2-yl)-19-oxa-1,4,7,25-tetraazabicyclo[19.3.1]pentacosa-13,15-diene-2,5,8,20-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
0.1 M potassium chloride
2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.193 |
| 5T9U Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 3) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–164（164 aa）
|
未记录 | 7HG 3-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-10,12-dimethoxy-9,11-dimethyl-6-(propan-2-yl)-19-oxa-1,4,7,25-tetraazabicyclo[19.3.1]pentacosa-13,15-diene-2,5,8,20-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
0.1 M potassium chloride
2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.193 |
| 5T9U Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 3) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–164（164 aa）
|
未记录 | 7HG 3-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-10,12-dimethoxy-9,11-dimethyl-6-(propan-2-yl)-19-oxa-1,4,7,25-tetraazabicyclo[19.3.1]pentacosa-13,15-diene-2,5,8,20-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
0.1 M potassium chloride
2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.193 |
| 5T9W Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 5) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 78E 3-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-6-(propan-2-yl)-19-oxa-1,4,7,25-tetraazabicyclo[19.3.1]pentacosa-13,15-diene-2,5,8,20-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.05 M monobasic potassium phosphate
20% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.184 |
| 5T9Z Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 6) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–164（163 aa）
|
未记录 | 78R 11-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-18-methoxy-17-methyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,28-tetraazatricyclo[21.3.1.1~5,9~]octacosa-1(27),21,23,25-tetraene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；sodium citrate, pH 4.2
25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.190 |
| 5TA2 Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 7) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–164（163 aa）
|
未记录 | 78X 11-[(3-hydroxyphenyl)methyl]-18-methoxy-2,17-dimethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,28-tetraazatricyclo[21.3.1.1~5,9~]octacosa-1(27),21,23,25-tetraene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；sodium citrate, pH 4.2
25% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.183 |
| 5TA4 Discovery of a Potent Cyclophilin Inhibitor (Compound 8) based on Structural Simplification of Sanglifehrin A 提交 2016-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 838 18-methoxy-2,11,17-trimethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,28-tetraazatricyclo[21.3.1.1~5,9~]octacosa-1(27),21,23,25-tetraene-4,10,13,16-tetrone × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
0.2 M potassium chloride
2.0 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.206 |
| 5WC7 CypA Mutant - I97V S99T C115S 提交 2017-06-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：I97V, S99T, C115S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 MM HEPES PH 7.5, 22% PEG 3350
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.127 |
| 6BTA CypA Mutant - S99T C115S 提交 2017-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：S99T, C115S | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；100 MM HEPES PH 7.5, 22% PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.146 |
| 6GJI Cyclophilin A complexed with the tri-vector ligand 8. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F1E ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-[(1-methyl-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]carbamoyl]amino]ethanoate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.191 |
| 6GJJ Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 2. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L36 ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-propyl-carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.185 |
| 6GJL Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 10. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F1Q ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-ylmethyl)carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.192 |
| 6GJM Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 4. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | L36 ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-propyl-carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.178 |
| 6GJN Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 15. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F0Q 1-[(4-aminophenyl)methyl]-3-[2-[(2~{R})-2-(2-bromophenyl)pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-1-[(2-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)methyl]urea × 1 FMT FORMIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 6GJP Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 7. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F0T ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-(cyclopropylmethyl)carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.237 |
| 6GJR Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 9. 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F0W ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-[(2-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)methyl]carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.262 |
| 6GJY Cyclophilin A complexed with tri-vector ligand 5. 提交 2018-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | F1Z ethyl 2-[[(4-aminophenyl)methyl-prop-2-ynyl-carbamoyl]amino]ethanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；279.15 K；PEG 8000, Tris-HCl
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.188 |
| 6GS6 Cyclophilin A single mutant D66A in complex with an inhibitor. 提交 2018-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：D66A | EA4 ethyl N-[(4-aminobenzyl)carbamoyl]glycinate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.170 |
| 6I42 Structure of the alpha-Synuclein PreNAC/Cyclophilin A-complex 提交 2018-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.93 M tri-ammonium citrate, pH 7.0
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.178 |
| 6U5C RT XFEL structure of CypA solved using MESH injection system 提交 2019-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM TCEP, 20% PEG3350
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.157 |
| 6U5D RT XFEL structure of CypA solved using LCP injection system 提交 2019-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM TCEP, 20% PEG3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.167 |
| 6U5E RT XFEL structure of CypA solved using celloluse carrier media 提交 2019-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
BATCH MODE；pH 7.5；291 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM TCEP, 20% PEG3350
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.151 |
| 6U5G MicroED structure of a FIB-milled CypA Crystal 提交 2019-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.224 |
| 6X3R Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors 提交 2020-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZXX methyl (3~{S})-1-[(2~{S})-2-[[(2~{S})-2-acetamido-3-methyl-butanoyl]amino]-3-(3-hydroxyphenyl)propanoyl]-1,2-diazinane-3-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.197 |
| 6X3Y Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors 提交 2020-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UMM tert-butyl [(2S)-1-{[(3S,17S)-2,16-dioxo-10,15-dioxa-1,21-diazatricyclo[15.3.1.1~5,9~]docosa-5(22),6,8-trien-3-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.171 |
| 6X4M Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors: tert-butyl [(2S)-1-{[(3S,17S)-2,16-dioxo-10,15-dioxa-1,21-diazatricyclo[15.3.1.1~5,9~]docosa-5(22),6,8-trien-3-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate (compound 3) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UMM tert-butyl [(2S)-1-{[(3S,17S)-2,16-dioxo-10,15-dioxa-1,21-diazatricyclo[15.3.1.1~5,9~]docosa-5(22),6,8-trien-3-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.171 |
| 6X4N Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors: (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11,17,17-tetramethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone (compound 24) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UOD (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11,17,17-tetramethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.180 |
| 6X4O Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors: (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11-dimethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,21,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(26),18,20,22,24,27-hexaene-4,10,13,16-tetrone (compound 21) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UO7 (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11-dimethyl-14-(propan-2-yl)-3-oxa-9,12,15,21,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(26),18,20,22,24,27-hexaene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.198 |
| 6X4P Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors: (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11,17,17-tetramethyl-14-(propan-2-yl)-15-oxa-3,9,12,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone (compound 28) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UOG (2R,5S,11S,14S,18E)-2,11,17,17-tetramethyl-14-(propan-2-yl)-15-oxa-3,9,12,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.177 |
| 6X4Q Human cyclophilin A bound to a series of acylcic and macrocyclic inhibitors: (2R,5S,11S,14S,18E)-14-cyclobutyl-2,11,17,17-tetramethyl-15-oxa-3,9,12,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone (compound 33) 提交 2020-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | UOJ (2R,5S,11S,14S,18E)-14-cyclobutyl-2,11,17,17-tetramethyl-15-oxa-3,9,12,26,29-pentaazatetracyclo[18.5.3.1~5,9~.0~23,27~]nonacosa-1(25),18,20(28),21,23,26-hexaene-4,10,13,16-tetrone × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.5, 2 mM DTT, 2 mM EDTA, 20-35% PEG 3350, 5% ethanol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.191 |
| 6Y9V Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-8,13) 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 6Y9W Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,8) 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6Y9X Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,7) 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6Y9Y Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-7,13) 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 6Y9Z Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,9) 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6ZDJ Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Cyclophilin A from helical assembly (-13,10) 提交 2020-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric |
链 J
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 7ABT Structure of PPIA in complex with PR dipeptide repeat 提交 2020-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–164（163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG1000
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.166 |
| 7N9X CA-targeting nanobody is a tool for studying HIV-1 capsid lattice interactions 提交 2021-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric |
链 GGG
1–165（165 aa）
链 HHH
1–165（165 aa）
链 III
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；295 K；100 mM Bis-Tris propane, pH 6.8, 15% PEG3350, 200 mM sodium
|
分辨率 3.51 Å R-free 0.270 |
| 7PCJ X-ray structure of CypA-C52AK125C/CsA/aromatic foldamer complex 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
突变：K125C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；Tris 0.1M, PEG 3350 15%, NaN3 3mM
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.219 |
| 7PCJ X-ray structure of CypA-C52AK125C/CsA/aromatic foldamer complex 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
突变：K125C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；Tris 0.1M, PEG 3350 15%, NaN3 3mM
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.219 |
| 7QBW Human Cyclophilin A double mutant C52AK125C 提交 2021-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES 60mM, NaCl 50mM, TCEP 5mM, 10% PEG 3350, NaN3 1.5mM
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.191 |
| 7TA8 NMR structure of crosslinked cyclophilin A 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1
NMR样品组成
390 uM [U-13C; U-15N] cyclophilin A, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7UPN Maedi visna virus Vif in complex with CypA and E3 ubiquitin ligase 提交 2022-04-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1–165（165 aa）
链 B
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7UXJ Structure of PPIA in complex with FP29102, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.262 |
| 7UXJ Structure of PPIA in complex with FP29102, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
|
未记录 | NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.262 |
| 7UXJ Structure of PPIA in complex with FP29102, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.262 |
| 7UXJ Structure of PPIA in complex with FP29102, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.262 |
| 7UXM Structure of PPIA in complex with FP29092, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.190 |
| 7UXM Structure of PPIA in complex with FP29092, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.190 |
| 7UXM Structure of PPIA in complex with FP29092, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.190 |
| 7UXN Structure of PPIA in complex with FP29103, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 30% w/v PEG 8000.
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.217 |
| 8G9P Tricomplex of RMC-4998, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 YV2 (2S)-2-{(5S)-7-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8G9P Tricomplex of RMC-4998, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 YV2 (2S)-2-{(5S)-7-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8G9Q Tricomplex of Compound-1, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 YV6 methyl (3S)-1-[N-(4-sulfanylbutanoyl)-L-valyl-3-hydroxy-L-phenylalanyl]-1,2-diazinane-3-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl, 100 mM Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.214 |
| 8HZ8 Structure of PPIA in complex with the peptide of NRF2 提交 2023-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–165（164 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350, Hepes, TCEP
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.248 |
| 8TBF Tricomplex of RMC-7977, KRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 8TBF Tricomplex of RMC-7977, KRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 8TBG Tricomplex of RMC-7977, HRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.192 |
| 8TBG Tricomplex of RMC-7977, HRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.192 |
| 8TBH Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12R, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；17% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 8TBH Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12R, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；17% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 8TBI Tricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；27% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.208 |
| 8TBI Tricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；27% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.208 |
| 8TBJ Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12A, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 8TBJ Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12A, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 8TBK Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；27% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7.0
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.184 |
| 8TBK Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；27% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7.0
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.184 |
| 8TBL Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12D, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.227 |
| 8TBL Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12D, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.227 |
| 8TBM Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12V, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.211 |
| 8TBM Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12V, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.211 |
| 8TBN Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12S, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；22% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.197 |
| 8TBN Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12S, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；22% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.197 |
| 9AX6 Tricomplex of RMC-6236, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25% PEG4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.227 |
| 9AX6 Tricomplex of RMC-6236, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25% PEG4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.227 |
| 9BFV Tri-complex of Compound-23, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOV (3R)-1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2S)-1-{[(1P,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.189 |
| 9BFV Tri-complex of Compound-23, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOV (3R)-1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2S)-1-{[(1P,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.189 |
| 9BFW Tri-complex of Compound-4, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AOM 1-acetyl-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10R,14S,20S)-22-cyano-4-hydroxy-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,20,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,21,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylazetidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.147 |
| 9BFX Tri-complex of Elironrasib (RMC-6291), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOD 1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2R)-1-{[(2S,6S,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-fluoro-N-methylpiperidine-4-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.209 |
| 9BFX Tri-complex of Elironrasib (RMC-6291), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOD 1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2R)-1-{[(2S,6S,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-fluoro-N-methylpiperidine-4-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.209 |
| 9BFY Tri-complex of Compound-14, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOL (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.189 |
| 9BFY Tri-complex of Compound-14, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOL (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.189 |
| 9BFZ Tri-complex of Compound-5, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOK (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-[2-(2-methoxyethyl)phenyl]-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 9BFZ Tri-complex of Compound-5, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOK (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-[2-(2-methoxyethyl)phenyl]-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 9BG0 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.236 |
| 9BG0 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.236 |
| 9BG1 Tri-complex of Compound-3, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOH (2R)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.226 |
| 9BG1 Tri-complex of Compound-3, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOH (2R)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.226 |
| 9BG2 Tri-complex of Compound-10, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOJ (1S,2R)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.228 |
| 9BG2 Tri-complex of Compound-10, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOJ (1S,2R)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.228 |
| 9BG3 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61K, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25.5% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.198 |
| 9BG3 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61K, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25.5% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.198 |
| 9BG4 Tri-complex of Compound-2, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 A1AOG (2R)-N-[(1P,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 nM NaCl
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.177 |
| 9BG4 Tri-complex of Compound-2, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 A1AOG (2R)-N-[(1P,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 nM NaCl
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.177 |
| 9BG5 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G13D, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.266 |
| 9BG5 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G13D, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.266 |
| 9BG6 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.240 |
| 9BG6 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.240 |
| 9BG7 Tri-complex of Compound-6, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOI N-[(2R)-1-{[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-3-methoxy-N-methylazetidine-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 9BG7 Tri-complex of Compound-6, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOI N-[(2R)-1-{[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-3-methoxy-N-methylazetidine-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 9BG8 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.186 |
| 9BG8 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.186 |
| 9BG9 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.231 |
| 9BG9 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.231 |
| 9BGA Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.229 |
| 9BGA Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.229 |
| 9BGB Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS Q61H, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.230 |
| 9BGB Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS Q61H, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.230 |
| 9BGC Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG2000 MME, 0.10 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.272 |
| 9BGC Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG2000 MME, 0.10 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.272 |
| 9BGD Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61L, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 133 mM sodium chloride
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.237 |
| 9BGD Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), NRAS Q61L, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；21% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 133 mM sodium chloride
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.237 |
| 9BHO Crystal structure of KRAS G12S in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.218 |
| 9BHP Crystal structure of KRAS G12C in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.253 |
| 9BHQ Crystal structure of KRAS G12A in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris pH 8.5, 15% PEG 10000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 9BI1 Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12D in complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 10000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.260 |
| 9BI2 Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–165（165 aa）
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 10000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.236 |
| 9CT7 Tricomplex of Compound 1, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZV (2R)-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-2-(N-methylacetamido)acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-23% PEG3350 + 0.11-0.2M NaCl + 0.10M Bis Tris pH 5.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.204 |
| 9CT7 Tricomplex of Compound 1, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZV (2R)-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-2-(N-methylacetamido)acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-23% PEG3350 + 0.11-0.2M NaCl + 0.10M Bis Tris pH 5.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.204 |
| 9CT8 Tricomplex of Compound 2, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZX (2R)-2-amino-N-(2-{[(1R)-1-cyclopentyl-2-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-2-oxoethyl](methyl)amino}-2-oxoethyl)-N-methylpropanamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22-27% PEG3350 + 0.11-0.20M NaCl + 0.10M MES pH 5.5
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.190 |
| 9CT8 Tricomplex of Compound 2, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZX (2R)-2-amino-N-(2-{[(1R)-1-cyclopentyl-2-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-2-oxoethyl](methyl)amino}-2-oxoethyl)-N-methylpropanamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22-27% PEG3350 + 0.11-0.20M NaCl + 0.10M MES pH 5.5
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.190 |
| 9CT9 Tricomplex of Compound 3, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZY (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-2-aminopropanoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10S,14R,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350 + 0.20M Sodium chloride + 0.10M MES pH 5.5 + 1.25% Glycerol
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.185 |
| 9CT9 Tricomplex of Compound 3, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZY (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-2-aminopropanoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10S,14R,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350 + 0.20M Sodium chloride + 0.10M MES pH 5.5 + 1.25% Glycerol
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.185 |
| 9CTA Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZW (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES 5.5, NaCl, PEG3350
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTA Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZW (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES 5.5, NaCl, PEG3350
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTB Tri-complex of zoldonrasib (RMC-9805), KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZZ (2R)-2-cyclopentyl-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(2S,6R,8S,10R,14S,21M)-21-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-22-(2,2,2-trifluoroethyl)-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 5.5, 20% PEG3350, 0.1 M NaCl
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTB Tri-complex of zoldonrasib (RMC-9805), KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZZ (2R)-2-cyclopentyl-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(2S,6R,8S,10R,14S,21M)-21-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-22-(2,2,2-trifluoroethyl)-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 5.5, 20% PEG3350, 0.1 M NaCl
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9E3S Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12N, and CypA 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1BEA (2R)-2-{(5S)-7-[(2R,3R)-3-cyclopropyl-1-methylaziridine-2-carbonyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 6 pH,
0.1-0.2 M NaCl,
21-26 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.178 |
| 9E3S Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12N, and CypA 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1BEA (2R)-2-{(5S)-7-[(2R,3R)-3-cyclopropyl-1-methylaziridine-2-carbonyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 6 pH,
0.1-0.2 M NaCl,
21-26 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.178 |
| 9GHY Cyclophilin A in complex with Sanglifehrin A analogue (2R,3S,7S,10S,E)-10-(3-aminopropyl)-2,7-dimethylspiro[3,8,11-triaza-1(2,7)-quinolina-5(3,1)-pyridazinacyclopentadecaphanene-13,5'-[1,3]dioxan]-14-ene-4,6,9,12-tetraone 提交 2024-08-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–165（165 aa）
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未记录 | A1ILH (2R,3S,7S,10S,E)-10-(3-aminopropyl)-2,7-dimethylspiro[3,8,11-triaza-1(2,7)-quinolina-5(3,1)-pyridazinacyclopentadecaphanene-13,5'-[1,3]dioxan]-14-ene-4,6,9,12-tetraone × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；28% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.8
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分辨率 1.15 Å R-free 0.149 |
| 9YOW Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-4791 提交 2025-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–165（165 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1CYT 1-cyano-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000
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分辨率 1.57 Å R-free 0.245 |
| 9YOW Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-4791 提交 2025-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–165（165 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1CYT 1-cyano-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.245 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | PPIA_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 B； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 C； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 D； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 E； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 F； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 |
