1cju

COMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENYLYL CYCLASE: COMPLEX WITH BETA-L-2',3'-DIDEOXYATP AND MG

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENYLATE CYCLASE, TYPE V

Canis lupus

UniProt P30803

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 364–580 片段:C1A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE 突变:V476M ADENYLATE CYCLASE, TYPE II × 1 (P26769) GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(S) × 1 (P04896) MG MAGNESIUM ION × 3 FOK FORSKOLIN × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM PHOSPHATE BUFFER (PH 5.4-5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.80 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADCY5_CANFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–217; UniProt 364–580

ADENYLATE CYCLASE, TYPE II

Rattus norvegicus

UniProt P26769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 874–1081 片段:C2A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE ADENYLATE CYCLASE, TYPE V × 1 (P30803) GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(S) × 1 (P04896) MG MAGNESIUM ION × 3 FOK FORSKOLIN × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM PHOSPHATE BUFFER (PH 5.4-5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.80 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADCY2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 5–212; UniProt 874–1081

GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G(S)

Bos taurus

UniProt P04896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–394 片段:TRYPSINIZED FRAGMENT 突变:N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG ADENYLATE CYCLASE, TYPE V × 1 (P30803) ADENYLATE CYCLASE, TYPE II × 1 (P26769) MG MAGNESIUM ION × 3 FOK FORSKOLIN × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM PHOSPHATE BUFFER (PH 5.4-5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.80 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cju

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cju
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cju
沉积日期 deposition_date1999-04-16
结构标题 titleCOMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENYLYL CYCLASE: COMPLEX WITH BETA-L-2',3'-DIDEOXYATP AND MG
关键词 keywordsCOMPLEX (LYASE-HYDROLASE), HYDROLASE, SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN, CYCLASE, EFFECTOR ENZYME, LYASE-LYASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX; LYASE/LYASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.39
零角强度 I(0) i0110322000.00
分子量 molecular_weight82072.0 kDa
排除体积 excluded_volume102160 ų
包络体积 envelope_volume132070 ų
水化壳体积 shell_volume35141 ų
包络直径 envelope_diameter102.1
壳层 Rg shell_rg38.26
包络 Rg envelope_rg31.19
形状 Rg shape_rg31.39
总 Rg total_rg31.97
总原子数 total_atoms5751
残基数 n_residues709
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.2
Rg (实空间) rg_real32.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real1.1030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal110300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8927
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.7
偏度 Skewness skewness0.250
峰度 Kurtosis kurtosis-0.722
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29250000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.807

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1cjua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.29 — Nucleotide cyclase
家族 Family familyd.58.29.1 — Adenylyl and guanylyl cyclase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1cjub_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.29 — Nucleotide cyclase
家族 Family familyd.58.29.1 — Adenylyl and guanylyl cyclase catalytic domain
结构域编号 domain_idd1cjuc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.66 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
超家族 Superfamily superfamilya.66.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
家族 Family familya.66.1.1 — Transducin (alpha subunit), insertion domain
结构域编号 domain_idd1cjuc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1cjuA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1230 — Nucleotide cyclase, GGDEF domain
结构域编号 domain_id1cjuB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1230 — Nucleotide cyclase, GGDEF domain
结构域编号 domain_id1cjuC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1cjuC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)