1g5y

THE 2.0 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE RXRALPHA LIGAND BINDING DOMAIN TETRAMER IN THE PRESENCE OF A NON-ACTIVATING RETINOIC ACID ISOMER.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 225–462 链 B; UniProt 225–462 链 C; UniProt 225–462 链 D; UniProt 225–462 片段:LIGAND BINDING DOMAIN (RESIDUES 225 - 462) REA RETINOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;295 K;20mM HEPES pH 7.5, 1.5M LiSO4, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.00 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 225–462 作者链 B; PDB构建体 1–238; UniProt 225–462 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 225–462 作者链 D; PDB构建体 1–238; UniProt 225–462

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1g5y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1g5y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1g5y
沉积日期 deposition_date2000-11-02
结构标题 titleTHE 2.0 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE RXRALPHA LIGAND BINDING DOMAIN TETRAMER IN THE PRESENCE OF A NON-ACTIVATING RETINOIC ACID ISOMER.
关键词 keywordsRXRalpha ligand binding domain, inactive tetramer with 2 monomers bound with an inactivating isomer of retinoic acid, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.21
零角强度 I(0) i0146912000.00
分子量 molecular_weight98529.0 kDa
排除体积 excluded_volume124640 ų
包络体积 envelope_volume158130 ų
水化壳体积 shell_volume43618 ų
包络直径 envelope_diameter94.5
壳层 Rg shell_rg37.71
包络 Rg envelope_rg28.70
形状 Rg shape_rg29.23
总 Rg total_rg29.96
总原子数 total_atoms6942
残基数 n_residues912
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.3
Rg (实空间) rg_real30.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real1.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9080
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.3
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.588
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha45680000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.953

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1g5ya_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1g5yb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1g5yc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1g5yd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1g5yA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1g5yB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1g5yC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1g5yD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)