1h15

X-ray crystal structure of HLA-DRA1*0101/DRB5*0101 complexed with a peptide from Epstein Barr Virus DNA polymerase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN

HOMO SAPIENS

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–207 片段:ALPHA CHAIN, RESIDUES 26-207 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR BETA 1 CHAIN × 1 (Q30126) DNA POLYMERASE × 1 (P03198) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 26–207 片段:ALPHA CHAIN, RESIDUES 26-207 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR BETA 1 CHAIN × 1 (Q30126) DNA POLYMERASE × 1 (P03198) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 139 个其他 PDB 条目、218 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA2R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–182; UniProt 26–207 作者链 D; PDB构建体 1–182; UniProt 26–207

HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR BETA 1 CHAIN

HOMO SAPIENS

UniProt Q30126

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–219 片段:BETA CHAIN, RESIDUES 30-219 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN × 1 (P01903) DNA POLYMERASE × 1 (P03198) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 30–219 片段:BETA CHAIN, RESIDUES 30-219 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN × 1 (P01903) DNA POLYMERASE × 1 (P03198) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 Q30126
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–190; UniProt 30–219 作者链 E; PDB构建体 1–190; UniProt 30–219

DNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt P03198

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 628–641 片段:RESIDUES 628-641 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN × 1 (P01903) HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR BETA 1 CHAIN × 1 (Q30126) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 628–641 片段:RESIDUES 628-641 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR ALPHA CHAIN × 1 (P01903) HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, DR BETA 1 CHAIN × 1 (Q30126) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 3.5;14% PEG 3550, 100MM GLYCINE AND 10MM TRIS AT PH 3.5-4.0. 分辨率 3.10 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 DPOL_EBV
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–14; UniProt 628–641 作者链 F; PDB构建体 1–14; UniProt 628–641

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h15

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h15
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h15
沉积日期 deposition_date2002-07-02
结构标题 titleX-ray crystal structure of HLA-DRA1*0101/DRB5*0101 complexed with a peptide from Epstein Barr Virus DNA polymerase
关键词 keywords;IMMUNE SYSTEM/TRANSFERASE, COMPLEX (MHC-ANTIGEN), IMMUNE SYSTEM, MHC, HLA, CLASS II, DR2, DRB5, EBV, DNA POLYMERASE, DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE, IMMUNE SYSTEM-TRANSFERASE complex ;; IMMUNE SYSTEM/TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.07
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.86
零角强度 I(0) i0134937000.00
分子量 molecular_weight90305.0 kDa
排除体积 excluded_volume112400 ų
包络体积 envelope_volume141360 ų
水化壳体积 shell_volume40989 ų
包络直径 envelope_diameter89.5
壳层 Rg shell_rg36.34
包络 Rg envelope_rg27.42
形状 Rg shape_rg27.85
总 Rg total_rg28.73
总原子数 total_atoms6390
残基数 n_residues766
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.1
Rg (实空间) rg_real28.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.3490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal134900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9106
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.1
偏度 Skewness skewness0.050
峰度 Kurtosis kurtosis-0.596
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16560000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.943

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1h15a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1h15a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1h15b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1h15b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1h15d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1h15d2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1h15e1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1h15e2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1h15A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id1h15A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1h15B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id1h15B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1h15D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id1h15D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1h15E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id1h15E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)