1jm7

Solution structure of the BRCA1/BARD1 RING-domain heterodimer

Method: SOLUTION NMR Dmax: 70.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BREAST CANCER TYPE 1 SUSCEPTIBILITY PROTEIN

Homo sapiens

UniProt P38398

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–110 片段:RING-Domain BRCA1-ASSOCIATED RING DOMAIN PROTEIN 1 × 1 (Q99728) ZN ZINC ION × 4 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR样品组成:sample 1: 0.8-1.1mM U-15N,13C BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 2: 0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 3: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. SAMPLE 4: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA,1 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRCA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110

BRCA1-ASSOCIATED RING DOMAIN PROTEIN 1

Homo sapiens

UniProt Q99728

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 26–140 片段:RING-Domain BREAST CANCER TYPE 1 SUSCEPTIBILITY PROTEIN × 1 (P38398) ZN ZINC ION × 4 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 6.8;315 K;离子强度(mmCIF原始值)0.2M NaCl;压力 ambient NMR样品组成:sample 1: 0.8-1.1mM U-15N,13C BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 2: 0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. Sample 3: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1, 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. SAMPLE 4: 0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA,1 25mM sodium phosphate, 0.2M NaCl, 2mM DTT. | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BRCA1; unlabeled BARD1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.8-1.1mM U-15N,13C,85%-2H BARD1; unlabeled BRCA1 25mM sodium phosphate 0.2M NaCl 2mM DTT | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BARD1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–115; UniProt 26–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jm7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jm7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jm7
沉积日期 deposition_date2001-07-17
结构标题 titleSolution structure of the BRCA1/BARD1 RING-domain heterodimer
关键词 keywordsBRCA1, BARD1, RING finger, zinc-binding protein, heterodimer, ubiquitin ligase, ANTITUMOR; ANTITUMOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.22
零角强度 I(0) i01555690000.00
分子量 molecular_weight320560.0 kDa
排除体积 excluded_volume395920 ų
包络体积 envelope_volume60370 ų
水化壳体积 shell_volume22602 ų
包络直径 envelope_diameter82.8
壳层 Rg shell_rg29.60
包络 Rg envelope_rg24.06
形状 Rg shape_rg19.24
总 Rg total_rg19.33
总原子数 total_atoms44268
残基数 n_residues2800
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.8
Rg (实空间) rg_real19.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real1.5560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1556000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7343
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.9
偏度 Skewness skewness0.485
峰度 Kurtosis kurtosis-0.128
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1989000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.616; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.702; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1jm7a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamilyg.44.1 — RING/U-box
家族 Family familyg.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4
结构域编号 domain_idd1jm7b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamilyg.44.1 — RING/U-box
家族 Family familyg.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1jm7A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id1jm7B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)